La cristallurie est la présence de cristaux dans les urines. Elle résulte d’une sursaturation excessive et peut induire des problèmes rénaux tels que la néphrolithiase, la néphrocalcinose et parfois une insuffisance rénale aiguë ou chronique pouvant aboutir à une insuffisance rénale terminale. La cristallurie n’est pas, en soi, un marqueur d’un état pathologique. Pour distinguer une cristallurie physiologique d’une cristallurie pathologique, plusieurs critères peuvent être considérés (1) soit liés à l’échantillon comme le pH urinaire, l’identité des cristaux, l’habitude des cristaux, l’abondance des cristaux, l’agrégation et aussi l’occurrence de la cristallurie jugée sur des échantillons en série, (2) soit liés au contexte clinique comme la néphrolithiase, la néphrocalcinose ou l’insuffisance rénale. Le choix de l’échantillon et les conditions pré-analytiques sont critiques pour valider les résultats d’un point de vue clinique. Dans notre expérience, le premier échantillon d’urine du matin est souvent le meilleur pour évaluer, par l’analyse de la cristallurie, les principaux facteurs métaboliques impliqués dans la formation des cristaux et des calculs. La conservation de l’échantillon d’urine doit être inférieure à deux heures à température ambiante après la miction. L’examen de la cristallurie permet d’identifier des pathologies cristallogènes simplement monogéniques, de fournir une explication à l’insuffisance rénale aiguë liée à la prise de médicaments, d’aider le médecin à identifier les principaux troubles métaboliques impliqués dans la formation des calculs et d’évaluer l’efficacité des mesures préventives proposées pour éviter la récidive des calculs chez les patients ayant formé des calculs. L’étude de la cristallurie est de loin le meilleur marqueur pour prédire la récurrence des calculs au cours du suivi des personnes ayant formé des calculs, offrant ainsi la possibilité d’ajuster les conseils diététiques ou la gestion des médicaments et donc de prévenir la formation de calculs. En conclusion, l’examen de la cristallurie est un outil majeur pour le diagnostic et la prise en charge de la plupart des maladies lithogénétiques et des états pathologiques responsables de la formation de cristaux intratubulaires et de l’insuffisance rénale.