Johnson 10 évig élt Montserratban. Johnson kutatási területe a szuperhúrelmélet és a részecskefizika, különös tekintettel az erősen kapcsolt jelenségekre. Korábban a Santa Barbara-i Kaliforniai Egyetem Kavli Elméleti Fizikai Intézetében, az Institute for Advanced Study-ban és a Princeton Egyetemen dolgozott. 2005-ben megkapta a Fizikai Intézet Maxwell-érmét és díját, “a húrelmélethez, a kvantumgravitációhoz és annak erősen kapcsolt térelmélettel való kapcsolódásához való kiemelkedő hozzájárulásáért, különösen a szingularitások cenzúrájának és a kvantum téridő termodinamikai tulajdonságainak megértésével kapcsolatos munkájáért”. 1997-ben megkapta a National Science Foundation CAREER-díját. A Journal of Blacks in Higher Education 2005-ben Clifford Johnsont a matematika vagy egy kapcsolódó terület legtöbbet idézett fekete professzoraként tartotta számon amerikai egyetemen vagy főiskolán.
A londoni Imperial College-ban szerzett fizikából Bachelor of Science diplomát 1989-ben, majd 1992-ben a Southamptoni Egyetemen matematikából és fizikából doktorált.
A tudományos ismeretterjesztés és a fizika népszerűsítése érdekében is aktívan dolgozik. Ennek keretében rendszeresen szerepel a History Channel The Universe című sorozatában, és tudományos tanácsadóként tevékenykedik a Discovery Channel számára. Johnson alapította az Afrikai Nyári Elméleti Intézetet, “amely minden szinten összehozza a tanárokat, kutatókat és diákokat egy egyhónapos konferenciára egy tudományos témában – minden évben más-más témában -, hogy megvitassák, hálózatba szerveződjenek, és természetesen tanuljanak.”
Tudományos tanácsadóként is szolgált sci-fi filmekhez és televíziós műsorokhoz, köztük a Bosszúállókhoz: Endgame és a Star Trek: Discovery című filmekben. Rövid cameo-szerepet játszott a 2020-as Palm Springs című filmben is.