Abstract
1992-ben beszámoltunk egy új módszerről, amellyel a fehérjéket a karboxi-terminusból (C-terminus) szekvenálhatjuk (Boyd et al., 1992). Az elmúlt 2 évben folytattuk vizsgálatainkat, beleértve a C-terminális karboxilcsoport kezdeti aktiválásának mechanizmusát és az aminosavak reaktív oldalláncainak szándékos módosítását a szekvenáló reagensekkel. A szekvenálási protokollunkhoz használt reagensek és reakciókörülmények kiválasztásával aszparaginsavat, glutaminsavat, szerint és treonint derivatizáltunk. Az aszparaginsav és a glutaminsav amidálása, valamint a szerin és treonin acetilálása jobb hozamot eredményezett e maradékok szekvenálásakor. Az aszparaginsav és a glutaminsav ma már az 1. táblázatban látható módon a könnyen szekvenálható aminosavmaradványok közé sorolható. A mi kritériumunk annak meghatározására, hogy egy maradék megbízhatóan nevezhető-e, az, hogy képesek vagyunk-e szekvenálni és detektálni az adott maradékot, ha az jelen van egy nanomol fehérjemintában. Átlagosan 5 ciklus szekvenálása lehetséges egy nanomolnyi, polivinilidén-difluorid (PVDF) membránra felvitt fehérjén, ha az aminosav szekvencia tartalmazza az 1. táblázat “megbízhatóan hívott” oszlopában felsorolt maradékokat. Az 1994-es MPSA konferencián az a célunk, hogy bemutassuk ennek a C-terminális szekvenálási módszernek a jelenlegi hasznosságát a PVDF-re immobilizált fehérjék szekvenálásában.