La cladogenèse est une scission évolutive d’une espèce mère en deux espèces distinctes, formant un clade.
Cet événement se produit généralement lorsque quelques organismes se retrouvent dans de nouvelles zones, souvent éloignées, ou lorsque des changements environnementaux provoquent plusieurs extinctions, ouvrant des niches écologiques pour les survivants et provoquant des goulots d’étranglement de la population et des effets fondateurs modifiant les fréquences alléliques des populations divergentes par rapport à leur population ancestrale. Les événements qui font que ces espèces se séparent à l’origine sur des zones éloignées peuvent encore permettre aux deux espèces d’avoir des chances égales de survivre, de se reproduire et même d’évoluer pour mieux s’adapter à leurs environnements tout en restant deux espèces distinctes en raison de la sélection naturelle ultérieure, des mutations et de la dérive génétique.
La cladogenèse s’oppose à l’anagenèse, dans laquelle une espèce ancestrale accumule progressivement des changements, et finalement, lorsqu’elle en a accumulé suffisamment, l’espèce est suffisamment distincte et différente de sa forme initiale de départ pour pouvoir être étiquetée comme une nouvelle forme – une nouvelle espèce. Notez qu’avec l’anagenèse, la lignée dans un arbre phylogénétique ne se divise pas.
Pour déterminer si un événement de spéciation est une cladogenèse ou une anagenèse, les chercheurs peuvent utiliser la simulation, des preuves provenant de fossiles, des preuves moléculaires provenant de l’ADN de différentes espèces vivantes, ou la modélisation. La question de savoir si la distinction entre cladogenèse et anagenèse est nécessaire dans la théorie de l’évolution a cependant été débattue.