A győzelem eredményeként Spárta legyőzte az athéniakat, és így megpróbálta kivívni saját birodalmát az Égei-tengeren. Perzsiával megromlott a kapcsolata, és portyázni kezdett Pharnabazus és Tissaphernes anatóliai szatrápiáiban. Kr. e. 397-re Pharnabazus meggyőzte Artaxerxész perzsa királyt, hogy a háborút a tengeren folytassa, és 300 föníciai és ciprusi hajóból álló flottát állított fel. Puszta számukat tekintve elsöprő erejűek lettek volna, de szükségük volt egy tapasztalt parancsnokra, és így találták meg Cipruson Konónt, aki nagyon örült a lehetőségnek, hogy bosszút álljon a peloponnészosziakon.
Konón először a flotta egy kis részével felvonult Káriába, ahol egy ideig blokád alá került, de aztán Pharnabazus és Tissaphernes megmentette. Ezután Rodoszra ment, ahol a szpartanusbarát oligarchiát demokrácia váltotta fel, és sikerült elfoglalnia az Egyiptomból felküldött élelmiszerkészleteket. Erre válaszul a spártaiak úgy döntöttek, hogy kiküldik a haditengerészetüket, de elkövették azt a hibát, hogy Peiszandroszra bízták, akinek nem volt tapasztalata. A csatára Kr. e. 394-ben került sor Cnidusnál, és könnyű, elsöprő perzsa sikert hozott. Az égei-tengeri városok kiűzték a spártai helyőrségeket, és elfogadták a perzsa uralmat.
A siker után Konón úgy érezte, hogy biztonságban van, ha visszatér Athénba. Pharnabazus megengedte neki, hogy megtartsa a flotta egy részét, és pénzt adott Pireusz megerősítéséhez és az Athénnal összekötő hosszú falak újjáépítéséhez. Ezek a lépések azt jelentették, hogy a peloponnészoszi háború néhány fő eredménye meghiúsult – Athén visszanyerte görögországi nagyhatalmi pozícióját, és bár birodalmát még mindig elvesztette, Spárta megakadályozta, hogy átvegye azt.
A következő évben a spártaiak tárgyalásokat kezdtek a perzsákkal, és a görögországi pozíciójuk biztosítása érdekében felajánlották, hogy átadják nekik az összes anatóliai várost. Az athéniak küldötteket küldtek (köztük Konónt is), hogy ezt elfogadhatatlannak nyilvánítsák, amit Tiribazosz úgy értelmezett, hogy még mindig reménykednek birodalmuk visszaszerzésében, és e fordulaton felháborodva börtönbe vetette őket, köztük Konónt. Az ókori írók ellentmondásos beszámolókat közölnek a végéről: egyesek szerint Ázsia belsejébe küldték, és ott végezték ki; más, valószínűleg valószínűbb beszámolók szerint Ciprusra vonult vissza, és ott halt meg. Fia, Timotheus később szintén kiemelkedő hadvezér lett.