Margil 1673. április 22-én lépett be a ferences rendbe szülővárosában, a spanyolországi Valenciában. Pappá szentelése után önként jelentkezett az indián missziókba, és 1683. június 6-án érkezett Vera Cruzba. A Querétaróban lévő Santa Cruz-i missziós kollégiumban állomásozott, de általában a Yucatán, Costa Rica, Nicaragua és különösen Guatemala misszióinak elérésében vett részt.
Mindig mezítláb, szandál nélkül járt, az év minden napján böjtölt, soha nem fogyasztott húst vagy halat, és könyörtelenül alkalmazta magára a fegyelmet és a vezeklés más eszközeit. Nagyon keveset aludt, de az éjszaka nagy részét, valamint a sziesztára szánt időt imádságban töltötte.”
1706. június 25-én Margilt nevezték ki a zacatecasi Guadalupe újonnan felállított missziós kollégiumának első gondnokává. 1716-ban egy három atyából és két laikus testvérből álló csapatot vezetett Texasba, és megalapította a nacogdochok között Guadalupe, az Aysok között Dolores és az Adaysok között San Miguel misszióját. Ezek a helyek a mai Kelet-Texasban és Louisiana északi részén találhatók.
Amikor a franciák lerombolták ezeket a missziókat, Margil atya a Rio San Antonio (San Antonio folyó) partjára vonult vissza. A texasi San Antonio mai városának közelében maradt több mint egy évig. Ott alapította meg a San José (Texas) missziót a coahuiltecan indiánok szolgálatára.
Aztán papjaival visszatért korábbi tevékenysége színhelyére, helyreállította a missziókat, és figyelmét a louisianai francia telepeseknek szentelte. 1722-ben megválasztották kollégiumának gyámjává; hivatali idejének lejártával folytatta a missziós munkát Mexikóban. Mexikóvárosban, a Convento Grande de San Francisco kolostorban halt meg.