SRA

Détails de la soumission

Enregistrer une étude et des sujets avec dbGaP

Un aperçu interactif de la soumission dbGaP peut être trouvé ici.

Le paquet de documentation de la soumission dbGaP peut être téléchargé [ici.

Toutes les questions relatives à cette étape de la soumission doivent être adressées à [email protected].

SRA : Soumettre les métadonnées de séquençage au conservateur du SRA

Contactez le personnel du SRA à [email protected] et fournissez l’accession de votre étude (phs######) dans la ligne d’objet (cela aidera à attribuer votre question à la bonne personne) et le SRA fournira une feuille de calcul des métadonnées de séquençage que vous devrez remplir et renvoyer.

La colonne des échantillons de la feuille de calcul des métadonnées de séquençage sera pré-remplie avec vos identifiants dbGaP (l’accession de l’étude et les identifiants des échantillons de dbGaP). Vous devrez compléter la feuille de calcul avec les détails techniques requis et les noms et sommes de contrôle MD5 des fichiers de séquence que vous téléchargerez

Veuillez noter que chaque library_id doit être unique, le titre doit permettre aux utilisateurs d’identifier et de distinguer vos séquences, et la description de la conception doit être un court (1 à 3 phrases) matériel et méthodes décrivant comment la bibliothèque a été préparée et séquencée. Des instructions et descriptions supplémentaires sont fournies dans la feuille de calcul. Veuillez fournir la description de la conception sous la forme d’un texte d’une seule ligne sans nouvelle ligne ni caractères spéciaux.

SRA : Transférez les fichiers de séquence sur le compte protégé de l’ARS

Un conservateur de l’ARS vous aidera à télécharger vos fichiers une fois que votre feuille de calcul des métadonnées de séquençage aura été remplie et renvoyée.

Téléchargez les fichiers de données uniquement sur le compte de téléchargement qui vous a été fourni après avoir rempli la feuille de calcul des métadonnées.

Vous devrez :

1. Générer une paire de clés ssh.
2. Fournir le fichier de clé publique (par exemple, *.pub) au NCBI.
3. Utiliser ascp pour transférer les fichiers.

Les émetteurs doivent utiliser le programme de ligne de commande ascp d’Aspera pour transmettre des fichiers de données. ascp est emballé avec Aspera Connect, qui est disponible sur la page de téléchargement ici : Aspera Connect Downloads.

Ce programme est gratuit pour les soumissionnaires qui transmettent des données vers et depuis le NCBI. Vérifiez auprès de votre équipe réseau locale que le transfert UDP est activé pour la plage IP suivante : 130.14.\*.\* et 165.112.\*.\*. Le pare-feu doit également autoriser le trafic ssh sortant vers le NCBI.

Paires de clés Aspera

Les soumissionnaires devront générer des paires de clés pour utiliser le compte de téléchargement Aspera (voir les instructions ci-dessous pour créer une paire de clés sur différents systèmes d’exploitation).

Envoyez uniquement la clé publique au conservateur de l’ARS qui assiste actuellement pour recevoir l’accès au compte de téléchargement [email protected].

Linux/Unix et OS X

Les utilisateurs de Linux/Unix et OS X peuvent utiliser l’utilitaire ssh-keygen en ligne de commande.

La ligne de commande suivante crée une clé privée (mykey) et une clé publique (mykey.pub) dans le répertoire de travail actuel:

PuTTYgen pour Windows

Les instructions pour télécharger et utiliser PuTTYgen pour la génération de paires de clés se trouvent dans le guide plus détaillé ici : Clés Aspera.

Utilisation de la ligne de commande Aspera

Une fois que votre clé a été ajoutée et que vous avez obtenu l’accès, vous pouvez télécharger vos fichiers via ascp.

Un exemple de commande ascp pour les téléchargements dbGaP:

Où:

• <directory> est soit test soit protected.
• <key file> est un fichier de clé privée (le chemin d’accès complet doit être utilisé).

Ne pas définir l’option -T pour les transferts protégés.

Confirmer la réception des données

Une fois que tous les fichiers et métadonnées ont été téléchargés, veuillez confirmer avec votre curateur SRA que la partie SRA de votre soumission dbGAP est complète. Le curateur peut fournir un rapport des fichiers qui ont été chargés. Il existe également un rapport nocturne par échantillons fourni sur le site Web de dbGaP. Changez l’accession phs000000 dans l’adresse ci-dessous à votre étude pour le rapport. Pour le rapport au format XML, changez rettype=html en rettype=xml.

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