En particulier pendant la guerre et d’autres périodes de conflit, des groupes relativement petits de personnes ont vécu temporairement dans des grottes, où ils se cachaient ou cherchaient autrement un refuge. Ils ont également utilisé des grottes à des fins clandestines et à d’autres fins spéciales tout en vivant ailleurs.
Fuyant peut-être la violence des anciens Romains, des personnes ont laissé les manuscrits de la mer Morte dans onze grottes près de Qumran, dans ce qui est aujourd’hui une zone de la Cisjordanie gérée par le parc national israélien de Qumran. Les documents y sont restés intacts pendant environ 2 000 ans, jusqu’à leur découverte dans les années 1940 et 1950.
Les cavernes de DeSoto, dans ce qui est devenu l’Alabama aux États-Unis, étaient un cimetière pour les tribus locales ; les mêmes grottes sont devenues un violent bar clandestin dans les années 1920. Les grottes de Saint-Louis ont pu être une cachette le long du chemin de fer clandestin.
D’environ 1000 à environ 1300, certains Pueblo ont vécu dans des villages qu’ils ont construits sous des falaises dans ce qui est maintenant le Sud-Ouest des États-Unis.
Dans son livre Home Life in Colonial Days, Alice Morse Earle a écrit que certains des premiers colons européens de la Nouvelle-Angleterre, de l’État de New York et de la Pennsylvanie vivaient dans des habitations troglodytes, également appelées « maisons fumantes » :
En Pennsylvanie, les grottes ont été utilisées par les nouveaux arrivants comme habitations pendant une longue période, certainement un demi-siècle. Elles étaient généralement formées en creusant le sol à environ quatre pieds de profondeur sur les berges ou les falaises basses près du bord de la rivière. Les murs étaient ensuite construits avec de la terre ou des mottes de terre posées sur des poteaux ou des broussailles ; ainsi, la moitié seulement de la chambre était réellement sous terre. Si elle était creusée dans une colline latérale, la terre formait au moins deux murs. Les toits étaient constitués de couches de branches d’arbres recouvertes de gazon, d’écorce ou de joncs et d’écorce. Les cheminées étaient faites de pavés ou de bâtons de bois morcelés avec de l’argile et de l’herbe. Les colons étaient reconnaissants, même pour ces pauvres abris, et déclaraient qu’ils les trouvaient confortables. En 1685, de nombreuses familles vivaient encore dans des grottes en Pennsylvanie, car le conseil du gouverneur a alors ordonné que les grottes soient détruites et comblées.
Dans les années 1970, plusieurs membres du Tasaday habitaient apparemment des grottes près de Cotabato, aux Philippines.
Les grottes de Sacromonte, près de Grenade, en Espagne, abritent environ 3 000 Gitano, dont les habitations vont de pièces uniques à des grottes de près de 200 pièces, ainsi que des églises, des écoles et des magasins dans les grottes.
Certaines familles ont construit des maisons modernes (ou rénové des maisons plus anciennes) dans des grottes, comme dans le Missouri, à Matera, en Italie, et en Espagne.
Au moins 30 000 000 de personnes en Chine vivent dans des maisons troglodytes, appelées yaodongs ; parce qu’elles sont chaudes en hiver et fraîches en été, certaines personnes trouvent les grottes plus désirables que les maisons en béton en ville.
Dans les villes minières australiennes de Coober Pedy et Lightning Ridge, de nombreuses familles ont taillé des maisons dans les mines d’opale souterraines, pour échapper à la chaleur brûlante du désert.
Dans la vallée de la Loire, des grottes abandonnées sont rénovées par des particuliers pour en faire des logements abordables.
Au Royaume-Uni, les maisons de roche de Kinver Edge ont été habitées jusqu’au milieu du 20e siècle.