Röviddel Maxentius legyőzése után Konstantin találkozott Liciniusszal Mediolanumban (a mai Milánóban), hogy megerősítsen számos politikai és dinasztikus megállapodást. E találkozó egyik terméke a milánói ediktum néven vált ismertté, amely kiterjesztette a toleranciát a keresztényekre, és visszaadta az üldözés során elkobzott személyes és vállalati vagyont. E rendelet fennmaradt példányai valójában azok, amelyeket Licinius a birodalom keleti részein postázott. Konstantin azonban messze túlment a Mediolanumban elfogadott közös politikán. Már 313-ban a római püspöknek adományozta a lateráni császári birtokot, ahol hamarosan új székesegyház, a Basilica Constantiniana (ma San Giovanni in Laterano) emelkedett. Valószínűleg ekkor kezdték el építeni a Szent Sebestyén-templomot is, és uralkodásának ezekben a korai éveiben Konstantin elkezdett olyan törvényeket kiadni, amelyek az egyházra és papságára adóügyi és jogi kiváltságokat és mentességeket biztosítottak a polgári terhek alól. Mint egy 313-ban az afrikai prokonzulnak írt levelében mondta, a keresztény klérust nem szabad, hogy a világi hivatalok eltérítsék vallási kötelességeiktől, “…mert ha szabadon végezhetnek legfőbb szolgálatot az istenségnek, nyilvánvaló, hogy nagy hasznot hajtanak az államügyeknek”. Egy másik ilyen, a karthágói püspöknek címzett levélben Konstantin megemlíti Hosius spanyol püspököt, aki az uralkodás későbbi szakaszában fontos tanácsadója volt, és valószínűleg – mivel a Maxentius elleni hadjárat előtt valószínűleg együtt volt Konstantinnal Galliában – szerepet játszott a császár megtérésében.
Konstantin személyes “teológiája” különösen világosan rajzolódik ki egy figyelemre méltó, 313-tól a 320-as évek elejéig terjedő levélsorozatból, amely az észak-afrikai donatista skizmára vonatkozik. A donatisták azt állították, hogy azokat a papokat és püspököket, akik egyszer már letértek a keresztény hitről, nem lehet újra felvenni az egyházba. Konstantin legfőbb aggodalma az volt, hogy egy megosztott egyház megbotránkoztatná a keresztény Istent, és így isteni bosszút állna a Római Birodalmon és magán Konstantinon. Konstantin szerint a szakadást a Sátán inspirálta. A felekezet hívei Krisztus kegyelmével szembeszegülve cselekedtek, amiért az utolsó ítéleten örök kárhozatra számíthattak. Mindeközben a keresztény közösség igaz tagjainak türelmet és hosszútűrést kellett tanúsítaniuk. Ezzel Krisztust utánozzák, és türelmüket a mártíromság helyett megjutalmazzák – mert a tényleges mártíromság már nem állt nyitva a keresztények előtt az egyház számára a béke idején. Konstantinnak mindvégig nem volt kétsége afelől, hogy a tévedések felszámolása és az igaz vallás terjesztése egyszerre személyes kötelessége és a császári pozíció megfelelő felhasználása. Igényét, hogy “az egyházon kívüliek püspöke” legyen, ennek fényében lehet értelmezni. A császári tisztviselőkhöz és a keresztény papsághoz intézett levelekben megfogalmazott egyéb hasonló kijelentések azt mutatják, hogy Konstantin elkötelezettsége a kereszténység iránt szilárdabb és kevésbé kétértelmű volt, mint azt egyesek feltételezik. Euszebiosz megerősítette azt, amit maga Konstantin is hitt: hogy különleges és személyes kapcsolatban állt a keresztény Istennel.
Konstantinus második egyházi ügybe való belekeveredése Licinius legyőzését követte, de az arianizmus körüli vita, a Szentháromság pontos természetének bonyolult, nehéz görög nyelven megfogalmazott feltárásaival, éppúgy távol állt Konstantin iskolázottságától, mint türelmetlen, sürgető temperamentumától. A 325 kora nyarán a császár beszédével megnyílt nikaiai zsinatot már megelőzte a főszereplőnek, az alexandriai Ariusnak írt levél, amelyben Konstantin kifejtette véleményét, miszerint a vitát csak a túlzott szabadidő és a tudományos vitatkozás táplálja, hogy a vitás kérdés jelentéktelen és minden nehézség nélkül megoldható. Optimizmusa nem igazolódott: sem ez a levél, sem maga a nikaiai zsinat, sem a második levél, amelyben Konstantin annak következtetéseinek elfogadását sürgette, nem volt alkalmas egy olyan vita megoldására, amelyben a résztvevők éppoly hajthatatlanok voltak, mint amilyen finom teológiai kérdések. Valójában Konstantin halála után több mint 40 évig az arianizmus volt valójában a keleti birodalom hivatalos ortodoxiája.
A nikaiai zsinat szinte pontosan egybeesett Konstantin uralkodásának 20. évfordulója alkalmából rendezett ünnepségekkel, amelyeken a püspökök – viszonozva a császárnak a zsinatukon való részvétellel járó bókot – megtisztelő résztvevők voltak. Konstantin 326-ban tett nyugati látogatása azonban, hogy megismételje a római ünnepségeket, az uralkodás legnagyobb politikai válságát hozta. Keleti távolléte alatt, máig tisztázatlan okokból Konstantin megölette legidősebb fiát, Crispus császárhelyettest és saját feleségét, Faustát, Crispus mostohaanyját. A római látogatás sem volt sikeres. Az, hogy Konstantin nem volt hajlandó részt venni egy pogány felvonuláson, megsértette a rómaiakat, és amikor rövid látogatás után távozott, soha többé nem tért vissza.