Le Journal of Biomedical Informatics reflète un engagement envers des articles de recherche originaux de haute qualité, des critiques et des commentaires dans le domaine de la méthodologie de l’informatique biomédicale. Bien que nous publiions des articles motivés par des applications dans les sciences biomédicales (par exemple, la médecine clinique, les soins de santé, la santé des populations et la bioinformatique translationnelle), le journal met l’accent sur les rapports de nouvelles méthodologies et techniques qui ont une applicabilité générale et qui constituent la base de la science évolutive de l’informatique biomédicale. Les articles sur les dispositifs médicaux, les évaluations des systèmes mis en œuvre (y compris les essais cliniques des technologies de l’information) ou les articles qui donnent un aperçu d’un processus biologique, d’une maladie spécifique ou des options de traitement seraient généralement plus adaptés à une publication dans d’autres revues. Les articles sur les applications du traitement du signal et de l’analyse d’images sont souvent plus adaptés aux revues d’ingénierie biomédicale ou à d’autres revues d’informatique, bien que nous publiions des articles qui mettent l’accent sur les questions de gestion de l’information et de représentation/modélisation des connaissances qui se posent dans le stockage et l’utilisation des signaux et des images biologiques. Les descriptions de systèmes sont les bienvenues si elles illustrent et justifient la méthodologie sous-jacente qui est l’objet principal du rapport et si un effort est fait pour aborder la généralisation et/ou le champ d’application de cette méthodologie. Notez également que, étant donné la nature internationale du JBI, les articles qui traitent de langues spécifiques autres que l’anglais, ou de systèmes de santé ou d’approches spécifiques à un pays, ne sont acceptables pour le JBI que s’ils offrent des leçons généralisables qui sont pertinentes pour le large lectorat du JBI, indépendamment de leur pays, de leur langue, de leur culture ou de leur système de santé.
Quels sont les articles appropriés pour le JBI ?
Des articles qui répondent à un besoin en médecine, et pas seulement un ensemble de données commode à analyser avec des méthodes novatrices, qui pourrait plutôt aller dans une revue d’ingénierie.
L’implication des professionnels de la santé dans la motivation du travail et l’évaluation des résultats est généralement nécessaire.
Nous encourageons les auteurs de JBI d’articles de recherche originaux à décrire un travail tel que le suivant :
« J’avais un problème biomédical du monde réel, j’ai essayé les techniques existantes mais elles n’ont pas fonctionné. J’ai donc développé une nouvelle méthodologie et j’ai évalué sa pertinence et l’ai comparée à l’état de l’art dans mon domaine du monde réel. Cela m’a fait réfléchir aux autres problèmes que cette nouvelle méthode pourrait aider à résoudre. J’ai lié à cela dans la discussion et démontrer que j’ai une nouvelle méthodologie générique qui n’est pas spécifique à un domaine d’application étroit. »
« Bien que j’ai utilisé des méthodes ML existantes, j’ai créé et validé une « méthode de méthodes » qui explique comment appliquer les méthodes existantes à un espace de problèmes biomédicaux qui partagent des caractéristiques uniques qui influencent le choix des méthodes. »
Qu’est-ce que l’informatique biomédicale ? »
« L’informatique biomédicale est le domaine interdisciplinaire qui étudie et poursuit les utilisations efficaces des données, des informations et des connaissances biomédicales pour la recherche scientifique, la résolution de problèmes et la prise de décision, motivées par les efforts visant à améliorer la santé humaine. »
C A Kulikowski et al, Livre blanc du conseil d’administration de l’AMIA : définition de l’informatique biomédicale et spécification des compétences de base pour l’enseignement supérieur dans la discipline, Journal of the American Medical Informatics Association, vol. 19, no 6, p. 931-938, novembre 2012.
Quels domaines de l’informatique biomédicale sont en dehors du champ d’application du JBI ?
Les articles sur le traitement du signal, l’imagerie, les dispositifs médicaux, les réseaux de communication, la sécurité sont généralement en dehors du champ d’application du JBI ; même les articles sur la bioinformatique/modélisation des maladies pourraient être hors champ. Pour être pris en considération pour le JBI, tous ces articles doivent présenter de nouvelles méthodes informatiques qui reposent sur une compréhension et une utilisation approfondies des connaissances du domaine médical et doivent pouvoir être traduites en applications médicales. Les exemples d’articles qui ne conviendront pas sont ceux qui prédisent la structure des séquences d’ADN (non translationnels) ou les articles de modélisation de la transmission des maladies qui ne démontrent pas une compréhension et une utilisation de l’épidémiologie des maladies infectieuses ou qui ne sont pas applicables dans la pratique.
Les méthodes qui font l’objet des articles du JBI peuvent être tirées d’un certain nombre de sciences composantes du domaine de l’informatique biomédicale. Bien que les méthodes soient souvent liées au domaine de l’informatique, de nombreux articles du JBI mettront l’accent sur des techniques innovantes provenant d’autres domaines, tels que les sciences de la décision, les statistiques, les sciences cognitives, la psychologie, les sciences de l’information, la théorie organisationnelle ou les sciences de la gestion.
Si vous envisagez de soumettre votre article de bioinformatique au JBI, veuillez être conscient de cette orientation méthodologique. Les découvertes biologiques basées sur l’utilisation de techniques informatiques de routine peuvent être des contributions biologiques importantes mais ne conviennent pas au JBI. En outre, veuillez noter que le JBI publie des articles de bioinformatique uniquement s’ils traitent de questions relatives à la science translationnelle (humaine). Consultez l’éditorial sur la bioinformatique translationnelle qui traite de ce sujet avant de soumettre votre article.
Les articles sur la confidentialité ou la sécurité biomédicale doivent également proposer des méthodologies nouvelles et pratiques qui sont clairement motivées par les défis des soins de santé et de la biomédecine. Une méthode établie dans un autre domaine ne justifie pas sa republication dans le JBI simplement parce qu’elle a été appliquée à un problème biomédical. Nous recherchons également des articles qui décrivent une nouveauté méthodologique substantielle plutôt que de petites améliorations progressives de techniques déjà publiées. Voir notre éditorial sur la confidentialité et la sécurité pour plus de détails sur nos politiques concernant les articles acceptables dans ce domaine.
Les articles sont généralement de sept types :
1. Articles de recherche réguliers : Présentation et discussion d’un système ou d’une approche motivée sur le plan biomédical ou clinique qui a nécessité le développement de méthodes innovantes plutôt que l’application de techniques établies. Les applications motivantes peuvent être discutées, mais la nouvelle méthode doit être discutée de manière à ce que la généralisation soit claire, idéalement avec une évaluation de sa gamme d’applicabilité. Veuillez choisir le type d’article « Research Paper » pendant le processus de soumission.
2. Articles de revue méthodologique : Examens d’une approche méthodologique qui résume son introduction, son utilisation, ses succès et ses limites. Ces examens proposeront également souvent des orientations de recherche futures ou critiqueront une méthode et discuteront de l’éventail des problèmes pour lesquels elle peut ne pas être une solution appropriée. Notez que de telles revues doivent se concentrer sur une méthode ou une approche, et non sur un domaine d’application spécifique (par exemple, évitez de soumettre des revues telles que « Computers in Diabetes Management »). Veuillez choisir le type d’article « Review article » pendant le processus de soumission.
3. Commentaires : Il s’agit d’articles, généralement plus courts que les articles de recherche, qui tendent à discuter d’articles précédemment publiés ou d’un thème qui constitue un domaine d’intérêt important pour la base méthodologique de la recherche en informatique biomédicale et son application. Les commentaires sont souvent invités, mais peuvent être soumis par n’importe qui après une discussion avec les rédacteurs. Si la soumission d’un commentaire est envisagée, veuillez soumettre au préalable une brève proposition à [email protected]. Si votre soumission d’un commentaire a été sollicitée, ou approuvée par la rédaction, veuillez choisir le type d’article « Discussions » pendant le processus de soumission et préciser dans la lettre d’accompagnement que votre manuscrit est destiné à être un commentaire.
4. Communications spéciales:Ce sont des articles qui traitent d’une question d’intérêt général pour la communauté de recherche en informatique orientée vers la méthodologie. Ils peuvent rendre compte des résultats d’ateliers ou d’études de recherche, offrant généralement des leçons ou des conseils qui seront utiles à d’autres. Ces articles ne doivent pas nécessairement faire état de nouvelles méthodologies informatiques innovantes. Si la soumission d’une communication spéciale est envisagée, veuillez soumettre au préalable une brève proposition à [email protected]. Si votre soumission d’une communication spéciale a été approuvée par le rédacteur en chef, veuillez choisir le type d’article « Discussion » pendant le processus de soumission et préciser dans la lettre d’accompagnement que votre manuscrit est destiné à être une communication spéciale.
5. Lettres à la rédaction : Les lettres peuvent être soumises et seront considérées pour une éventuelle publication dans la revue. Elles commentent généralement un article publié précédemment. Veuillez choisir le type d’article « Correspondance » au cours du processus de soumission.
6. critiques de livres : Les rédacteurs identifieront occasionnellement un nouveau livre susceptible d’intéresser le lectorat du JBI. Ils inviteront des personnes à écrire des critiques de ces volumes, et ces soumissions sont sur invitation seulement. Les critiques de livres non sollicitées ne seront pas prises en compte. Veuillez choisir le type d’article « critique de livre » au cours du processus de soumission.
7. Éditoriaux : Les rédacteurs ou leurs invités publieront occasionnellement des éditoriaux, mais les éditoriaux non sollicités ne seront pas pris en compte. Veuillez choisir le type d’article « Editorial » pendant le processus de soumission.
Lorsqu’un auteur soumet un manuscrit en réponse à un appel à articles pour un numéro thématique spécial, la catégorie de soumission doit être le titre du numéro spécial, mais la lettre d’accompagnement doit indiquer si l’article est une revue méthodologique, un article régulier ou un commentaire.
Contexte supplémentaire à examiner avant de soumettre un article
Le Journal of Biomedical Informatics (JBI), publié pour la première fois par Academic Press en 1968 sous le titre Computers and Biomedical Research (CBR), a été remanié et renommé à partir du volume 34 en 2001. Forts d’une solide histoire de 33 ans depuis la première édition de CBR en 1968, nous avons procédé à un certain nombre de changements pour mettre à jour et réorienter la revue à la lumière de l’évolution du domaine, tout en cherchant à occuper un créneau qui n’est pas clairement identifié comme central par les autres revues qui publient des articles sur la recherche en informatique biomédicale. Nous avons énoncé cet objectif comme suit dans notre éditorial inaugural :
« Il est de plus en plus difficile de publier des articles qui auront un large attrait pour un lectorat diversifié. Nous avons donc décidé qu’il est important d’introduire une orientation plus stricte à la revue dans les années à venir, et c’est dans cet esprit que nous avons renommé la revue pour refléter une orientation plus moderne et plus étroite. Le Journal of Biomedical Informatics (JBI) est destiné à compléter plutôt qu’à concurrencer les autres grandes revues d’informatique biomédicale. En particulier, nous souhaitons mettre l’accent sur les articles qui élucident les méthodologies qui se généralisent à travers les domaines biomédicaux et qui aident à former la base scientifique du domaine. Les articles auront tendance à porter sur les technologies de l’information plutôt que sur les dispositifs médicaux, et sur les méthodes sous-jacentes plutôt que sur les descriptions de systèmes ou les évaluations sommatives. Vous devez vous attendre à ce que ce journal soit une excellente source de nouvelles idées sur la façon d’aborder les problèmes difficiles qui se posent dans le développement de solutions informatiques aux problèmes des sciences biomédicales et de la pratique clinique. »
Après presque deux décennies de publication sous le titre JBI, nous sommes heureux du succès de la revue. Elle a une réputation d’excellence et de rigueur et nous espérons que nos lecteurs et les auteurs publiés sont pareillement impressionnés par la qualité à la fois des travaux et des écrits que nous avons attirés dans ces pages.
JBI cherche à publier des articles qui apportent une contribution conceptuelle au domaine, typiquement en décrivant une innovation dans la méthodologie ou la technique ou en discutant des leçons généralisables substantielles qui ont été apprises dans le contexte d’un projet informatique intéressant. Lorsqu’une contribution a une base théorique, cette théorie est également un point fort approprié pour l’exposition. D’après notre expérience, de nombreux projets de recherche qui commencent comme des efforts d’application aboutissent à une innovation méthodologique qui, correctement décrite, contribue à la base scientifique de notre discipline. Ainsi, nous ne décourageons pas les soumissions qui traitent d’applications intéressantes, mais nous encourageons plutôt une perspective sur la meilleure façon d’écrire et de partager les idées méthodologiques généralisables qui découlent du travail appliqué et dont d’autres peuvent bénéficier. Nous pensons que de tels articles forment le noyau de l’informatique biomédicale en tant que science.
Il y a eu cinq raisons principales pour le retour des articles sans examen. La plus fréquente est sans doute celle où un article est principalement une description d’une application informatique ou de son évaluation. Un nouveau système clinique qui aborde un problème clinique important, mais qui n’offre pas de méthodologie nouvelle, serait plus approprié pour une autre revue, soit en informatique appliquée, soit dans le domaine clinique d’application. De même, les études d’enquêtes/questionnaires ou les analyses des besoins des utilisateurs sont susceptibles de convenir à JBI uniquement si elles apportent de nouvelles méthodes pour réaliser de telles études ou analyses, ou de nouvelles perspectives sur le comportement des utilisateurs, les sciences cognitives ou l’interaction homme-machine.
Une deuxième raison de renvoyer les articles sans examen survient lorsqu’un article ne traite pas des notions informatiques fondamentales de gestion de l’information et des connaissances. Le plus souvent, cela se produit lorsqu’un article présente un nouveau dispositif médical ou une approche du traitement des signaux ou des images biomédicales, en particulier lorsque l’accent est mis sur les méthodes numériques ou la surveillance physiologique plutôt que sur le traitement et la gestion de l’information ou les approches basées sur les connaissances. Nous renvoyons généralement ces articles à des revues d’ingénierie biomédicale ou à des revues cliniques dans le domaine d’application (par ex, une revue de cardiologie pour de nouvelles approches de l’analyse des électrocardiogrammes, ou une revue d’imagerie pour une nouvelle approche mathématique de la segmentation ou d’autres aspects de l’analyse d’images).
Troisièmement, parce que le domaine de l’informatique biomédicale est motivé à travers toutes les applications pour avoir un impact positif sur la santé humaine ou le traitement des maladies humaines, les articles de bioinformatique soumis à JBI devraient être dans le domaine de la bioinformatique translationnelle (TBI). Nous rejetons systématiquement les articles sans examen s’ils traitent de solutions bioinformatiques de base qui sont largement applicables (par exemple, les méthodes analytiques pour les microréseaux) mais qui ne sont pas spécifiquement motivées par la santé ou la maladie humaine. En conséquence, nous ne publions pas les articles qui traitent de la bioinformatique végétale ou animale ou des méthodes de génomique spécifiquement destinées à l’agriculture ou à la zoologie.
Quatrièmement, nous utilisons un logiciel de soutien pour évaluer chaque soumission au JBI, en cherchant à voir s’il y a des preuves de réutilisation significative du texte d’autres articles publiés. Dans certains cas, les publications antérieures ne sont même pas citées dans le nouvel article. Indépendamment du fait que les auteurs d’un manuscrit soient également les auteurs d’un article dont le texte a été réutilisé, nous refusons généralement d’évaluer les articles qui présentent un chevauchement important avec d’autres publications. Non seulement de telles pratiques entraînent des risques de plagiat (ou d’auto-plagiat), mais elles soulèvent également des questions quant à la nouveauté du travail présenté dans le nouveau manuscrit. Nous nous attendons à ce que tous les articles soient rédigés de novo et demandons que les manuscrits (et la lettre d’accompagnement) indiquent clairement comment le nouveau travail s’appuie sur, améliore ou dépasse les capacités des travaux publiés précédemment.
Enfin, bien que le JBI soit une revue internationale et que nous comprenions les défis auxquels les auteurs sont confrontés lorsque l’anglais n’est pas leur langue maternelle, certains articles ont des problèmes si graves avec leur exposition en anglais que nous les rejetons ou les renvoyons pour révision, suggérant l’implication d’un éditeur ou d’un coauteur expert en anglais avant que l’article puisse être jugé apte à entrer dans le processus de révision scientifique. Les problèmes mineurs de langue peuvent être corrigés dans le processus éditorial, mais les problèmes plus graves empêchent une évaluation adéquate de la contribution scientifique.
Parmi les articles qui ont été examinés, notre taux d’acceptation éventuel est maintenant d’environ 25%. Chaque article publié n’a été accepté qu’après des révisions importantes, les auteurs ne doivent donc pas être surpris lorsque des révisions sont nécessaires avant qu’un article soit prêt à être publié. Nous pensons toutefois que la rigueur que nous avons introduite dans le processus d’examen et de révision a permis d’obtenir un meilleur produit, plus utile sur le plan scientifique. Par exemple, les commentaires anecdotiques, ainsi que les données de citation et de téléchargement, suggèrent que les examens méthodologiques inclus dans presque chaque numéro ont été largement utilisés à des fins éducatives et d’étude.
Nous avons reçu un nombre croissant d’articles soumis chaque année depuis la transition de CBR à JBI. Au cours de notre première année, nous avons reçu environ 100 manuscrits, mais nous recevons maintenant bien plus de 800 articles par an. En conséquence, la revue a pris de l’ampleur, avec plus d’articles par numéro. Nous consacrons également deux ou trois numéros par an à des sujets méthodologiques spéciaux supervisés par des rédacteurs invités qui nous proposent de tels numéros spéciaux. Les articles acceptés sont immédiatement disponibles en ligne et sont indexés dans Medline. Ils apparaissent peu après dans un numéro « virtuel » compilé sur ScienceDirect. Depuis 2016, nous avons cessé de produire une version imprimée de JBI, ayant appris que la grande prépondérance de l’accès à la revue se fait par Internet et ScienceDirect. Des copies papier des numéros complets sont disponibles auprès d’Elsevier via les services d’impression à la demande. Les articles peuvent être publiés en accès libre moyennant des frais payés par les auteurs, mais ils ne sont autrement accessibles qu’aux abonnés pendant les 12 premiers mois suivant leur publication. Par la suite, ils sont mis en libre accès dans notre archive ouverte ScienceDirect. Comme la revue est produite uniquement en ligne, il n’y a pas de limite ou de frais concernant l’utilisation de la couleur dans les figures ou les photographies dans les manuscrits soumis.
Nous vous encourageons à soumettre vos meilleurs travaux méthodologiques à JBI. Gardez à l’esprit que nous offrons des possibilités de discussion approfondie d’une approche innovante, telle que jugée par nos examinateurs ainsi que les éditeurs, et nous avons évité toute limite arbitraire sur le nombre de mots ou d’autres métriques concernant la longueur des articles individuels. Nous encourageons également les articles décrivant des travaux de thèse de doctorat, et soulignons que l’examen approfondi des sujets entrepris dans un document de thèse peut souvent être adapté pour développer un article de synthèse méthodologique qui convient au JBI. Le journal n’a également pas de frais de page et peut inclure des composants multimédias pour les articles dans l’environnement en ligne.
L’informatique biomédicale est un domaine en plein essor, avec des applications et des implications importantes dans l’ensemble du monde biomédical et clinique. Nous souhaitons vivement que la communauté des chercheurs identifie systématiquement le JBI comme la revue qui définit le mieux la base scientifique de ce domaine. En conséquence, nous vous invitons à la fois à vos contributions et à votre lectorat.
Mor Peleg
Editrice en chef
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