Les plus anciennes formes d’isolement connues sont celles mentionnées dans le Pentateuque (Bible) il y a plus de 3400 ans, notamment dans le cas de la lèpre. Hippocrate et Galien, au Ve siècle avant Jésus-Christ, conseillaient » Cito, Longe, Tarde « , c’est-à-dire » partez vite, partez loin et tardez à revenir « .
À partir des XIIIe et XIVe siècles, les formes d’isolement se développent. Les personnes infectées étaient séparées pour empêcher la propagation de la maladie chez les anciens Israélites en vertu de la loi mosaïque, telle qu’elle est définie dans l’Ancien Testament.
Venise a pris la tête des mesures sanitaires visant à contrôler la propagation de la peste, ayant nommé trois gardiens de la santé publique dans les premières années de la peste noire (1348). Le mot « quarantaine » vient de l’expression italienne quaranta giorni, qui signifie « quarante jours ». Son utilisation avec les navires a déterminé son nom, bien qu’il ne soit pas basé sur une raison scientifique. Pour la plupart des maladies, la période d’incubation est inférieure à quarante jours, avec quelques exceptions comme la mononucléose infectieuse ou le Kuru.
À l’époque actuelle, la crainte d’une contamination au retour de la Lune (une contamination interplanétaire) a été la principale raison des procédures de quarantaine adoptées pour le premier programme de mission du programme Apollo. Les astronautes et les échantillons lunaires ont été mis en quarantaine au Lunar Receiving Laboratory. De même, il existe un protocole de quarantaine pour tout échantillon provenant d’une future mission de retour sur Mars, qui serait effectué dans un laboratoire de biosécurité de niveau 4, connu sous le nom de Mars Sample Return Receiving Facility (MSRRF).
La Mars Sample Return Receiving Facility (MSRRF) est la seule installation de quarantaine sur Mars.