Paton, az aktivista
A Johannesburg mellett található Diepkloof javítóintézet a nyomornegyedekből származó bűnöző fiatalok börtöneként működött, nem pedig rehabilitációs intézményként. Paton ragaszkodott ahhoz, hogy ez meghiúsította a javítóintézet célját. Olyan reformokat vezetett be, amelyek lehetővé tették, hogy a fiatalok egy része visszanyerje önbecsülését. A hétvégi szabadság engedélyezése forradalminak számított. Néhány kollégája meglepetésére a legtöbb fiú a szabadság végén visszatért.
Paton 1947-ben kezdte írni a Kiálts, szeretett hazámat, miközben amerikai és európai börtönöket és javítóintézeteket járt be. A Cry, The Beloved Country 1948-ban jelent meg, és azonnal sikert aratott. Ezzel egy időben a túlnyomórészt afrikaner nacionalista párt visszatért a hatalomba az apartheid jelszavával, miszerint a fehéreknek kell Dél-Afrika urainak maradniuk. Paton és azok számára, akik osztották nézeteit, nem volt elég, ha a fehér liberálisok a faji megbékélést hirdették; aktívan részt kellett venniük az apartheiddel szembeni ellenállásban. Az 1950-es évek elején részt vett a Liberális Szövetség megalakításában, amelyből később a Dél-Afrikai Liberális Párt (SALP) lett. 1953-ban annak elnökévé választották, és ebben a pozícióban maradt mindaddig, amíg a kormány törvénybe nem iktatta a pártot illegálissá tevő törvényt.
A SALP minden fajhoz tartozó dél-afrikaiakat befogadott a soraiba, és egy olyan nyitott társadalom létrehozására törekedett, amelyben az érdem határozza meg az egyén helyét a nemzet életében. Támogatta az erőszakmentességet, és együttműködésre törekedett a fekete-afrikaiak politikai szervezeteivel. A SALP legtöbb vezetőjéhez hasonlóan Patont is keserű bírálatok érték az afrikaans sajtóban, amiért azonosult a fekete-afrikaiakkal. A mögöttes félelem az volt, hogy ő és társai potenciálisan veszélyes polarizációt hoznak létre a fehér közösségben.
A párt azonban jelentős követőkre tett szert mind a feketék, mind a fehérek körében. A kormány 1960-ban úgy döntött, hogy fellép ellene. Peter Brownt és Elliot Mngadit, a SALP országos elnökét, illetve Natal titkárát betiltották. A párt néhány vezetője elmenekült az országból, míg másokat, mint Hyacinth Bhengu és Jordan K. Ngubane, letartóztattak és összeesküvés vádjával bíróság elé állítottak. Paton megmenekült a letartóztatásoktól és a betiltásoktól. A kormány azonban lefoglalta az útlevelét, amikor visszatért New Yorkból, miután átvette a Freedom House-díjat, amellyel a rasszizmus elleni fellépését díjazták. Alig tíz év elteltével a kormány visszaadta Paton útlevelét. Ez tette lehetővé számára, hogy világkörüli útra induljon (1971), amelynek során kitüntetésekkel halmozták el Amerikában és Európában.