Cytométrie de masse
La cytométrie de masse, ou CyTOF (Fluidigm), est une variante de la cytométrie de flux dans laquelle les anticorps sont marqués avec des marqueurs d’ions de métaux lourds plutôt que des fluorochromes. La lecture se fait par spectrométrie de masse à temps de vol. Cela permet de combiner beaucoup plus de spécificités d’anticorps dans un seul échantillon, sans débordement significatif entre les canaux. Nous disposons de panels standardisés pour l’immunophénotypage, le phénotypage+coloration des cytokines intracellulaires (ICS) et le phénotypage+phospho-CyTOF, comprenant chacun 30 à 38 anticorps. Contactez [email protected] pour plus de détails.
Immunophénotypage : Notre panel d’immunophénotypage CyTOF de 33 anticorps est conçu pour être utilisé avec des PBMC cryoconservés, bien qu’il puisse être adapté à d’autres types d’échantillons. Un nombre limité d’anticorps supplémentaires peut être ajouté aux canaux ouverts, sous réserve de disponibilité.
Cytokines intracellulaires : Notre panel CyTOF ICS de 38 anticorps vise principalement la dissection des réponses des cellules T. Des substitutions limitées sont possibles (les plus courantes étant énumérées).
Phospho-CyTOF : Notre panel de 30 anticorps phospho-CyTOF peut être utilisé avec les stimuli indiqués pour lire un large éventail de voies de signalisation dans de nombreux sous-ensembles cellulaires différents. Les ajouts ou substitutions dans ce panel sont plus difficiles, en raison de la nécessité pour les anticorps marqueurs de surface de bien fonctionner sur des épitopes fixes.
Voir la liste des anticorps standard dans ces trois panels CyTOF ici. (révisé en juin 2018)
Pour une interview vidéo du Dr Mike Leipold sur les problèmes expérimentaux du CyTOF, voir https://www.youtube.com/watch?v=UYYq9jh7FgQ.
Instructions d’utilisation
1. Planification de votre essai : Les essais CyTOF sont réalisés par lots de 12 échantillons au maximum. Si vous avez plus d’échantillons, veuillez essayer de randomiser vos lots afin que, par exemple, les cas et les témoins ne soient pas séparés dans des lots distincts.
2. Collecte de vos échantillons : Veuillez utiliser un PROTOCOLE DE CRYOPRESERVATION optimisé pour les PBMC viables. Nous recommandons de congeler 10^7 cellules par cryovial, et de fournir un cryovial pour chacun des essais ci-dessus. Les services de traitement et de cryoconservation des PBMC sont également disponibles auprès de notre unité de traitement du sang.
3. Exécution de vos échantillons : Une commande en ligne est nécessaire avant que les échantillons puissent être exécutés. Le délai d’exécution varie en fonction de la taille de votre projet et de la charge de travail actuelle ; les petits projets peuvent généralement être réalisés dans les 3 à 4 semaines suivant la commande et la livraison des échantillons.
4. Analyse des données : Nous fournissons une analyse standard des données en utilisant le logiciel FlowJo. Un rapport Excel avec les pourcentages de toutes les populations gated, ainsi que les pdf des résultats de gating et tous les fichiers fcs, sont fournis via Google Drive. Pour les panels standard, les données Excel sont téléchargées simultanément dans notre base de données en ligne, Stanford Data Miner, où elles peuvent être intégrées avec d’autres données HIMC de votre laboratoire, ainsi que des données cliniques/démographiques, si elles sont fournies. Cliquez sur le lien d’aide dans le coin supérieur gauche de la page d’accueil de Data Miner pour obtenir des instructions sur l’utilisation de ce système.
Des consultations statistiques sont disponibles par le biais du service de consultation statistique de l’HIMC.
Protocoles
Veuillez consulter notre page Protocoles pour obtenir des protocoles de laboratoire détaillés ainsi que de courtes descriptions adaptées aux publications ou aux demandes de subvention.
Informations complémentaires :
- Revue de la cytométrie de masse (Trends in Immunology)
- Analyse des données CyTOF dans FlowJo
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