Johnson a vécu à Montserrat pendant 10 ans. Les recherches de Johnson portent sur la théorie des supercordes et la physique des particules, spécifiquement liées aux phénomènes fortement couplés. Il a précédemment travaillé à l’Institut Kavli de physique théorique de l’Université de Californie, Santa Barbara, à l’Institut d’études avancées et à l’Université de Princeton. Il a reçu la médaille et le prix Maxwell 2005 de l’Institut de physique, « pour sa contribution exceptionnelle à la théorie des cordes, à la gravité quantique et à son interface avec la théorie des champs fortement couplés, en particulier pour ses travaux sur la compréhension de la censure des singularités et des propriétés thermodynamiques de l’espace-temps quantique. » Il a reçu un prix CAREER de la National Science Foundation en 1997. En 2005, le Journal of Blacks in Higher Education a classé Clifford Johnson comme le professeur noir de mathématiques ou d’un domaine connexe le plus cité dans une université ou un collège américain.
Il a obtenu une licence en physique de l’Imperial College London en 1989 et il a obtenu un doctorat en mathématiques et en physique de l’Université de Southampton en 1992.
Il travaille également activement à la promotion de la science auprès du public et à la vulgarisation de la physique. Dans le cadre de cet effort, il apparaît régulièrement dans la série The Universe de History Channel et agit en tant que consultant scientifique pour Discovery Channel. Johnson a fondé l’African Summer Theory Institute, « qui rassemble des enseignants, des chercheurs et des étudiants de tous niveaux pour une conférence d’un mois sur un sujet scientifique – différent chaque année – pour discuter, créer des réseaux et, bien sûr, apprendre. »
Il a également été consultant scientifique pour des films de science-fiction et des émissions de télévision, notamment Avengers : Endgame et Star Trek : Discovery. Il a fait une brève apparition dans le film Palm Springs de 2020.