Miután 25 évesen visszavonult a versenyautózástól, Horner szerződtette Viktor Maslovot és Marc Goossent az 1999-es FIA F3000-es szezonra. Az év kezdete előtt Dave Richards Prodrive nevű szervezete 50 százalékos részesedést vásárolt az Ardenben az orosz Lukoil olajvállalat nevében, amelynek főnöke Maslov apja volt. Horner egy szezon után visszavásárolta a Prodrive részesedését az Ardenben. Darren Manninget szerződtették Goossens helyére a 2000-2001-es szezonra, aki egy pole pozíciót és két dobogós helyezést ért el.
Az Arden 2000-ben az olasz F3000-ben is indult, ahol három futamot nyert és második lett a bajnokságban Warren Hughes-szal.
A Lukoil cégtől való elválás után 2002-re új pilótafelállást toboroztak Tomáš Enge és Björn Wirdheim személyében, akiket Manning és Maslov helyére hoztak. A csapat öt győzelmet aratott (négyet Enge, egyet Wirdheim), és Enge abban az évben megnyerte a bajnoki címet, de egy sikertelen drogteszt után a harmadik helyre sorolták vissza, így a bajnoki címet Sébastien Bourdais-nak adták át. Arden nyerte a csapatbajnokságot.
Wirdheim 2003-ban is maradt, Enge-t Townsend Bell váltotta. Björn Wirdheim 35 pontos előnnyel nyerte meg a bajnoki címet a második helyezett Ricardo Sperafico előtt. Az Arden megtartotta a csapatbajnokságot.
Az F3000 utolsó, 2004-es szezonját az Arden vezető pilótája, Vitantonio Liuzzi uralta; Robert Doornbos támogatásával mind a versenyzői, mind a konstruktőri bajnoki címet nagy különbséggel sikerült megszerezni. A csapat abban az évben a tíz bajnoki fordulóból nyolcat megnyert, Liuzzi hetet, Doornbos pedig egyet. Liuzzit menedzsere, Helmut Marko hozta a csapathoz, a Red Bull szponzorálásával. Ebben az időben Horner az Arden International csapatát a Prodrive Banburyben lévő telephelyén alapította, mielőtt átköltöztette őket a közeli korábbi 22 Motorsport létesítménybe.
A Horner ekkoriban kereste a lehetőséget, hogy a Forma-1-be lépjen. Miután az Eddie Jordannel a Jordan Grand Prix megvásárlásáról folytatott tárgyalások a költségekkel kapcsolatos nézeteltérések miatt kudarcba fulladtak, 2004 novemberében az osztrák energiaital-gyártó cég, a Red Bull megvásárolta a Jaguar F1 Teamet, amelyből Red Bull Racing lett. 2005 januárjában Hornert nevezték ki a csapat élére, aki akkoriban a legfiatalabb csapatfőnök volt. Annak ellenére, hogy csak nyolc héttel a szezonnyitó Ausztrál Nagydíj előtt nevezték ki, a csapat jól kezdett az ő irányítása alatt: a pilóták, David Coulthard és Christian Klien a negyedik és hetedik helyen végeztek Ausztráliában, és összesen 34 pontot szereztek a csapatnak, szemben a Jaguar előző évi kilenc pontjával. Kulcsszerepet játszott Adrian Newey toborzásában is, akit 2005 novemberében jelentettek be a csapat technikai vezetőjeként.
2006 átmeneti év volt: mire Newey 2006 februárjában megkezdte a munkát a Red Bullnál, addigra már megtervezték az idei autót (az RB2-t), és a csapat a Cosworth motorról a Ferrari ügyfélmotorjaira váltott, amelyek túlmelegedtek és megbízhatatlanok voltak. A csapat azonban megszerezte első dobogós helyezését a Monacói Nagydíjon, ahol Horner egy úszómedencébe ugrott, ahol csak egy Superman köpenyt viselt, hogy ünnepeljen.
2007-ben jött az RB3, a csapat első Newey által tervezett autója, valamint Mark Webber és a Renault motorok érkezése, azonban a csapat továbbra is szenvedett a megbízhatósági problémáktól, az autó 14 kiesést szenvedett el és egyetlen dobogós helyet szerzett, míg a csapat a következő évben a hetedik helyre esett vissza a konstruktőri bajnokságban.
A csapat a 2009-es konstruktőri bajnokságban erős második helyen végzett, a versenyzők, Sebastian Vettel és Mark Webber a második, illetve negyedik helyen végeztek a pilóták versenyében, és hat győzelmet szereztek egymás között. 2010-ben a csapat egy futammal a vége előtt megnyerte első konstruktőri bajnoki címét, Sebastian Vettel pedig a szezon utolsó futamán megnyerte a pilóták bajnokságát, és ezzel a legfiatalabb világbajnokká vált. Horner 36 évesen a legfiatalabb csapatfőnök volt, aki Forma-1-es konstruktőri bajnokságot nyert. 2011-ben a csapat három futammal a vége előtt megnyerte második konstruktőri bajnokságát, Sebastian Vettel pedig a világ legfiatalabb kétszeres világbajnoka lett. 2012-ben a csapat egy futammal a vége előtt megnyerte harmadik konstruktőri bajnokságát. Sebastian Vettel lett a világ legfiatalabb háromszoros világbajnoka. 2013-ban a Red Bull Racing egymás után negyedszer nyerte meg a konstruktőri F1-es bajnokságot, miközben Sebastian Vettel megnyerte negyedik versenyzői bajnoki címét.