Depuis 1850 environ, le drapeau cambodgien comporte une représentation d’Angkor Wat au centre. Le drapeau actuel, avec une bonce bleue en 1948. Il a été utilisé jusqu’au 9 octobre 1970, date à laquelle un nouveau drapeau a été introduit pour la République khmère de Lon Nol qui a duré jusqu’à la prise de pouvoir des Khmers rouges en 1975. L’État subséquent du Kampuchéa démocratique, qui a existé de 1975 à 1979, a utilisé un drapeau rouge avec un dessin d’Angkor Wat à trois tours conservé en jaune à partir de 1976. La République populaire du Kampuchéa a été établie en 1979, après l’invasion vietnamienne du Cambodge.
Le Front uni national cambodgien pour le salut national (FUNSK) a fait revivre pour le nouvel État le drapeau adopté par les Khmers Issarak à l’époque de la résistance anti-française. Ce drapeau reprenait les mêmes couleurs que le drapeau du DK, mais avec une silhouette jaune à cinq tours d’Angkor Wat. Lorsque le PRK s’est rebaptisé « État du Cambodge » (SOC) en 1989, la moitié inférieure du drapeau est devenue bleue. Le drapeau de l’APRONUC a été utilisé pendant la période de transition de 1992-1993 avec le drapeau du SOC à l’intérieur du Cambodge.
En 1993, le drapeau cambodgien de 1948 a été réadopté. Le drapeau cambodgien actuel, ainsi que les drapeaux de l’Afghanistan, de la Bolivie, du Portugal, de Saint-Marin et de l’Espagne, sont les six seuls drapeaux d’État à comporter un bâtiment. Le rouge et le bleu sont les couleurs traditionnelles du Cambodge.
Le drapeau utilisé aujourd’hui est le même que celui établi en 1948, bien que l’on dise parfois que l’ancien drapeau utilisait un contour rouge pour Angkor Wat alors que le drapeau actuel utilise spécifiquement le noir. Depuis cette date, cinq autres modèles intermédiaires ont été utilisés. Presque tous ont utilisé l’image du temple d’Angkor Wat sous une forme ou une autre. Ce célèbre temple, qui date du 12e siècle, a été construit par les monarques Mahidharapura. Il compte cinq tours, mais celles-ci n’étaient pas toujours toutes représentées dans la version stylisée utilisée sur les drapeaux. La monarchie a été restaurée en septembre 1993, le drapeau de 1948 ayant été réadopté en juin de cette année-là.