Le triméthoprime-sulfaméthoxazole (TMP-SMX), ou Bactrim*, Septra*, ou Cotrim*, est le traitement de choix. Le régime typique pour les adultes immunocompétents est le suivant : TMP 160 mg plus SMX 800 mg (un comprimé doublement fort), par voie orale, deux fois par jour, pendant 7 à 10 jours. Les patients infectés par le VIH peuvent avoir besoin de traitements plus longs.
Aucune alternative hautement efficace n’a encore été identifiée pour les personnes allergiques (ou intolérantes) au TMP-SMX. Les approches à envisager pour ces personnes comprennent l’observation et le traitement symptomatique, l’utilisation d’un antibiotique dont l’efficacité contre Cyclospora repose sur des données limitées, ou la désensibilisation au TMP-SMX. Cette dernière approche ne doit être envisagée que pour des patients sélectionnés qui ont besoin d’un traitement, qui ont été évalués par un allergologue et qui ne présentent pas d’allergie potentiellement mortelle.
Des données anecdotiques ou non publiées suggèrent que les médicaments suivants sont inefficaces : albendazole, triméthoprime (lorsqu’il est utilisé en monothérapie), azithromycine, acide nalidixique, tinidazole, métronidazole, quinacrine, tétracycline, doxycycline et furoate de diloxanide. Bien que les données d’une petite étude menée chez des patients infectés par le VIH en Haïti suggèrent que la ciprofloxacine pourrait avoir une activité modeste contre Cyclospora, une expérience anecdotique substantielle chez de nombreuses personnes immunocompétentes suggère que la ciprofloxacine est inefficace.
* L’utilisation des noms commerciaux est uniquement à des fins d’identification et n’implique pas l’approbation par le Service de santé publique ou par le Département américain de la santé et des services sociaux.