Le 12 juillet 1806, à la signature du traité de la Confédération du Rhin (allemand : Rheinbundakte) à Paris, 16 États allemands s’unissent dans une confédération (le traité l’appelle les états confédérés du Rhinelande, avec un précurseur dans la Ligue du Rhin). Le « Protecteur de la Confédération » était une fonction héréditaire de l’empereur des Français, Napoléon. Le 1er août, les membres de la confédération font officiellement sécession du Saint Empire romain germanique et le 6 août, à la suite d’un ultimatum de Napoléon, François II déclare le Saint Empire romain germanique dissous. François et sa dynastie des Habsbourg restent empereurs d’Autriche.
Selon le traité, la confédération devait être dirigée par des organes constitutionnels communs, mais les différents États (en particulier les plus grands) voulaient une souveraineté illimitée. Au lieu d’un chef d’État monarchique, comme l’avait eu le Saint-Empire romain germanique, la plus haute fonction est occupée par Karl Theodor von Dalberg, l’ancien archichancelier, qui porte désormais le titre de prince-primat de la confédération. En tant que tel, il était président du Collège des rois et présidait la Diète de la Confédération, conçue comme un organe parlementaire, bien qu’elle ne se soit jamais réunie. Le président du Conseil des princes était le prince de Nassau-Usingen.
En contrepartie de leur soutien à Napoléon, certains souverains se voient attribuer des statuts plus élevés : Baden, Hesse, Clèves et Berg sont transformés en grands duchés, et le Wurtemberg et la Bavière deviennent des royaumes. Plusieurs États membres s’agrandissent également avec l’absorption des territoires des comtes et chevaliers impériaux qui sont médiatisés à cette époque. Ils durent cependant payer un prix très élevé pour leur nouveau statut. La Confédération était avant tout une alliance militaire ; les États membres devaient entretenir des armées importantes pour leur défense mutuelle et fournir à la France un grand nombre de militaires. Au fil des événements, les membres de la confédération se sont retrouvés plus subordonnés à Napoléon qu’ils ne l’avaient été aux Habsbourg lorsqu’ils étaient au sein du Saint-Empire romain germanique.
Après la défaite de la Prusse face à la France en 1806, Napoléon cajole la plupart des États secondaires d’Allemagne pour les faire entrer dans la Confédération du Rhin. Finalement, 23 autres États allemands ont rejoint la Confédération. Elle était à son apogée en 1808, lorsqu’elle comprenait 36 États – quatre royaumes, cinq grands duchés, 13 duchés, dix-sept principautés et les villes de la Hanse libre de Hambourg, Lübeck et Brême. La rive ouest du Rhin et la principauté d’Erfurt avaient été annexées purement et simplement par l’Empire français. Ainsi, en tant qu’empereur des Français ou protecteur de la Confédération du Rhin, Napoléon était désormais le suzerain de toute l’Allemagne, à l’exception de l’Autriche, de la Prusse, du Holstein danois et de la Poméranie suédoise, plus la Suisse précédemment indépendante, qui n’étaient pas inclus dans la Confédération.
En 1810, de grandes parties de ce qui est aujourd’hui le nord-ouest de l’Allemagne sont rapidement annexées à la France afin de mieux contrôler l’embargo commercial avec la Grande-Bretagne, le système continental.
La Confédération du Rhin s’effondre en 1813, à la suite de l’invasion ratée de l’Empire russe par Napoléon. Beaucoup de ses membres ont changé de camp après la bataille de Leipzig, lorsqu’il est devenu évident que Napoléon perdrait la guerre de la Sixième Coalition.