Az egyesületet 1897. április 19-én, a Missouri állambeli Kirksville-ben alapították az American School of Osteopathy diákjai, Andrew Taylor Still, mint American Association for the Advancement of Osteopathy 1897. április 19-én. Az egyesületet 1901-ben átkeresztelték Amerikai Osteopata Egyesületre.
1901 szeptemberében az AOA elkezdett egy tudományos folyóiratot kiadni Journal of the American Osteopathic Association címmel. Az AOA-tagok számára előfizetést kínáltak, és abban az időben a tagsági díj évi 5 dollár volt. A folyóirat az első évben kéthavonta, majd ezt követően havonta jelent meg. 1903-ban az AOA elvégezte az oszteopátiás orvosi iskolák első akkreditációs felmérését. Három évvel később az Amerikai Orvosi Szövetség elvégezte az első akkreditációs felmérést az amerikai MD-képző orvosi iskolákról. 1927 áprilisában az AOA elkezdte kiadni a The Forum of Osteopathy című havi magazint, amely az osteopátiás orvoslással, az AOA-val és a kapcsolódó csoportokkal kapcsolatos hírekkel foglalkozott. 1960 szeptemberében a magazint átnevezték The DO-ra.
Az 1900-as évek elején az AOA a biztonságossággal és hatékonysággal kapcsolatos aggályokra hivatkozva ellenezte a farmakológia bevezetését az osteopátiás orvoslás tantervébe. Azonban 1929-ben az AOA kuratóriuma megszavazta, hogy engedélyezze a farmakológia oktatását a D.O. iskolákban. 1938-ra az AOA elkezdte megkövetelni, hogy az oszteopátiás orvostanhallgatóknak legalább 1 év egyetemi alapképzéssel rendelkezzenek, 1940-re pedig az AOA már két évet követelt meg. 1943-ban az AOA megalapította az Healthcare Facilities Accreditation Program (HFAP) szervezetet, amely kórházakat és más egészségügyi intézményeket akkreditál.
1957-ben az Egyesült Államok Egészségügyi, Oktatási és Jóléti Minisztériuma elismerte az AOA-t, mint az oszteopátiás orvosképzés hivatalos akkreditáló testületét. 1967-ben a National Commission on Accrediting (jelenleg a Council for Higher Education Accreditation) elismerte az AOA-t, mint az oszteopátiás orvosképzés valamennyi aspektusának hivatalos akkreditációs szervét. Az Egészségügyi, Oktatási és Jóléti Minisztérium (jelenleg az Egészségügyi és Emberi Szolgáltatások Minisztériuma) 1966-ban elismerte az AOA-t a Medicare keretében működő osteopátiás kórházak hivatalos akkreditáló szervének. 2015 októberében az AOA eladta az egészségügyi létesítmények akkreditációs programját az Accreditation Association for Hospitals/Health Systems-nek.
2016-ban orvosdoktorok egy csoportja trösztellenes pert indított az AOA ellen (Talone et al. v. The American Osteopathic Association), vitatva azt a követelményt, hogy az orvosoknak az AOA tagságot kell vásárolniuk az AOA Board Certification feltételeként. Az AOA és az orvosok 2018-ban 35 millió dolláros egyezségre jutottak. A megegyezés részeként az AOA beleegyezett abba, hogy megszünteti azt a politikáját, amely szerint az orvosoknak AOA-tagságot kell vásárolniuk ahhoz, hogy megkapják az AOA igazgatótanácsi minősítést. A megállapodást 2019-ben véglegesítették.
2021-ben az AOA pert indított az American Board of Internal Medicine (ABIM) ellen. A per az ABIM azon politikája ellen irányult, amely előírja, hogy a programigazgatóknak az ABIM által tanúsított szakvizsgával kell rendelkezniük ahhoz, hogy az adott rezidensek ABIM szakvizsgára legyenek jogosultak.
Az AOA támogatja az évente megrendezett “D.O. Day on Capitol Hill” elnevezésű rendezvényt, amelyen több mint 1000 oszteopata orvos (D.O.s) és oszteopata orvostanhallgató megy Washingtonba, hogy találkozzon a kongresszus tagjaival, hogy megvitassák az egészségügy aktuális kérdéseit, például az ellátáshoz való hozzáférés kihívásait. Az esemény lehetőséget nyújt a törvényhozóknak, hogy többet tudjanak meg az egészségügyről és az oszteopátiás orvoslásról, valamint az orvostanhallgatóknak, hogy jobban megismerjék a politikai folyamatokat.