Vous cherchez à commencer à utiliser des échantillons de sang dans votre recherche translationnelle ? Peut-être vous intéressez-vous au cancer du sein métastatique, ou au poumon non à petites cellules. Ou peut-être que les défis et les limites des échantillons de tumeurs solides vous font penser… qu’il est temps.
Et maintenant ?
Regardons de plus près le rendement de l’ADN, et la réalité du travail avec l’ADN acellulaire du plasma. L’ADN acellulaire (ou cfDNA) désigne tout l’ADN non encapsulé présent dans la circulation sanguine. Une partie de cet ADN acellulaire provient d’un clone tumoral et est appelé ADN tumoral circulant (ou ADNc). L’ADNc est constitué de fragments d’acide nucléique qui pénètrent dans la circulation sanguine pendant l’apoptose ou la nécrose. Normalement, ces fragments sont nettoyés par les macrophages, mais nous pensons que la surproduction de cellules dans le cancer laisse derrière elle une plus grande quantité d’ADNc. Ces fragments, d’une longueur moyenne d’environ 170 bases, ont une demi-vie d’environ deux heures et sont présents à la fois dans les stades précoces et tardifs de nombreuses tumeurs courantes, notamment les cancers du poumon et du sein non à petites cellules. Cela dit, la concentration d’ADNc varie considérablement, se situant entre 1 et 100 000 fragments par millilitre de plasma.
Si vous êtes dans l’espace de séquençage de nouvelle génération depuis un certain temps, vous voudrez peut-être connaître la sensibilité et la spécificité. Nous avons démontré une sensibilité et une spécificité élevées pour les variants à une fréquence supérieure au point un pour cent avec 20 nanogrammes d’ADN d’entrée, et supérieure au point cinq pour cent avec 5 nanogrammes . Pour en savoir plus sur la manière de procéder, consultez notre vidéo sur les tests cfDNA. Vous avez peut-être entendu parler de l’utilisation de l’ADNc pour des analyses à la limite de détection de 0,1 %. Bien que la technologie existe pour atteindre .01% (gouttelette numérique par exemple), il y a une limite biologique dont nous devons parler.
À partir d’un échantillon de sang de 10 ml, en utilisant le kit d’isolation d’ADN sans cellules MagMAX d’Applied Biosystems, nous obtenons régulièrement environ 20 nanogrammes de cfDNA, soit environ 6 molécules utilisables pour l’analyse. Quelques calculs rapides nous montrent qu’à une limite de détection de 1%, nous pouvons nous attendre à environ 25 molécules. À 0,1 %, seules 2 à 3 molécules devraient être présentes. Cela signifie qu’en dessous de 0,1 %, il se peut qu’aucune molécule ne soit présente pour l’analyse. N’oubliez pas non plus que les concentrations d’ADNc sont très variables. Elles peuvent être très faibles à des stades critiques tels que la récidive précoce ou le développement de la résistance, sur lesquels se concentrent actuellement de nombreux chercheurs. Pour réussir à isoler 20 nanogrammes d’ADN à partir du plasma sanguin, des méthodes manuelles et automatisées sont disponibles en fonction de vos besoins en termes de débit.
L’ADN en main, votre recherche dicte la voie à suivre à ce stade. Vous pouvez choisir la PCR numérique pour les études de suivi des récidives. Pour la recherche sur la sélection de la thérapie, un test de séquençage de nouvelle génération peut être préféré. Où que vous mène votre recherche sur les biopsies liquides, nous pouvons vous aider à y parvenir grâce à des solutions complètes pour l’analyse de l’ADNcf, de quelques cibles seulement aux tests multigéniques.
J’espère que nous vous avons donné quelques éléments de réflexion pour envisager d’utiliser l’ADN acellulaire dans votre laboratoire. Mais je suis sûr que vous aurez des questions. Alors soumettez vos questions à thermofisher.com/ask et abonnez-vous à notre chaîne pour voir plus de vidéos comme celle-ci. Et n’oubliez pas, en cas de doute, il suffit d’effectuer un séquençage!