| Citrate (Si)-synthase | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifiants | ||||||
| N° CE | 2.3.3.1 | |||||
| N° CAS. | 9027-96-7 | |||||
| Bases de données | ||||||
| IntEnz | Vue de l’IntEnz | |||||
| BRENDA | Entrée deBRENDA | |||||
| ExPASy | Vue de NiceZyme | |||||
| KEGG | EntréeKEGG | |||||
| MetaCyc | voie métabolique | |||||
| PRIAM | profil | |||||
| Structures PDB | RCSB PDB PDBe PDBsum | |||||
| Gene Ontology | AmiGO / QuickGO | |||||
| Search | PMC | PubMed | NCBI | |||
MechanismEdit
La citrate synthase a trois acides aminés clés dans son site actif (connu sous le nom de triade catalytique) qui catalysent la conversion de l’acétyl-.CoA et de l’oxaloacétate en citrate et en H-SCoA dans une réaction de condensation aldolique. Cette conversion commence par l’atome d’oxygène de la chaîne latérale carboxylate de l’Asp-375, chargé négativement, qui déprotonise l’atome de carbone alpha de l’acétyl CoA pour former un anion énolate qui est à son tour neutralisé par protonation par l’His-274 pour former un intermédiaire énol. À ce stade, la paire d’électrons solitaires de l’azote epsilon sur l’His-274, formée dans la dernière étape, extrait le proton de l’énol hydroxyle pour reformer un anion énolate qui initie une attaque nucléophile sur le carbone carbonyle de l’oxaloacétate qui, à son tour, déprotonne l’atome d’azote epsilon de l’His-320. Cette addition nucléophile entraîne la formation de citroyl-CoA . À ce stade, une molécule d’eau est déprotonée par l’atome d’azote epsilon de l’His-320 et l’hydrolyse est initiée. L’une des paires solitaires de l’oxygène attaque nucléophilement le carbone carbonyle du citroyl-CoA. Cela forme un intermédiaire tétraédrique et entraîne l’éjection de -SCoA lorsque le carbonyle se reforme. L’ -SCoA est protoné pour former l’HSCoA. Enfin, l’hydroxyle ajouté au carbonyle dans l’étape précédente est déprotoné et le citrate est formé.
InhibitionModification
L’enzyme est inhibée par des ratios élevés d’ATP:ADP et de NADH:NAD, car des concentrations élevées d’ATP et de NADH montrent que l’apport énergétique est élevé pour la cellule. Elle est également inhibée par le succinyl-CoA et le propionyl-CoA, qui ressemble à l’acétyl-coA et agit comme un inhibiteur compétitif de l’acétyl-CoA et un inhibiteur non compétitif de l’oxaloacétate. L’inhibition de la citrate synthase par des analogues de l’acétyl-CoA a également été bien documentée et a été utilisée pour prouver l’existence d’un site actif unique. Ces expériences ont révélé que ce site unique alterne entre deux formes, qui participent respectivement à l’activité ligase et hydrolase. Cette protéine pourrait utiliser le modèle de régulation allostérique de la morphéine.