A Cardinal Mooney középiskolát 1956-ban alapították, és a Youngstowni Római Katolikus Egyházmegye működteti. Az 1950-es évek elején a Youngstowni Egyházmegye felismerte, hogy szükség van az Ursuline High School bővítésére és egy új egyházi középiskola építésére a déli oldalon. 1953-ban Emmet M. Walsh püspök megszerezte a Cardinal Mooney High School jelenlegi helyét a Youngstown Parks Departmenttől, és megkezdte egy középiskolai adománygyűjtő bizottság megszervezését.
A földet 1954-ben törték fel, és 1955 őszén megszervezték az első első elsős osztályt, amely a régi Glenmary zárdában kezdte meg a tanítást. A Cardinal Mooney építése 1956 szeptemberére, az első tanítási napra fejeződött be. Összesen 610 diákot írattak be elsősökként vagy másodévesekként. Az iskolát Edward Mooney bíborosról, egy korábbi délvidéki bíborosról nevezték el, aki Detroit érseke volt. Ő tudósként és vatikáni diplomataként tűnt ki.
Az iskola első igazgatójának William Anthony Hughes atyát, a Kentucky állambeli Covington későbbi püspökét nevezték ki. Az iskola színeinek a vörös és az arany színt választották. Ezek szimbolizálták a vértanúk vérét, valamint minden keresztény felelősségét a szenvedés és a Szentség elfogadására.
A kezdeti tantestületben az Ursuline, a domonkos, a Notre Dame és a Vincentianus közösségekből származó nővérek, két pap és öt világi tanár volt.
1959 júniusában az első végzős osztály a Szent Columba-székesegyházban ünnepelte a baccalaureátusi misét, június 7-én pedig a Stambaugh Auditoriumban tartották a diplomaosztó ünnepséget.
A 60-as évek elején gyorsan nőtt a beiratkozók száma. 1960-ra a Cardinal Mooney épületének bővítését tervezték, és a diákok túlnyomó része ismét a régi Glenmary kolostorban vett részt az órákon. A kiegészítést 1961-ben nyitották meg. Tartalmazott egy előadótermet, hét tantermet és egy fizika laboratóriumot.
2000 elején a Cardinal Mooney birtokába került az iskola területével szomszédos két katonai melléképület. Röviddel ezen ingatlanok megszerzése után megkezdődött a gimnázium új sportkomplexumának építése. A 2001 végén elkészült Cardinal Mooney sportkomplexum egy jól felszerelt atlétikai edzőteremmel rendelkezik, ahol hivatalos OHSAA atlétikai versenyeket lehet rendezni. A komplexum tartalmaz egy szabályos futballpályát, két szomszédos edzőpályát, két teniszpályát, egy gyakorló putting green-t, egy gyakorló futballpályát, két gyakorló baseballpályát, egy kis ütőketrecet, egy edzőmedencét és egy teljes hosszúságú, gumírozott pályát, amely körbeveszi a fő futballpályát. A U.S. Army és U.S. Navy melléképületeit az építkezés során állva hagyták, de a Rush Boulevardot feltöltötték felső talajjal, és elvágták a hátsó telektől. Az épületeket, amelyeket ma Cardinal Mooney Industrial Arts Center néven emlegetnek, azóta garázsokká alakították át, ahol a nyári szünetekben a műhelytanfolyamok járműveken dolgozhatnak, és vezetési órákat tartanak.
2013-as áthelyezésSzerkesztés
2013. szeptember 3-án George Murry, a Youngstowni Római Katolikus Egyházmegye püspöke jóváhagyta a középiskola áthelyezését Youngstown déli részéről a Mahoning megyei külvárosba. Jóváhagyását azonban olyan feltételekhez kötötte, amelyek között szerepelt mind az új középiskolai épület, mind pedig egy alapítványi alap elegendő pénzügyi támogatásának igazolása, amely ösztöndíjakat biztosítana a szegénységgel és más szociális nehézségekkel küzdő diákok számára.
Egy 2013 áprilisában kiadott tanulmány (amelyet a Catholic School Management, Inc. a Connecticut állambeli Madisonban) megállapította, hogy az iskola jobb beiratkozási arányt és hosszabb ideig tartana fenn, ha elköltözne.
Murry püspök eredetileg ellenezte a költözést, mondván, hogy a döntésben nagy szerepet játszott az, hogy olcsóbb lenne a felújítás, mint egy új épület építése. Emellett – mondta nyilatkozatában – fontos, hogy az egyházmegye jól gazdálkodjon a pénzügyeivel. A katolikus iskolák egyházmegyei főfelügyelője megismételte Murry eredeti álláspontját, és elismerte azokat a terveket, amelyeket az iskola jövőjét illetően a jelenlegi helyszínen lehet megvalósítani. A téma a szülők és az öregdiákok körében vitát váltott ki azóta, hogy 2013-ban elkezdődött a költözésről szóló vita.
A 2015-ös tanévre a jelenlegi helyszínen megkezdődtek a felújítási munkálatok, ezért az áthelyezés valószínűtlenné vált. Az iskola 1956 óta áll a jelenlegi helyén, az Erie Street-en.