Un aperçu de la façon dont le cerveau peut calculer est proposé. Dans le cortex cérébral, les souvenirs sont stockés par potentialisation à long terme au niveau des synapses des entrées corticales de couche 1 (représentant les contextes) sur les cellules pyramidales de couche 2/3 reliées au thalamus dans une unité cortico-thalamique (CT). Les signaux qui sont mémorisés sont les entrées de la couche 3 provenant du thalamus ou d’autres zones corticales. Les signaux sont mémorisés (et rappelés ultérieurement) à la fréquence gamma. Une pensée consciente comprend les sorties des cellules de la couche 5 des unités de tomodensitométrie de différentes régions corticales, qui fonctionnent en synchronisation grâce à la contribution des entrées thalamiques et corticales oscillatoires. Ces sorties corticales influencent les zones sous-corticales pour provoquer ou participer à un mouvement. Les sorties corticales cérébrales peuvent être stockées dans le cervelet et générées ultérieurement dans un contexte particulier par les ganglions de la base et le cervelet. Ainsi, le cerveau peut soit générer des sorties « conscientes » à l’aide du cortex cérébral, soit des sorties « automatiques » à l’aide des ganglions de la base et du cervelet. Lorsque les contextes sont reconnus par les ganglions de la base, ils permettent aux sorties stockées dans le cervelet de commencer et, de cette façon, les ganglions de la base peuvent contrôler des séquences complexes de sorties ou de mouvements. La mémoire de travail implique le cortex préfrontal qui utilise de la même manière les ganglions de la base et le cervelet. L’hippocampe joue un rôle dans le stockage et le rappel des sorties corticales en fournissant des contextes uniques de couche 1 à toutes les boucles de CT dans différentes zones corticales dans une pensée consciente. Avec un rappel ultérieur de la pensée, de nouveaux contextes de couche 1 peuvent être associés aux boucles CT permettant un rappel sans l’apport de l’hippocampe.