Gestion des résultats de la recherche des études primaires
L’utilisation d’un logiciel de gestion des références bibliographiques a été initialement proposée pour les études de revues systématiques (RS), les premières publications sur l’utilisation de ce système remontant aux années 199017-18. De nombreux examinateurs utilisent des feuilles de calcul Microsoft Excel, tandis que d’autres sélectionnent les études manuellement, avec l’impression des titres et des résumés, ce qui rend le processus complexe, non écologique et long. Actuellement, le flux de travail dans le processus de révision est plus rationalisé avec l’utilisation de programmes informatiques.19 Dans une étude publiée en 2013, les auteurs ont souligné que plus de la moitié des revues systématiques utilisaient le logiciel EndNote®.20 Comme les RS sont similaires à la RI, l’utilisation de cette technologie est proposée afin de faciliter le processus de sélection des études primaires.
Le choix du programme doit cependant répondre aux besoins individuels du réviseur, car chaque outil présente des avantages et des inconvénients.21-22 Par exemple, la facilité d’utilisation de Mendeley® est l’un de ses points forts. D’un autre côté, ce gestionnaire a la faiblesse de ne pas permettre les recherches dans les bases de données à l’intérieur de sa propre structure, et il ne permet pas non plus les changements dynamiques dans le formatage des citations dans les textes.22 Ainsi, il est nécessaire de connaître chaque logiciel pour identifier celui qui s’adapte le mieux à chaque réviseur, c’est pourquoi il est utile de mentionner l’utilisation d’EndNote®, que les auteurs de cet article utilisent depuis plus de 15 ans.
Dans cette réflexion, nous allons discuter de l’utilisation du logiciel EndNote®, version XV. Il faut noter qu’il existe la version gratuite en ligne (EndNote® Basic) disponible sur le site de Thomson Reuters (www.endnote.com), qui ne dispose pas de toutes les fonctionnalités disponibles dans la version payante.
Lors de la création du fichier dans EndNote®, on peut également tracer différents groupes afin d’organiser la recherche. Après la recherche des études primaires dans les bases de données, dans laquelle le réviseur a croisé les descripteurs contrôlés et les mots-clés de la stratégie PICO, on peut facilement exporter la recherche dans un fichier et l’importer grâce à l’utilisation de filtres pour EndNote®. Par exemple, la recherche dans la base de données PubMed nécessite la sélection du filtre « PubMed (NLM) » ; dans la base de données LILACS, le filtre de choix est le « Reference Manager (RIS) ». D’autres bases de données, telles que CINAHL et Web of Science, permettent l’importation directe de références en double-cliquant sur le fichier exporté de la base de données. EndNote® met à disposition de ses utilisateurs une chaîne YouTube avec différentes vidéos qui enseignent comment utiliser ce logiciel (https://www.youtube.com/user/EndNoteTraining). En outre, des guides gratuits et conviviaux sont à la disposition des utilisateurs.
Après avoir importé la recherche dans EndNote® et dirigé les enregistrements se référant au groupe qui indique chaque base de données, il est recommandé de sauvegarder le fichier de sauvegarde avec la recherche originale, sans gérer le contenu, dans le but de récupérer les publications qui peuvent avoir été exclues par inadvertance par l’utilisateur, en plus d’avoir l’enregistrement du nombre de références identifiées dans chaque base de données.
Une autre fonctionnalité consiste à modifier (ou personnaliser) les champs disponibles dans la bibliothèque EndNote® pour identifier la source de chaque recherche. L’utilisateur doit sélectionner « Outils », cliquer sur « Modifier et déplacer les champs », sélectionner un champ, par exemple « URL », sélectionner « Remplacer tout le champ par », dans le cadre de droite, entrer le nom de la base de données à laquelle le groupe de références exportées fait référence et cliquer sur « OK ». Cette action change le contenu entier de la colonne des références pour le groupe. En exécutant ce changement dans chaque base de données, le réviseur aura l’enregistrement exact de la source de chaque référence. C’est l’une des premières mesures à prendre par le réviseur. L’étape par étape pour la fonctionnalité décrite et d’autres commandes importantes pour l’exécution des méthodes d’examen est disponible sur la chaîne YouTube « EndNote for Systematic Reviews « *.
La figure 2 présente un exemple de la création de groupes dans la base de données de référence lors de l’élaboration de méthodes d’examen. Pour ce faire, il suffit de cliquer avec le bouton droit de la souris dans « Mes groupes », où il est possible de créer des ensembles de groupes (« Create Group Set »), avec de nouveaux groupes au sein de chaque groupe plus important (« Create Group »). Ces actions permettent la création de différentes filtrations à partir de l’ensemble des études primaires identifiées. Pour ajouter des références dans chaque groupe, il suffit de sélectionner la publication et de la faire glisser vers le groupe requis.
Figure 2 Exemples de groupes pouvant être créés dans la sélection d’études primaires pour une revue intégrative, Ribeirão Preto, São Paulo, 2017
L’utilisation d’EndNote® permet également de modifier les champs au sein de la base de références, afin de gérer les critères d’inclusion et d’exclusion que les réviseurs indépendants ont effectués. Dans ce cas, chaque référence reçoit une étiquette, avec un ou plusieurs codes, justifiant l’inclusion ou l’exclusion de l’étude primaire par chaque réviseur. Dans la littérature, dans une étude publiée, les auteurs ont élaboré un guide sur la manière d’utiliser les fonctions d’EndNote® pour permettre la sélection des études primaires de manière rigoureuse et organisée.23
Lors de la sélection des études primaires, les références doivent être répétées (duplication des études) dans les recherches effectuées dans les différentes bases de données. Avant de supprimer les études dupliquées, il faut renommer la colonne « URL », en indiquant la base de données de la référence, comme mentionné précédemment. Comme le montre la figure 3, vous pouvez créer un groupe appelé « Études dupliquées » et diriger toutes les références répétées vers ce dossier.
Figure 3 Démonstration des phases d’exportation vers le logiciel EndNote®, Ribeirão Preto, São Paulo, 2017
Pour sélectionner les études dupliquées, l’examinateur doit cliquer sur l’onglet supérieur nommé « Références » et sélectionner « Trouver les doublons ». Grâce à cette action, le programme met en évidence les références dupliquées. L’étape suivante consiste à supprimer ces références, une action qui envoie les textes en double dans le dossier « Unfiled ». Si le programme envoie les références en double dans la corbeille du logiciel, vous devez sélectionner à nouveau ces enregistrements, faire un clic droit et sélectionner « Restaurer dans la bibliothèque ». Cette action dirige les références récupérées vers le dossier « Unfiled », où elles peuvent être ajoutées au dossier qui vous intéresse, comme indiqué précédemment. L’étape pertinente consiste à sélectionner tous les textes transmis au dossier « Unfiled », à faire un clic droit, et à ajouter ces références (« Add References To ») au dossier qui contiendra les études dupliquées. Il est possible que, si cette action est effectuée, il reste encore quelques études dupliquées, car la référence a été extraite de différentes bases et n’est pas toujours indexée de manière identique.
Pour la sélection de l’année de publication, par exemple, les cinq ou dix dernières années, l’examinateur doit cliquer sur la colonne « Année », qui apparaît comme l’en-tête immédiatement avant les références. En cliquant sur cette colonne, le programme trie les références en fonction de l’année de publication, par ordre croissant ou décroissant. Le réviseur peut sélectionner les références des années qui l’intéressent et effectuer la même action que celle décrite précédemment, c’est-à-dire supprimer les références qui ne font pas partie de la période délimitée, en les envoyant dans le dossier « Unfiled ». Ensuite, l’examinateur doit sélectionner tous les textes transmis à ce dossier, faire un clic droit et ajouter ces références (« Add References To ») au dossier qui contiendra les études publiées dans une période non sélectionnée pour composer l’échantillon de l’examen.
Deux façons existent pour les besoins de l’identification de la langue. La première consiste à effectuer une recherche dans la base de données de référence. L’examinateur doit noter que, en cliquant sur n’importe quel dossier des groupes créés, différents champs peuvent être recherchés à l’aide de l’outil « Recherche ». En cliquant sur les options existantes pour la recherche, l’examinateur doit sélectionner le champ « Langue ». Après cette action, entrez les langues que l’examinateur ne maîtrise pas ou qui ne l’intéressent pas. Selon la base de données d’où l’étude a été extraite, la langue peut être décrite en détail ou identifiée par les trois premières lettres, par exemple « eng » pour identifier l’anglais. Elle peut aussi être vide, c’est-à-dire qu’elle ne contient pas d’information sur la langue de la référence.
La deuxième façon est d’utiliser le même outil « Search », de sélectionner le champ « Title » dans les options de recherche et de taper le symbole de parenthèse « [ » car, la plupart du temps, les références qui sont dans une langue autre que l’anglais ont leur titre en anglais entre parenthèses. Après cette action, le réviseur doit supprimer ces références en plaçant les articles dans le dossier « Unfiled ». Ensuite, sélectionnez tous les textes transmis à ce dossier, faites un clic droit et ajoutez ces références (« Add References To ») au dossier qui contiendra les références publiées dans d’autres langues qui ne feront pas partie de l’échantillon d’examen.
Pour l’identification des textes qui ne sont pas des articles scientifiques, l’examinateur doit cliquer sur la colonne « Ref Type », qui apparaît comme un titre immédiatement avant les études répertoriées dans la base de données de référence. En cliquant sur cette colonne, le programme ordonne les références en fonction de leur type, ce qui facilite, par exemple, l’identification des thèses et des chapitres de livres.
Une autre fonctionnalité utile du programme est le résumé de la publication, un aspect important pour la sélection des études primaires qui seront incluses dans le RI, en lisant le titre et le résumé de chaque référence. Ainsi, en cliquant sur le dossier d’intérêt, au même endroit où la recherche a lieu dans les références elles-mêmes, il y a une icône appelée « Aperçu », qui permet la visualisation complète de la référence et du résumé. Notez que, pour cette visualisation, dans l’onglet supérieur, où il est possible de sélectionner le style de référence, il faut cliquer sur « Annoté », sinon l’utilisateur verra le dernier style de référence utilisé pour le formatage des références.
Pour compléter les avantages de l’utilisation d’EndNote®, le programme contient également un outil de recherche plein texte. Pour ce faire, le réviseur doit sélectionner les références, faire un clic droit et sélectionner « Rechercher le texte intégral ». Il convient de noter que le programme recherche des groupes de 250 références, ce à quoi l’analyste doit faire attention lorsqu’il recherche des textes en format PDF (Portable Document Format). Cette fonctionnalité du programme est également conditionnée à l’IP de l’ordinateur, récupérant un plus grand nombre de textes dans les institutions affiliées aux portails de recherche, ou lorsque l’accès à distance est possible au-delà de l’environnement académique grâce au service de réseau privé virtuel (VPN).