Le réaménagement de deux ans du Babylon a commencé en 1999. Il a coûté dix millions de marks et a été principalement financé par le gouvernement allemand. Des fonds de développement de la loterie de deux millions d’euros ont été donnés pour les sièges et l’équipement technique. Le toit et le plafond du grand auditorium ont été remis à neuf. Les solives en bois du plafond, qui n’étaient plus en mesure de supporter le poids, ont été remplacées par des poutres en acier et un nouveau toit a été érigé par-dessus. La façade du bâtiment a également été restaurée.
L’objectif de la restauration n’était pas de rendre au bâtiment l’aspect qu’il avait à un moment donné, mais de conserver divers éléments de l’histoire du bâtiment. Le foyer a été remis dans l’état où il était lorsque le bâtiment a été ouvert en 1928 et l’auditorium a été rénové dans son style de 1948, avec des sièges en peluche et des détails en stuc et dorés. À l’origine, le bâtiment était utilisé à la fois comme un cinéma et un théâtre et disposait donc d’une arrière-scène derrière l’écran. C’est là qu’un nouvel auditorium plus petit a été construit dans le cadre de la restauration. La fosse d’orchestre du grand auditorium a été restaurée, afin qu’un orchestre de chambre puisse jouer de la musique en direct pendant les projections de films muets. En 1999, l’orgue de cinéma J. D. Philipps, vieux de 70 ans, a été restauré. C’est le seul orgue de cinéma en Allemagne qui est encore joué à son emplacement d’origine.
En mai 2001, la réouverture de l’auditorium a eu lieu avec le film Othello d’Orson Welles. En 2002, l’association « Berlin film art Babylon » a reçu l' »hémisphère d’argent » de la Fondation allemande pour la protection des monuments. Les architectes Joachim Roemer et Klaus Meyer-Rogge ont été récompensés pour avoir sauvé un « bâtiment clé de l’architecture cinématographique ».
Le Babylon est un lieu où se déroule le Festival international du film de Berlin (Berlinale). L’orgue de cinéma restauré a été relancé le 26 mai 2001 lors d’une projection de The Golem : How He Came into the World. Cette projection a été suivie d’une série de concerts de films muets avec le pianiste Stephan von Bothmer.
En 2009, certains employés, membres du syndicat anarcho-syndicaliste Free Workers’ Union (FAU), ont demandé une augmentation des salaires et de meilleures conditions de travail. Fin juillet 2009, la section berlinoise du FAU a appelé au boycott du cinéma. Le syndicat Ver.di a signé une convention collective avec les employés à partir du 1er janvier 2010. En 2009, l’exploitant du cinéma a engagé un litige avec la FAU, concernant son droit à se désigner comme syndicat. En octobre 2009, le tribunal du travail de Berlin-Brandebourg a décidé que la FAU avait le droit de négocier des accords salariaux. Une injonction temporaire, imposée par le tribunal de grande instance de Berlin en décembre 2009, a interdit à la FAU de Berlin de se désigner comme syndicat jusqu’à nouvel ordre. Cette décision a été annulée par la Cour suprême en juin 2010.