Apolinario Mabini 1864. július 22-én született Talagában, Tanauanban, Batangasban. Szülei az elszegényedett parasztsághoz tartoztak. Tanulmányait a Colegio de San Juan de Letranban végezte 1881-ben, majd a Santo Thomas Egyetemen, ahol 1894-ben jogi diplomát szerzett. Ez idő alatt latin nyelv tanításával kereste a kenyerét, majd másolóként dolgozott a manilai elsőfokú bíróságon.
1896-ban Mabini olyan betegséget kapott, valószínűleg gyermekbénulást, amely megfosztotta lábai használatától. Amikor az év végén kitört a Katipunan-lázadás, a spanyol hatóságok letartóztatták. Sokak számára ismeretlenül Mabini már tagja volt José Rizal reformista egyesületének, a Liga Filipina-nak. És bár pacifista reformistaként eleinte szkeptikusan viszonyult Andres Bonifacio fegyveres felkeléséhez, Mabini később meggyőződött a nép szinte fanatikus emancipációs vágyáról. Ezt követően felforgató kiáltványokat adott ki, amelyekben minden filippínót arra szólított fel, hogy egyesüljön Spanyolország ellen.
1898 májusában Emilio Aguinaldo Mabinit hívta magához tanácsadónak. Mabini fogalmazta meg a híres június 18-i rendeletet, amely újjászervezte a helyi kormányzatot filippínó irányítás alatt. A harcok során folytatott politikáját az említett rendelet egyik kijelentésével lehet megtestesíteni: “A kormány első kötelessége, hogy hűen tolmácsolja a népakaratot. ” Mabini a megfelelő igazságszolgáltatás felügyeletében, a forradalmi kongresszus küldötteinek megválasztásában és magának a forradalmi kormány mechanizmusának kialakításában is szerepet játszott.
Amikor a forradalmi kongresszust 1898. szeptember 15-én Barasoainban, Malolosban, Bulacanban összehívták, Mabini szembe találta magát a gazdag burzsoázia alkotmánytervezetre vonatkozó terveivel. Úgy vélte, hogy a háborús vészhelyzetben a kongresszus feladata csupán az elnöknek való tanácsadás, nem pedig alkotmánytervezet készítése. A többség által legyőzött Mabini ezután benyújtotta saját alkotmánytervezetét, amely az egyetemes szabadkőművesség alapszabályain alapult. Ezt elutasították a Felipe G. Calderon által benyújtott összetett tervezet javára, amely az első Fülöp-szigeteki Köztársaság malolosi alkotmányának alapjává vált.
Mabini konfliktusa a kongresszusban a birtokosok és a földesúri osztály összeesküvésével 1899-ben Aguinaldo megbízható tanácsadójaként – az egyetlen kompetens gondolkodó és teoretikus az Aguinaldo-kabinetben – háttérbe szorult. Mabininek sikerült lelepleznie a Paterno-Buencamino klikk ördögi opportunizmusát, amely megpróbálta ellenőrzése alá vonni a forradalmi kormány pénzügyi tranzakcióit és hasznot húzni belőlük. Amikor az Aguinaldo-tábor elmenekült az előrenyomuló amerikai erők elől, Mabinit 1899. december 10-én elfogták. Mivel továbbra sem volt hajlandó hűségesküt tenni az amerikai kormánynak, és továbbra is támogatta a felkelőket ideológiai harcukban, 1901-ben Guamra deportálták. 1903. május 13-án halt meg.
Mabini fő műve, a La Revolution Filipina, amely a Spanyolország elleni forradalom és az amerikai megszállókkal szembeni ellenállás ideológiai következményeiről szóló átgondolt elemzés és meggyőző érvelés, felfedi a gondolkodása mögött álló progresszív és demokratikus impulzust. Mindig igyekezett közvetíteni a nép akarata és a vezetők döntései között. Önzetlen és elkötelezett hazafi volt.