Dynasties académiques : rencontre avec les Nussenzweig

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Les enfants de professeurs deviennent souvent des professeurs eux-mêmes, comment expliquer cela ? Eh bien, c’est de la simple science, comme l’ont établi les chercheurs d’Édimbourg autour de Ian Deary et Stuart Ritchie dans une recherche évaluée par les pairs : La réussite scolaire et même le revenu financier sont tous deux génétiquement héritables, étant directement liés au QI qui est bien sûr génétiquement héritable, la meilleure preuve scientifique étant a) que les élites politiques et la noblesse anglaises sont toutes suprêmement intelligentes, et b) que les enfants issus de familles à faible revenu, en particulier ceux issus de l’immigration, en particulier ceux à la peau foncée, entrent rarement à Oxbridge. Les deux pour de bonnes raisons scientifiques.

À cet égard, il est assez simple de comprendre pourquoi un nombre surprenant de professeurs ont un papa professeur, et parfois aussi une maman professeur. Parfois dans la même université où leur progéniture génétiquement supérieure et dotée d’un QI se trouve avoir étudié, ou même occuper sa propre chaire de faculté. Parfois, il suffit simplement de prononcer son nom de famille et d’admettre, oui, untel est bien mon père, ma mère ou mon oncle, et toutes les portes académiques s’ouvrent comme par magie.

Mes lecteurs se souviennent peut-être de deux exemples de ce genre. Le biologiste moléculaire du MIT David Sabatini a longtemps éclipsé son père académique David Sabatini Senior, en fait le junior est si grand et influent qu’il n’aura probablement jamais à rétracter un article, quoi qu’il arrive. Un cas très différent est celui des scientifiques des matériaux grecs basés aux États-Unis Katerina Aifantis et son père Elias Aifantis, qui est si tordu que même une équipe de psychiatres endurcis va probablement cesser de s’arracher les cheveux.

Le cas suivant est celui de la famille Nussenzweig, où pour au moins un des fils, le professeur d’immunologie de l’Université Rockefeller, chercheur sur le VIH, membre de l’AAAS et de la NAS, Michel Nussenzweig, une « carrière alternative » aurait pu être une meilleure option. Il y a des choses sur PubPeer qui le suggèrent au moins. Certains de ces articles ont été publiés avec son frère Andre Nussenzweig, chercheur sur le cancer à l’Institut national du cancer (NCI) au NIH à Bethesda.

Leurs parents étaient Ruth et Victor Nussenzweig (tous deux aujourd’hui décédés), très éminents immunologistes brésiliens qui, en 1963, ont fui la dictature fasciste et se sont établis à l’université de New York (Ruth Nussenzweig en 1939 avait fui les nazis en Autriche). Leur fils Michel a étudié, obtenu son diplôme et construit toute sa carrière universitaire à l’université Rockefeller voisine, où sa chaire de faculté porte le nom de ses deux célèbres mentors de doctorat, Zanvil Cohn et Ralph Steinman. Aujourd’hui, Michel Nussenzweig travaille à la guérison du COVID-19, dans un article récent de Nature, en étudiant les anticorps neutralisant le virus.

En effet, l’approche de Nussenzweig sur la recombinaison des immunoglobulines s’est jusqu’à présent avérée un succès retentissant, avec des articles martelés dans Nature, Cell et Science. Si cela a fonctionné là-bas, il est certain que le coronavirus sera également battu comme un pair examinateur récalcitrant.

Débutons par un article du laboratoire de Michel, coécrit avec son frère et expert en réparation de l’ADN, Andre Nussenzweig.

Anne Bothmer, Davide F. Robbiani, Michela Di Virgilio, Samuel F. Bunting, Isaac A. Klein, Niklas Feldhahn, Jacqueline Barlow, Hua-Tang Chen, David Bosque, Elsa Callen, André Nussenzweig, Michel C. Nussenzweig Régulation de la jonction terminale de l’ADN, de la résection et de la recombinaison par commutation de classe des immunoglobulines par 53BP1 Molecular Cell (2011) doi : 10.1016/j.molcel.2011.03.019

Ceci semble être un gel réutilisé et représente deux expériences différentes, où deux constructions protéiques différentes ont été utilisées. Peut-être une erreur, où quelqu’un a également recadré par erreur les bandes en les copiant-collant par erreur.

Encore des accidents du laboratoire Rockefeller de Michel, à nouveau avec son frère comme coauteur, où l’un des coauteurs de l’article ci-dessus revient comme premier auteur ici :

Niklas Feldhahn, Elisabetta Ferretti, Davide F Robbiani, Elsa Callen, Stephanie Deroubaix, Licia Selleri, Andre Nussenzweig, Michel C Nussenzweig L’orthologue de hSSB1 Obfc2b est essentiel pour la squelettogenèse mais dispensable pour la réponse aux dommages de l’ADN in vivo The EMBO journal (2012) doi : 10.1038/emboj.2012..247

Un autre coauteur, le professeur de l’UCSF Licia Selleri, a expliqué sur PubPeer quels chiffres exactement son laboratoire a contribué (pas ceux-ci). Elle a ajouté :

« nous n’avons eu aucune part dans les analyses de cytométrie en flux. Nous sommes sûrs que les docteurs Feldhahn et Nussenzweig vous répondront et répondront à vos préoccupations. »

Niklas Feldhahn est maintenant maître de conférences à l’Imperial College de Londres. En 2006, son article de doctorat de l’Université de Cologne, en Allemagne (Feldhahn et al JEM 2002) a été rétracté en raison de « compensations incorrectes des instruments FACS », un autre article coécrit par Feldhahn, Klein et al JEM 2004, a jusqu’à présent échappé à toute correction de la littérature. Ni Feldhahn ni aucun des Nussenzweig n’ont trouvé le temps de répondre à ce jour. Cet article de Nature des Nussenzweigs pourrait être encore plus problématique:

Simone Petersen, Rafael Casellas, Bernardo Reina-San-Martin, Hua Tang Chen, Michael J. Difilippantonio, Patrick C. Wilson, Leif Hanitsch, Arkady Celeste, Masamichi Muramatsu, Duane R. Pilch, Christophe Redon, Thomas Ried, William M. Bonner, Tasuku Honjo, Michel C. Nussenzweig, André Nussenzweig AID est nécessaire pour initier la formation du foyer Nbs1/gamma-H2AX et les mutations aux sites de commutation de classe Nature (2001) doi : 10.1038/414660a

Il est assez clair que les deux voies marquées sont identiques. Cela peut-il arriver par accident ou par erreur ? Cela dépend de la façon dont vous définissez l’accident ou l’erreur, peut-être comme se faire prendre pour falsification de données ? Cette fois, c’est André Nussenzweig qui est le dernier auteur et le correspondant ici. Mais aucun des deux frères n’a répondu sur PubPeer jusqu’à présent, bien qu’ils soient les principaux auteurs seniors responsables. Il pourrait y avoir un modèle, observez que le deuxième auteur de cet article de Nature 2001 est le premier auteur de Cell 2002 :

Rafael Casellas, Mila Jankovic, Gesa Meyer, Anna Gazumyan, Yan Luo, Robert Roeder, Michel Nussenzweig OcaB est nécessaire pour la transcription normale et la recombinaison V(D)J d’un sous-ensemble de gènes d’immunoglobuline kappa Cell (2002) doi : 10.1016/s0092-8674(02)00911-x

Cet auteur principal Rafael Caselas est maintenant chercheur principal au National Cancer Institute (NCI) au NIH à Bethesda, où travaille Andre Nussenzweig. Caselas a également publié ceci avec son mentor Michel Nussenzweig:

R Casellas, T A Shih , M Kleinewietfeld, J Rakonjac, D Nemazee, K Rajewsky, M C Nussenzweig Contribution de l’édition des récepteurs au répertoire des anticorps Science (2001) doi : 10.1126/science.1056600.

C’est ce qu’Elisabeth Bik appelle la cytométrie défectueuse. Les deux tracés FACS encadrés en rouge sont à la fois différents et étrangement similaires, comme le suggèrent les populations cellulaires mises en évidence. Comme si quelqu’un retraçait le fichier de données d’un échantillon de cytométrie en flux de deux manières légèrement différentes, pour représenter deux expériences différentes avec des anticorps recombinés différemment. Mais lisez la suite, il y a peut-être une explication plus amusante !

Cette farce n’était pas une chose agréable à arriver à cet article, dans Science pas moins, et avec un tel collaborateur. Le scientifique allemand Klaus Rajewsky, né en 1936, est un titan légendaire de la génétique et de l’immunologie, son nom ouvre toutes les portes universitaires et les grilles des revues. Pour l’anecdote, son fils Nikolaus Rajewsky a lui aussi plutôt bien réussi dans la génétique, car les dynasties académiques fonctionnent, tout est une question d’héritage génétique du QI, vous savez. Le père et le fils Rajewsky ont corrigé en 2017 leur article commun sur Cell, Xiao et al 2007, pour « duplication de l’intrigue FACS ». La situation semble quelque peu similaire à celle de l’article de Caselas et al 2001, car les Rajewsky ont expliqué dans la correction :

« Les petites différences des pourcentages dans deux des panneaux de droite sont dues à une mise à jour du logiciel FlowJo. »

J’espère que les Rajewsky ont poursuivi ces vilains fabricants de logiciels FlowJo ou au moins supprimé cette mise à jour maléfique. En tout cas, il n’est certainement pas agréable de trouver des preuves de truquage de données dans les articles de Klaus Rajewski, d’autant plus qu’il y avait déjà la rétractation de 2006 mentionnée ci-dessus avec Feldhahn de Cologne, qui à ce moment-là est déjà allé aux USA pour travailler avec Michel Nussenzweig.

Pas de Feldhahn ni de Caselas dans le prochain article conjoint de Michel Nussenzweig et Klaus Rajewski cependant :

Yair Dorsett, Kevin M. McBride, Mila Jankovic, Anna Gazumyan, To-Ha Thai, Davide F. Robbiani, Michela Di Virgilio, Bernardo Reina San-Martin, Gordon Heidkamp, Tanja A. Schwickert, Thomas Eisenreich, Klaus Rajewsky, Michel C. Nussenzweig MicroRNA-155 supprime la translocation de Myc-Igh médiée par la cytidine désaminase induite par l’activation Immunité (2008) doi : 10.1016/j.immuni.2008.04.002

La mauvaise nouvelle est que les photos diffèrent en luminosité/contraste alors qu’elles montrent exactement le même scan de gel, chaque point du fond correspond. Pourquoi quelqu’un ajusterait-il la luminosité en copiant-collant accidentellement une image ? La bonne nouvelle est que le Journal of Immunology publié par la société est un peu une usine à fraude qui laisse glisser des choses bien pires que ça, pour des personnes bien moins importantes.

De gauche à droite : cytométrie défectueuse, Michel Nussenzweig, Klaus Rajewsky. Photo originale : MDC Berlin.

Mais revenons brièvement sur le logiciel maléfique de cytométrie de flux qui fabrique des chiffres différents pour des tracés FACS identiques. Car c’est ce qui a dû se passer ici :

Dimitris Skokos, Michel C. Nussenzweig Les DC CD8- induisent une différenciation Th1 indépendante de l’IL-12 par le biais du Delta 4 Notch-like ligand en réponse au LPS bactérien The Journal of experimental medicine (2007) doi : 10.1084/jem.20062305.

Le premier auteur Dimitris Skokos a réussi dans l’industrie pharmaceutique, et est professeur adjoint à l’Université Rockefeller. Il y a été formé sous le même mentor que Michel Nussenzweig, apparemment le Nobel Ralph Steinman leur a enseigné, citation:

« Faites tout pour réaliser votre première observation scientifique. N’écoutez jamais les personnes sans imagination. Faites simplement de votre mieux »

Certains des mentorés de Steinman ont apparemment pris ses conseils trop à la lettre.

Le cas suivant est juste une image dupliquée à l’identique, ce qui en soi signifie peu. Mais il semble que des choses comme ça ou pire se produisent de façon récurrente par accident dans le laboratoire de Michel Nussenzweig à Rockefeller.

Sergey Yurasov , Hedda Wardemann, Johanna Hammersen, Makoto Tsuiji, Eric Meffre, Virginia Pascual, Michel C. Nussenzweig Defective B cell tolerance checkpoints in systemic lupus erythematosus The Journal of Experimental Medicine (2005) doi : 10.1084/jem.20042251

Mais maintenant, un article sans Michel, mais avec Andre Nussenzweig. Qui pour une raison quelconque a décidé de ne pas corriger la littérature ici :

Longyue L Cao, Xioaling Xu, Samuel F. Bunting, Jie Liu, Rui-Hong Wang, Longyue L. Cao, J. Julie Wu, Tie-Nan Peng, Junjie Chen, Andre Nussenzweig, Chu-Xia Deng, Toren Finkel Une exigence sélective pour 53BP1 dans la réponse biologique à l’instabilité génomique induite par la déficience de Brca1 Molecular Cell (2009) doi : 10.1016/j.molcel.2009.06.037

« L’examen du fond est facilité par le renforcement du contraste. »

Pour une raison quelconque, les trois fragments de western blot mis en évidence présentent un fond identique. Les deux encadrés bleus sont des copies miroir horizontales l’un de l’autre, mais le troisième fragment montre une bande de gel qui est la même (côté gauche) et une bande de gel qui est totalement différente (côté droit). Les flèches vertes pointent vers certaines irrégularités qui suggèrent un effacement ou d’autres retouches numériques. Mais bien sûr aussi ici, il y a d’autres explications moins pédestres.

Les éditeurs de Molecular Cell sont cités sur PubPeer d’il y a plus de 2 ans avec « Il a été enquêté et traité selon notre processus pour les questions de post publication ». Aucune action, quelle qu’elle soit, n’a été entreprise sur cet article jusqu’à aujourd’hui. Le dernier auteur, Toren Finkel de l’Université de Pittsburgh, a plusieurs articles sur Pubpeer, une de ces publications de son laboratoire (Narayan et al Nature 2012) a été rétractée, officiellement pour être irreproductible.

Etait-il vraiment nécessaire que les frères Nussenzweig deviennent des scientifiques comme leurs parents, avec une telle attitude vis-à-vis de l’intégrité des données ? Pourquoi oui, bien sûr, c’est exactement comme cela que la biomédecine progresse d’un article de Nature à une autre subvention des NIH. Et c’est ainsi que Michel Nussenzweig va guérir le COVID-19, avec des papiers de Nature.

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