Politikai átszervezés
Gorbacsov számára a legnagyobb problémát az jelentette, hogy a csúcson nem volt egyetértés abban, hogy a peresztrojka, a glasznoszty és a demokratizálás mit is érjen el. A radikális reformereket, Gorbacsovot, Jakovlevet és Sevardnadzét a mérsékelt reformerek, Ligachev, Ryzhkov és mások háttérbe szorították. A problémát súlyosbította, hogy Gorbacsov saját gondolkodásmódja nyilvánvalóan nem volt egyértelmű. Soha nem volt képes felépíteni egy koherens célt és az eléréséhez szükséges eszközöket. A párt apparátusával kapcsolatos csalódottsága arra késztette, hogy egy nagyon radikális megoldást fogalmazzon meg – a párt kisemmizését. Ki akarta zárni a szervezetet a gazdaság irányításában való mindennapi részvételből, és véget akart vetni az állami törvényhozás és a pártügyek feletti uralmának. A titkárság volt a párt agya, és minden fontos döntést ott hoztak meg. Gorbacsov meg akarta szüntetni a párttisztviselők uralmát a szovjetek felett. Ezt a figyelemre méltó eredményt az 1988. júniusi 19. pártkonferencián érte el. A párt ezzel elvesztette domináns szerepét a politikai folyamat központjában, de bosszút állt Gorbacsovon azzal, hogy megszilárdította hatalmát a periférián, ahol a gyenge szovjetek nem voltak ellenfelei. Így a hatalom centrifugális áramlása a centrumból a perifériára történt. Ez a folyamat már Sztálin halála óta zajlott, és Hruscsov eltávolítása kiemelte a helyi pártfunkcionáriusok befolyását. A Brezsnyev-korszak tovább fokozta a hatalom áramlását a perifériára.
1989 márciusában került sor az U.S.S.Sz.R. Népképviselők Kongresszusának megválasztására, amely az U.S.S.Sz.R. Legfelsőbb Tanácsát, mint az államhatalom legfőbb szervét váltotta fel. A képviselők mintegy 88 százaléka kommunista volt, de a Kommunista Párt ekkor már nem volt monolitikus párt. A kongresszus tagjai közül választotta meg a kétkamarás törvényhozást (Legfelsőbb Szovjet néven), amelynek mindkét háza 271 tagú volt. Az ülésen Gorbacsov elnökölt. Borisz Jelcin lett a Legfelsőbb Szovjet tagja, miután egy másik képviselő lemondott a javára. Jelcint 1987 novemberében elbocsátották a moszkvai pártvezetői tisztségéből és a Politbüro tagságából, miután heves vitába keveredett Ligacsovval. Gorbacsov úgy döntött, hogy nem támogatja őt. Így kezdődött a Gorbacsov és Jelcin közötti titáni küzdelem, amely Gorbacsov politikai megsemmisüléséhez vezetett. Jelcin képviselőként először kapott nemzeti platformot, és ezt nagyon ügyesen ki is használta. Támadásainak középpontjában a pártprivilégiumok, a peresztrojka sikertelensége, a piaci reformok szükségessége és Gorbacsov vezetésének személyes kritikája állt.
A csúcson lévő új minta minden köztársaságban megismétlődött. Kongresszusokat választottak, és ezekből alakultak ki a Legfelsőbb Szovjetek. A helyi szovjetválasztásokra is sor került 1990 elején, és sok megrázkódtatáshoz vezettek. A Gorbacsov által jelöltetésre bátorított kommunista tisztségviselők gyakran még akkor is vereséget szenvedtek, ha egyedüli jelöltként indultak. Ahhoz, hogy egy képviselőt megválasszanak, a leadott szavazatok több mint 50 százalékára volt szükség. A glasznoszty lehetővé tette a nem orosz nemzetiségek számára, hogy hangot adjanak az orosz és kommunista uralommal szembeni ellenállásuknak, és a nacionalizmus és a regionalizmus növekedéséhez vezetett. Ezt súlyosbította a gazdasági hanyatlás. Különösen a balti köztársaságokban sokan úgy érveltek, hogy ők jobban tudják irányítani a gazdasági ügyeiket, mint Moszkva. Az etnikumközi viszályok és konfliktusok felerősödtek, és néha vérontáshoz vezettek. A konfliktus Hegyi-Karabahban, az Azerbajdzsánban lévő örmény uralom alatt álló enklávéban volt a leghevesebb és legkeményebb. Az újonnan megválasztott Legfelsőbb Szovjetek azt állíthatták magukról, hogy a lakosság nevében beszélnek. Ez különösen igaz volt a Baltikumban. A többpárti politika 1990-ben vált törvényessé, amikor az alkotmány 6. cikkelyét, amely a kommunista monopóliumot garantálta, eltörölték. A glasznoszty és a demokratizálódás befogadó légkörében informális egyesületek százai, sőt ezrei, majd pártok alakultak. Népi frontok, leginkább a Baltikumban, egyesítették mindazokat, akik ellenezték a moszkvai uralmat és függetlenségre törekedtek. Mivel ezek a frontok uralták a Legfelsőbb Tanácsokat, szuverenitási nyilatkozatokat fogadhattak el. Litvánia 1990 márciusában még tovább ment, és kikiáltotta függetlenségét. 1990 májusában Jelcin Gorbacsov elkeseredett ellenállása ellenére az orosz Legfelsőbb Tanács elnöke lett. A következő hónapban az orosz Szovjetunió szuverén állammá nyilvánította magát. Azt állította, hogy törvényei elsőbbséget élveznek a szovjet törvényekkel szemben. Gorbacsov ezt érvénytelennek minősítette. Ez volt a minta minden olyan köztársaságban, amelyik szuverénnek nyilvánította magát. Ezt nevezték a “törvények háborújának”. Ennek következtében az SZSZK fennmaradása vált kérdéssé.
Gorbacsov hamarosan belefáradt az “új kinézetű” SZSZK Legfelsőbb Tanácsába, és még szélesebbre tárta hálóját, amikor modellt keresett. Végül egy olyan végrehajtó elnökséget választott, amely az amerikai és a francia elnökség keverékén alapul. Az amerikai szokásoknak megfelelően szüksége volt egy alelnökre. Sajnos Gennagyij Janajevet választotta – a kazah vezető, Nurszultan Nazarbajev és Sevardnadze visszautasította a megbízatást. Az Szovjetunió Minisztertanácsát megszüntették, és helyébe az elnöknek alárendelt miniszteri kabinet lépett. Gorbacsov papíron elérte ambícióit: ő volt a legfőbb döntéshozó, és valóban alkotmányos diktátor. Hatalma, illetve döntési képessége soha nem volt nagyobb. Az Egyesült Államokban és Franciaországban az elnöki tisztséggel járó hatalom azonban nem szállt rá. Hatalma vagy képessége, hogy döntéseit végrehajtsa, napról napra csökkent.
A reformok lendülete a kommunista párt és a társadalom politikailag aktív részétől származott. A peresztrojka ellenzése azonban ugyanezen csoport körében volt a leghevesebb. A reformerek tudták, hogy a párt és az államapparátus nagy múltú mesterei voltak az olyan reformok megakadályozásának, amelyeket az érdekeikkel ellentétesnek véltek. Egy reformot csak úgy lehetett keresztülvinni, ha faltörő kosokat használtak. Az első három évben Gorbacsov egy sor reformot indított el. Valahányszor a pártkonzervatívok ellenállásába ütközött, mindig meghátrált, és más utat keresett az előrelépéshez. Jakovlev, a peresztrojka egyik tervezője és fő teoretikusa szerint a felülről jövő forradalom 1988 júniusában, a 19. pártkonferencián érte el a kritikus pontot. Ott Gorbacsovot éles választás elé állították: vagy előrehalad és a peresztrojkát “valóban népi demokratikus forradalommá alakítja, végigmegy az úton és teljes szabadságot biztosít a társadalomnak”, vagy visszavonul, kommunista reformer marad, és a bürokrácia jól ismert miliőjében marad. Jakovlev különböző veszélyeket látott a peresztrojka előtt: a sztálini reakció vagy a brezsnyevi konzervativizmus megfojthatja, vagy a jelszavakat szajkózó hivatalnokok elrabolhatják, miközben újraosztják egymás között a hatalmat. A választás a valódi vagy az ellenőrzött demokrácia között volt. 1988 elején Fjodor Burlatszkij tagja volt az Anatolij Lukjanov vezette kis csoportnak. Ez utóbbi kétlépcsős megközelítést javasolt a Legfelsőbb Tanács megválasztására. A jogi hatalmat a helyi szovjetekre ruházták volna, de a párt és a szovjetek közötti kapcsolatot homályban hagyták. Burlatszkij a Legfelsőbb Tanács, az elnök és az alelnök közvetlen választását javasolta, de ezt Jakovlev kivételével mindenki ellenezte. Gorbacsov politikai forradalmat is véghezvihetett volna, de alacsony kockázatú stratégiájához hűen Lukjanov javaslatát választotta. Ez végzetes hiba volt. Ha Gorbacsov elindult volna az elnökválasztáson, talán nyert volna. Akkor ő lett volna a nép elnöke. Ehelyett az SZSZK Népképviselők Kongresszusa választotta meg, egy olyan testület, amelyet a kommunisták uraltak. Gorbacsov szerencsétlenségére kinyitotta Pandora szelencéjét. A peresztrojka által felébresztett társadalmi és politikai erőket nem lehetett felülről szabályozni. Ha Gorbacsov nem akarta őket választókörzetének tekinteni, akkor mások fogják. A kommunista párt ellenállt a demokrácia felé vezető útnak, és elvesztette radikálisabb tagjait. Ezek saját csoportokat hoztak létre, és szembeszálltak a párttal. Borisz Jelcin vált a radikális választói csoport legesélyesebb vezetőjévé. Az ő 1990. májusi megválasztása az orosz parlament elnökévé Gorbacsov számára fordulópontnak bizonyult. Jelcin a csalódott, radikális, különösen gazdasági reformerek vonzópontjává vált. Gorbacsov legnagyobb hibáit a gazdaságpolitikában követte el.