Blakeman 1984 és 1987 között járt a Nebraska Egyetemre, ahol elsősorban a Nebraska Cornhuskers tartalék irányítója volt, többek között az 1986-os és 1987-es szezonban a kezdő Steve Taylor mögött.
A Nebraska 1986. október 25-én, a Colorado Buffaloes elleni mérkőzésen Tom Osborne vezetőedző a negyedik negyedben Taylor helyett Blakemant játszotta. A Colorado így is hatból négyszer 37 yardra korlátozta Blakemant, és 20-10-re legyőzte a Huskers-t. Ez volt 1967 óta az első győzelmük a Nebraska ellen, és 1960 óta a Buffaloes első hazai győzelme a Nebraska ellen.
Blakeman játszott az 1987-es Sugar Bowlban, amely 30-15-re nyert a Délkeleti Konferencia bajnoka, az LSU ellen.
1987. október 3-án a South Carolina 21-13-ra vezetett a Nebraska ellen, amikor Taylor elhagyta a mérkőzést, miután a 3. negyed utolsó játékában megsérült a válla. Helyette Blakeman az egyetlen passzát 8 yardra fejezte be. De az erős futójátéknak és a Nebraska Blackshirts védelmének köszönhetően, amely két eladott labdát kényszerített ki, és csak 9 yardot engedélyezett a 4. negyedben, a Huskers Blakeman körül 17 megválaszolatlan pontot szerzett, és 30-21-re nyert.
Blakeman két mérkőzésen is kezdett a sérült Taylor helyett, mindkettőt a Kansas Jayhawks ellen nyerte meg. 1986. november 15-én három touchdown-passzt dobott és egy másikért futott, amikor 70-0-s vereségre vezette a Nebraskát, ami a Jayhawkok történetének legsúlyosabb veresége és a Nebraska addigi legnagyobb shutoutja volt. 1987. október 10-én pedig Blakeman 12-ből 10 passzt adott le 100 yardért és egy touchdownt a Nebraska 54-2-es győzelmében a Kansas ellen.