À la suite de cette victoire, Sparte vainc les Athéniens et tente ainsi de se tailler son propre empire dans la mer Égée. Ses relations avec la Perse se détériorent, et elle commence à faire des raids sur les satrapies de Pharnabazus et de Tissaphernes en Anatolie. En 397 avant J.-C., Pharnabazus avait persuadé le roi perse Artaxerxès de poursuivre la guerre par voie maritime, et levé une flotte de 300 navires phéniciens et chypriotes. Par leur nombre, ils seraient écrasants, mais ils avaient besoin d’un commandant expérimenté, et c’est ainsi qu’ils trouvèrent Conon à Chypre, qui n’était que trop heureux d’avoir l’occasion de prendre sa revanche sur les Péloponnésiens.
D’abord, Conon remonta vers Caria avec une petite partie de la flotte, où il fut pendant un certain temps bloqué, mais ensuite secouru par Pharnabazus et Tissaphernes. Il se rendit ensuite à Rhodes, où l’oligarchie pro-spartiate fut remplacée par une démocratie, et réussit à s’emparer des vivres envoyés d’Égypte. En réponse à cela, les Spartiates décident d’envoyer leur marine, mais commettent l’erreur de la confier à Peisander, qui n’a aucune expérience. La bataille a lieu à Cnide en 394 avant J.-C., et les Perses remportent un succès facile et écrasant. Les cités égéennes expulsèrent les garnisons spartiates et acceptèrent la domination perse.
Après ce succès, Conon estima qu’il ne risquait rien à retourner à Athènes. Pharnabazus lui permit de conserver une partie de la flotte, et fournit de l’argent pour la fortification du Pirée et la reconstruction des longs murs le reliant à Athènes. Ces actions signifiaient que certains des principaux résultats de la guerre du Péloponnèse étaient annulés – Athènes retrouvait sa position de grande puissance en Grèce, et bien qu’elle ait encore perdu son empire, Sparte avait été empêchée de le reprendre.
L’année suivante, les Spartiates avaient ouvert des négociations avec les Perses, et afin d’assurer leur position en Grèce, ils proposèrent de leur céder toutes les villes d’Anatolie. Les Athéniens envoyèrent des délégués (dont Conon) pour annoncer que cette proposition était inacceptable, ce que Tiribazus comprit comme signifiant qu’ils espéraient toujours récupérer leur empire et, outré par cette volte-face, les jeta en prison, Conon parmi eux. Les auteurs anciens donnent des récits contradictoires sur sa fin : certains prétendent qu’il fut envoyé dans l’intérieur de l’Asie et mis à mort ; d’autres récits, probablement plus vraisemblables, rapportent qu’il se retira à Chypre et y mourut. Son fils Timothée devint plus tard un autre général éminent.