Blakeman a fréquenté l’Université du Nebraska de 1984 à 1987, servant principalement de quarterback de réserve pour les Nebraska Cornhuskers, y compris les saisons 1986 et 1987 derrière le titulaire Steve Taylor.
Lors du match du Nebraska contre les Buffaloes du Colorado non classés le 25 octobre 1986, l’entraîneur-chef Tom Osborne a remplacé Taylor par Blakeman dans le quatrième quart. Le Colorado a tout de même limité Blakeman à 4 sur 6 complétions pour 37 verges, et a tenu bon pour battre les Huskers, 20-10, leur première victoire contre le Nebraska depuis 1967 et la première victoire des Buffaloes contre le Nebraska à domicile depuis 1960.
Blakeman a joué dans le Sugar Bowl de 1987, une victoire 30-15 contre le champion de la Conférence du Sud-Est, LSU.
Le 3 octobre 1987, la Caroline du Sud menait le Nebraska, 21-13, lorsque Taylor a quitté le match après s’être blessé à l’épaule sur le dernier jeu du 3e quart-temps. En remplacement, Blakeman a complété sa seule passe pour 8 verges. Mais aidés par un fort jeu de course, et la défense des Blackshirts du Nebraska qui a forcé deux revirements et n’a permis que 9 verges dans le 4e quart, les Huskers se sont ralliés autour de Blakeman pour marquer 17 points sans réplique et gagner, 30-21.
Blakeman a également commencé deux matchs à la place d’un Taylor blessé, les deux étant des victoires sur les Jayhawks du Kansas. Le 15 novembre 1986, il a lancé trois passes de touchdown et a couru pour un autre alors qu’il menait le Nebraska à une déroute de 70-0, la pire défaite de l’histoire des Jayhawks et le plus grand shutout du Nebraska jusqu’à ce moment-là. Et le 10 octobre 1987, Blakeman a complété 10 des 12 passes pour 100 verges et un touché dans la victoire de 54-2 du Nebraska sur le Kansas.