A legutóbbi jelentések szerint a kubai krokodil populációjának száma a helyreállás jeleit mutatja; a Zapata-mocsárban élő állományt 3000 és 6000 egyedre becsülik.
Két fő veszélyforrás van: a vadászat és a hibridizáció, különösen az amerikai krokodillal, ami korlátozza a faj tiszta génállományát. A vadászat az 1990-es évektől napjainkig jelentősen megnövekedett, és elsősorban a turizmust vagy a helyi fogyasztást szolgálja. A kereszteződést már régóta gyanítják, de kevéssé értik. A közelmúltban végzett genetikai vizsgálatok bizonyítják, hogy a vadonban kiterjedt hibridizáció zajlik. Két területen (a Zapata-mocsárban és a Lanier-mocsárban) van fogságban tartott populáció, de ezekben a populációkban is erősen gyanítható a hibrid állatok jelenléte. E veszélyek egyike sem megoldott.
Ez a faj a CITES I. függelékében szerepel. Közvetlen védelmi intézkedések is léteznek, beleértve a fogságban tenyésztési programokat, visszatelepítéseket és védett területeket. Továbbra is előfordul az illegális vadászat, ezért további vadgazdálkodásra van szükség a jelenleg tapasztalható állománycsökkenés mértékének csökkentése érdekében.
Az aktív intézkedések folyamatban vannak annak biztosítására, hogy mindkét létező populáció jól védett maradjon, de további fontos védelmi prioritás egy alternatív vadon élő populáció létrehozása.