À la fin du XIIIe siècle, des confédérations de villes, visant à soutenir la sécurité publique et à assurer la sécurité contre le banditisme rampant, apparaissent, la première confédération étant celle de plusieurs villes (Poznań, Pyzdry, Gniezno et Kalisz en Grande Pologne) en 1298. Au milieu du XIVe siècle, des confédérations de la noblesse, dirigées contre le pouvoir central, apparaissent, la première confédération de ce type étant celle de 1352. Pendant les interrégimes, les confédérations (essentiellement des comités de vigilance) se sont formées pour remplacer la cour royale inactive, protéger l’ordre interne et défendre le pays contre les dangers extérieurs. Les confédérations, en tant que droit de révolution, ont été reconnues dans le droit polonais par les articles de Henrician (1573), qui font partie du pacta conventa juré par chaque roi polonais depuis 1576. Ils stipulaient (dans l’articulus de non praestanda oboedientia, une règle datant de 1501 du Privilège de Mielnik) que si le monarque ne reconnaissait pas ou abusait des droits et privilèges de la noblesse (szlachta), les nobles ne seraient plus tenus de lui obéir et auraient le droit légal de lui désobéir.
Avec le début du XVIIe siècle, les confédérations deviennent un élément de plus en plus important de la scène politique du Commonwealth. Aux 17e et 18e siècles, les confédérations étaient organisées par des magnats, et étaient soit pro- soit anti-royales. Une confédération non reconnue par le roi était considérée comme un rokosz (« rébellion »), bien que certains rokosz soient finalement reconnus par le roi, qui pouvait même les rejoindre lui-même. La plupart des confédérations pro-royales étaient généralement formées en réponse à une confédération anti-royale, et certaines prenaient la forme d’une session extraordinaire du parlement (sejm), comme ce fut le cas en 1710, 1717 et 1735.
Les confédérations étaient généralement formées dans une partie du pays, et pouvaient se développer en « confédérations générales » englobant la plupart ou la totalité des voïvodies du Commonwealth polono-lituanien. Cependant, même ces confédérations générales étaient formées séparément pour la Couronne du Royaume de Pologne et pour le Grand-Duché de Lituanie.
Chaque confédération avait un document clé expliquant ses objectifs, connu sous le nom d’acte de la confédération, qui était déposé auprès du tribunal (généralement le tribunal local de la région où la confédération était formée). D’autres résolutions des confédérés, appelées sanctia, étaient également déposées auprès du tribunal. L’adhésion à la confédération était volontaire et nécessitait un serment. La branche exécutive d’une confédération était dirigée par un maréchal et un groupe de conseillers, chacun connu sous le nom de konsyliarz konfederacji. Un maréchal et les konsyliarze associés étaient connus comme une généralité (generalność). Une confédération disposait également d’un conseil plus large, semblable à un parlement (walna rada), qui prenait ses décisions à la majorité. Jusqu’au milieu du 18e siècle environ, les résolutions du conseil devaient être unanimes, mais par la suite, le vote à la majorité est devenu plus courant. Les commandants militaires en chef des confédérations étaient connus sous le nom de regimentarze.
Aussi au 18e siècle, une institution connue sous le nom de « sejm confédérée » a évolué. Il s’agissait d’une session du parlement (sejm) qui fonctionnait selon les règles d’une confédération. Son objectif premier était d’éviter d’être perturbé par le veto liberum, contrairement à la Diète nationale, qui était paralysée par le veto pendant cette période. À certaines occasions, une sejm confédérée était formée de l’ensemble des membres de la Sejm nationale, afin que le veto liberum n’y opère pas.
Les confédérations furent proscrites par la loi en 1717, mais continuèrent à fonctionner, indiquant une faiblesse de l’autorité centrale du Commonwealth. Elles furent également abolies par la Constitution du 3 mai 1791 (adoptée par la Diète quadriennale de 1788-1792, elle-même une Diète confédérée). Mais dans la pratique, cette interdiction n’a pas été respectée. La Constitution du 3 mai fut renversée à la mi-1792, par la Confédération de Targowica, composée de magnats polonais soutenus par l’Empire russe et finalement rejoints, sous une extrême contrainte, par le roi Stanisław II August. L’intervention militaire russe qui s’ensuit conduit (à la surprise des confédérés) à la deuxième partition de la Pologne en 1793. En 1812, la Confédération générale du Royaume de Pologne est formée à Varsovie pour la campagne de Napoléon Ier contre l’Empire russe.