Des rapports récents indiquent que les effectifs de la population du crocodile cubain montrent des signes de récupération ; la population du marais de Zapata est estimée entre 3 000 et 6 000 individus.
Il existe deux menaces principales : la chasse et l’hybridation, notamment avec le crocodile américain, qui limite le patrimoine génétique pur de cette espèce. La chasse a fortement augmenté entre les années 1990 et aujourd’hui et sert principalement à l’industrie touristique ou à la consommation locale. L’hybridation a longtemps été suspectée mais mal comprise. Des études génétiques récentes prouvent qu’une hybridation importante a lieu dans la nature. Une population captive est présente dans deux zones (dans le marais de Zapata et dans le marais de Lanier) mais on soupçonne fortement la présence d’animaux hybrides dans ces populations également. Aucune de ces menaces n’a été résolue.
Cette espèce est inscrite à l’annexe I de la CITES. Il existe également des mesures de conservation directes, notamment des programmes de reproduction en captivité, des réintroductions et des zones protégées. La chasse illégale se poursuit ; par conséquent, une gestion supplémentaire des récoltes est nécessaire pour réduire le taux de déclin de la population qui se produit actuellement.
Des mesures actives sont en cours pour s’assurer que les deux populations existantes restent bien protégées, mais une autre priorité de conservation importante est l’établissement d’une population sauvage alternative.