A Journal of Biomedical Informatics elkötelezett a magas színvonalú eredeti kutatási cikkek, áttekintések és kommentárok iránt az orvosbiológiai informatika módszertana területén. Bár az orvosbiológiai tudományok (például a klinikai orvostudomány, az egészségügy, a népegészségügy és a transzlációs bioinformatika) alkalmazásai által motivált cikkeket közlünk, a folyóirat hangsúlyt fektet az olyan új módszertanokról és technikákról szóló beszámolókra, amelyek általános alkalmazhatósággal rendelkeznek, és amelyek az orvosbiológiai informatika fejlődő tudományának alapját képezik. Az orvosi eszközökről szóló cikkek; a megvalósított rendszerek értékelései (beleértve az információs technológiák klinikai vizsgálatát); vagy azok a cikkek, amelyek betekintést nyújtanak egy biológiai folyamatba, egy adott betegségbe vagy kezelési lehetőségekbe, általában alkalmasabbak lennének más helyeken való közzétételre. A jelfeldolgozás és képelemzés alkalmazásairól szóló cikkek gyakran jobban megfelelnek az orvosbiológiai mérnöki vagy más informatikai folyóiratoknak, bár olyan cikkeket is publikálunk, amelyek a biológiai jelek és képek tárolása és felhasználása során felmerülő információkezelési és tudásreprezentációs/modellezési kérdéseket hangsúlyozzák. A rendszerleírásokat szívesen fogadjuk, ha illusztrálják és alátámasztják a jelentés középpontjában álló módszertant, és igyekeznek foglalkozni a módszertan általánosíthatóságával és/vagy alkalmazási körével. Vegye figyelembe azt is, hogy a JBI nemzetközi jellegére való tekintettel az angolon kívül más nyelvekkel, illetve országspecifikus egészségügyi rendszerekkel vagy megközelítésekkel foglalkozó tanulmányok csak akkor fogadhatók el a JBI számára, ha olyan általánosítható tanulságokkal szolgálnak, amelyek országtól, nyelvtől, kultúrától vagy egészségügyi rendszertől függetlenül relevánsak a JBI széles olvasóközönsége számára.
Milyen tanulmányok alkalmasak a JBI számára?
Az orvostudományban felmerülő igényre válaszoló cikkek, nem csak egy kényelmes, új módszerekkel elemezhető adatkészlet, amely helyett mehetne egy mérnöki folyóiratba.
Az egészségügyi szakemberek bevonása a munka motiválásába és az eredmények értékelésébe általában szükséges.
A JBI eredeti kutatási cikkek szerzőit arra ösztönözzük, hogy a következőhöz hasonló munkát írjanak le:
“Volt egy valós orvosbiológiai problémám, megpróbáltam a meglévő technikákat, de azok nem működtek. Ezért kifejlesztettem egy új módszertant, és értékeltem a megfelelőségét, és összehasonlítottam a technika jelenlegi állásával az én valós területemen. Ez elgondolkodtatott, hogy milyen más problémák megoldásában segíthetne ez az új módszer. Ehhez kapcsolódtam a Megbeszélésben, és bemutattam, hogy van egy új általános módszertanom, amely nem egy szűk alkalmazási területre jellemző.”
“Bár meglévő ML-módszereket használtam, létrehoztam és validáltam egy “módszerek módszerét”, amely elmagyarázza, hogyan lehet a meglévő módszereket alkalmazni az orvosbiológiai problémák egy olyan terére, amely olyan egyedi jellemzőkkel rendelkezik, amelyek befolyásolják a módszerek kiválasztását.”
Mi az orvosbiológiai informatika?
“Az orvosbiológiai informatika az az interdiszciplináris terület, amely az orvosbiológiai adatok, információk és ismeretek hatékony felhasználását tanulmányozza és követi tudományos kutatás, problémamegoldás és döntéshozatal céljából, az emberi egészség javítására irányuló erőfeszítések által motiválva.”
C A Kulikowski et al, AMIA Board white paper: Definition of biomedical informatics and specification of core competencies for graduate education in the discipline, Journal of the American Medical Informatics Association, vol. 19, no. 6, pp. 931-938, November 2012.
What areas of biomedical informatics are outside the scope of JBI?
Papers about signal processing, imaging, medical devices, communication networks, security are usually outside the scope of JBI; even bioinformatics/disease modeling papers could be out of scope. Ahhoz, hogy a JBI-hez figyelembe lehessen venni, minden ilyen cikknek olyan új informatikai módszereket kell bemutatnia, amelyek az orvosi szakterület ismereteinek mély megértésére és felhasználására épülnek, és amelyeknek lefordíthatóknak kell lenniük az orvosi alkalmazásokba. Nem alkalmasak például a DNS-szekvenciák szerkezetét előrejelző (nem transzlációs) vagy a betegségátvitelt modellező cikkek, amelyek nem mutatják be a fertőző betegségek epidemiológiájának megértését és felhasználását, vagy amelyek nem alkalmazhatók a gyakorlatban.
A JBI-dolgozatok középpontjában álló módszerek az orvosbiológiai informatika területének számos komponenstudománya közül bármelyikből származhatnak. Bár a módszerek gyakran az informatika területéhez kapcsolódnak, sok JBI-dolgozat más területekről, például a döntéstudomány, a statisztika, a kognitív tudomány, a pszichológia, az informatika, a szervezetelmélet vagy a vezetéstudomány innovatív technikáit hangsúlyozza.
Ha bioinformatikai cikkét a JBI-hoz való benyújtását fontolgatja, kérjük, legyen tisztában ezzel a módszertani fókusszal. A rutinszerű informatikai technikák alkalmazásán alapuló biológiai felfedezések fontos biológiai hozzájárulások lehetnek, de nem alkalmasak a JBI számára. Továbbá kérjük, vegye figyelembe, hogy a JBI csak akkor közöl bioinformatikai cikkeket, ha azok a transzlációs (humán) tudomány kérdéseivel foglalkoznak. A dolgozat beküldése előtt tekintse meg az ezzel a témával foglalkozó Translational Bioinformatics szerkesztőségi cikket.
Az orvosbiológiai adatvédelemmel vagy biztonsággal foglalkozó dolgozatoknak olyan új és gyakorlatias módszereket is kínálniuk kell, amelyeket egyértelműen az egészségügy és a biomedicina kihívásai motiválnak. Egy más területről származó bevált módszer nem indokolja a JBI-ban való újraközlést pusztán azért, mert azt egy orvosbiológiai problémára alkalmazták. Olyan tanulmányokat is keresünk, amelyek inkább jelentős módszertani újdonságot írnak le, mint a korábban közzétett technikák kis mértékű javítását. Lásd az Adatvédelem és biztonság című szerkesztőségi cikkünket, amelyben részletesebben ismertetjük az e területen elfogadható cikkekre vonatkozó irányelveinket.
A cikkek általában hét típusba sorolhatók:
1. Rendszeres kutatási cikkek: Olyan biomedikailag vagy klinikailag motivált rendszer vagy megközelítés bemutatása és megvitatása, amely inkább innovatív módszerek kifejlesztését igényelte, mint bevált technikák alkalmazását. A motiváló alkalmazások megvitathatók, de az új módszert úgy kell tárgyalni, hogy az általánosíthatóság egyértelmű legyen, ideális esetben az alkalmazhatósági kör értékelésével együtt. Kérjük, a beküldési folyamat során válassza a “Research Paper” cikktípust.
2. Módszertani áttekintő tanulmányok: Egy módszertani megközelítés áttekintése, amely összefoglalja annak bevezetését, alkalmazását, sikereit és korlátait. Az ilyen áttekintések gyakran javasolnak jövőbeli kutatási irányokat is, vagy kritizálnak egy módszert, és megvitatják azon problémák körét, amelyekre az adott módszer esetleg nem megfelelő megoldás. Vegye figyelembe, hogy az ilyen áttekintéseknek egy módszerre vagy megközelítésre kell összpontosítaniuk, nem pedig egy adott alkalmazási területre (pl. kerülje az olyan áttekintések benyújtását, mint a “Computers in Diabetes Management”). Kérjük, a beküldési folyamat során válassza a “Review article” cikktípust.
3. Kommentárok: Ezek olyan, általában a kutatási cikkeknél rövidebb cikkek, amelyek általában korábban megjelent cikkeket vagy egy olyan témát tárgyalnak, amely az orvosbiológiai informatikai kutatás módszertani alapjainak és alkalmazásának fontos területe. A kommentárokat gyakran meghívásos alapon írják, de a szerkesztőkkel való megbeszélést követően bárki benyújthatja. Ha kommentár benyújtását fontolgatják, kérjük, előzetesen küldjenek egy rövid javaslatot a [email protected] címre. Ha kommentár benyújtását kérték, vagy a szerkesztő jóváhagyta, kérjük, a benyújtás során válassza a “Discussions” cikktípust, és a kísérőlevélben adja meg, hogy kéziratát kommentárnak szánja.
4. Különleges közlemények: Ezek olyan cikkek, amelyek a módszertanilag orientált informatikai kutatóközösséget széles körben érdeklő kérdéssel foglalkoznak. Ezek beszámolhatnak workshopok vagy kutatások eredményeiről, általában olyan tanulságokat vagy útmutatást kínálnak, amelyek mások számára is hasznosak lehetnek. Az ilyen cikkeknek nem kell innovatív új informatikai módszertanokról beszámolniuk. Ha különleges közlemény benyújtását fontolgatja, kérjük, előzetesen küldjön egy rövid javaslatot a [email protected] címre. Ha a szerkesztő jóváhagyta a különleges közlemény benyújtását, kérjük, a benyújtás során válassza a “Discussion” cikktípust, és a kísérőlevélben tüntesse fel, hogy a kéziratot különleges közleménynek szánja.
5. Levelek a szerkesztőnek: Leveleket lehet benyújtani, és azokat a folyóiratban való esetleges megjelenés szempontjából figyelembe vesszük. Ezek általában egy korábban megjelent tanulmányt kommentálnak. Kérjük, a beküldési folyamat során válassza a “Levelezés” cikktípust.
6. Könyvkritikák: A szerkesztők alkalmanként azonosítanak egy új könyvet, amely valószínűleg érdekes lehet a JBI olvasóközönsége számára. Felkérnek magánszemélyeket, hogy írjanak kritikákat ezekről a kötetekről, és az ilyen beadványok csak meghívás alapján küldhetők be. A kéretlen könyvkritikákat nem veszik figyelembe. Kérjük, a beküldési folyamat során válassza a “Book review” (könyvkritika) cikktípust.
7. Szerkesztőségi cikkek: A szerkesztők vagy meghívottjaik alkalmanként szerkesztőségi cikkeket tesznek közzé, de a kéretlenül küldött szerkesztőségi cikkeket nem veszik figyelembe. Kérjük, a beküldési folyamat során válassza a “Editorial” cikktípust.
Ha egy szerző kéziratot nyújt be egy speciális tematikus szám cikkfelhívására, a beküldési kategóriának a speciális szám címének kell lennie, de a kísérőlevélben fel kell tüntetni, hogy a cikk módszertani áttekintés, rendes cikk vagy kommentár.
Közelebbi háttér a cikk benyújtása előtti áttekintéshez
A Journal of Biomedical Informatics (JBI) folyóiratot, amelyet először 1968-ban jelentetett meg az Academic Press Computers and Biomedical Research (CBR) címmel, 2001-ben a 34. kötettel kezdődően áttervezték és átnevezték. A CBR 1968-as bemutatkozása óta eltelt 33 éves erős múltra építve számos változtatást hajtottunk végre, hogy a folyóiratot a szakterület fejlődésének fényében frissítsük és átirányítsuk, miközben egyúttal igyekeztünk betölteni egy olyan rést, amelyet a többi, az orvosbiológiai informatikai kutatással foglalkozó folyóirat nem jelölt meg egyértelműen központi témaként. Ezt a célt a következőképpen fogalmaztuk meg az indító szerkesztőségi cikkünkben:
“Egyre nehezebb olyan cikkeket publikálni, amelyek széles körben vonzóak a legkülönbözőbb olvasóközönség számára. Ennek megfelelően úgy döntöttünk, hogy az elkövetkező években fontos a folyóirat szűkebb fókuszának bevezetése, és ezt szem előtt tartva neveztük át a folyóiratot, hogy tükrözze a modernebb és szűkebb hangsúlyt. A Journal of Biomedical Informatics (JBI) célja, hogy inkább kiegészítse, mintsem versenyezzen az orvosbiológiai informatika többi jelentős folyóiratával. Különösen azokra a cikkekre kívánjuk helyezni a hangsúlyt, amelyek olyan módszertanokat világítanak meg, amelyek általánosíthatók a biomedicinális területeken, és amelyek segítenek a terület tudományos alapjainak kialakításában. A cikkek inkább az információs technológiával, mint az orvosi eszközökkel foglalkoznak majd, és inkább a mögöttes módszerekkel, mint a rendszerleírásokkal vagy összefoglaló értékelésekkel. Számítani kell arra, hogy ez a folyóirat kiváló forrása lesz az új ötleteknek azzal kapcsolatban, hogyan lehet kezelni a nehéz problémákat, amelyek az orvosbiológiai tudományok és a klinikai gyakorlat problémáinak számítógépes megoldásainak fejlesztése során merülnek fel.”
Majdnem két évtizede jelenik meg a JBI cím alatt, és örülünk a folyóirat sikerének. A folyóirat hírnevét a kiválóság és a szigorúság jellemzi, és reméljük, hogy olvasóinkat és a publikáló szerzőket is hasonlóan lenyűgözi mind a munka, mind az írások minősége, amelyeket ezekre az oldalakra vonzunk.
A JBI olyan tanulmányok közzétételére törekszik, amelyek koncepcionális hozzájárulást nyújtanak a szakterülethez, jellemzően egy módszertani vagy technikai innováció leírásával, vagy egy érdekes informatikai projekt keretében levont, érdemben általánosítható tanulságok megvitatásával. Ha a hozzájárulásnak elméleti alapja van, akkor az elmélet is megfelelő hangsúlyt kap az ismertetésben. Tapasztalataink szerint számos, alkalmazásként induló kutatási projekt eredményez olyan módszertani innovációt, amely – megfelelően leírva – hozzájárul tudományágunk tudományos alapjához. Ezért nem bátorítjuk az érdekes alkalmazásokat tárgyaló pályázatokat, hanem inkább arra ösztönzünk, hogy hogyan lehet a legjobban írni és megosztani az általánosítható módszertani felismeréseket, amelyek az alkalmazott munkából származnak, és amelyekből mások is profitálhatnak. Úgy véljük, hogy az ilyen dolgozatok alkotják az orvosbiológiai informatika mint tudományág magját.
Öt fő oka volt a dolgozatok bírálat nélküli visszaküldésének. Talán a leggyakoribb az, amikor egy dolgozat elsősorban egy informatikai alkalmazás leírása vagy annak értékelése. Egy új klinikai rendszer, amely fontos klinikai problémával foglalkozik, de nem kínál új módszertant, jobban illene egy másik folyóiratba, akár az alkalmazott informatika, akár az alkalmazás klinikai területére. Hasonlóképpen, a felmérések/kérdőíves tanulmányok vagy a felhasználói igények elemzései valószínűleg csak akkor alkalmasak a JBI számára, ha új módszerekkel járulnak hozzá az ilyen tanulmányok vagy elemzések elvégzéséhez, vagy új meglátásokkal szolgálnak a felhasználói viselkedés, a kognitív tudomány vagy az ember-számítógép interakció terén.
A második ok, amiért a cikkeket felülvizsgálat nélkül visszaküldik, akkor jelentkezik, ha egy cikk nem foglalkozik az információ- és tudásmenedzsment alapvető informatikai fogalmaival. Ez leggyakrabban akkor fordul elő, ha egy dolgozat egy új orvosi eszközt vagy az orvosbiológiai jel- vagy képfeldolgozás megközelítését mutatja be, különösen, ha a hangsúly a numerikus módszereken vagy a fiziológiai megfigyelésen van, nem pedig az információfeldolgozáson és -kezelésen vagy a tudásalapú megközelítéseken. Az ilyen cikkeket általában az orvosbiológiai mérnöki folyóiratokhoz vagy az alkalmazási terület klinikai folyóirataihoz utaljuk (pl, kardiológiai folyóiratot az elektrokardiogram-elemzés új megközelítéseihez, vagy képalkotási folyóiratot a szegmentálás vagy a képelemzés más aspektusainak új matematikai megközelítéséhez).
Harmadszor, mivel az orvosbiológiai informatika területét minden alkalmazásban az motiválja, hogy pozitív hatást gyakoroljon az emberi egészségre vagy az emberi betegségek kezelésére, a JBI-hoz benyújtott bioinformatikai cikkeknek a transzlációs bioinformatika (TBI) területére kell vonatkozniuk. Rutinszerűen, felülvizsgálat nélkül elutasítjuk azokat a dolgozatokat, amelyek olyan alapvető bioinformatikai megoldásokkal foglalkoznak, amelyek széles körben alkalmazhatók (pl. analitikai módszerek mikroelemzésekhez), de nem kifejezetten az emberi egészség vagy betegség motiválja őket. Ennek megfelelően nem publikálunk olyan dolgozatokat, amelyek kifejezetten a mezőgazdaságban vagy az állattudományban alkalmazott növényi vagy állati bioinformatikai vagy genomikai módszerekkel foglalkoznak.
Negyedszer, támogató szoftverrel értékelünk minden, a JBI-hez benyújtott cikket, megvizsgálva, hogy van-e bizonyíték más publikált cikkek szövegének jelentős újrafelhasználására. Egyes esetekben a korábbi publikációkat még csak nem is idézik az új tanulmányban. Függetlenül attól, hogy a kézirat szerzői egyúttal annak a cikknek a szerzői is, amelyből a szöveget újra felhasználták, általában elutasítjuk az olyan cikkek bírálatát, amelyek jelentős átfedést mutatnak más publikációkkal. Az ilyen gyakorlat nemcsak a plágiummal (vagy önplágiummal) kapcsolatos aggályokhoz vezet, hanem az új kéziratban bemutatott munka újszerűségét is megkérdőjelezi. Elvárjuk, hogy minden dolgozatot de novo írjanak, és kérjük, hogy a kéziratokból (és a kísérőlevélből) világosan kiderüljön, hogy az új munka hogyan épül a korábban közzétett munkára, hogyan javítja vagy múlja felül annak képességeit.
Végezetül, bár a JBI nemzetközi folyóirat, és megértjük azokat a kihívásokat, amelyekkel a szerzőknek szembe kell nézniük, ha az angol nem az anyanyelvük, néhány dolgozatnak olyan súlyos problémái vannak az angol nyelvű kifejtéssel, hogy elutasítjuk őket, vagy visszaküldjük átdolgozásra, javasolva egy angolul értő szerkesztő vagy társszerző bevonását, mielőtt a dolgozatot alkalmasnak ítélnénk a tudományos bírálati folyamatba való bekerülésre. A kisebb nyelvi problémák a szerkesztési folyamat során korrigálhatók, de a súlyosabb problémák megakadályozzák a tudományos hozzájárulás megfelelő értékelését.
A bírálatra kerülő dolgozatok közül a végső elfogadás aránya jelenleg körülbelül 25%. Minden megjelent dolgozatot csak jelentős átdolgozások után fogadtak el, így a szerzőket nem szabad meglepődni, ha átdolgozásra van szükség, mielőtt egy dolgozat publikálhatóvá válik. Úgy véljük azonban, hogy az általunk a bírálati és felülvizsgálati folyamatba bevezetett szigor jobb, tudományosan hasznosabb terméket eredményezett. Például az anekdotikus visszajelzések, valamint az idézettségi és letöltési adatok arra utalnak, hogy a szinte minden számban szereplő módszertani áttekintéseket széles körben használják oktatási és tanulmányozási célokra.
A CBR-ről a JBI-ra való áttérés óta minden évben egyre több beadott dolgozat érkezett hozzánk. Az első évben körülbelül 100 kéziratot kaptunk, de most már jóval több mint 800 dolgozatot kapunk évente. Ennek eredményeképpen a folyóirat mérete megnőtt, és számonként több dolgozatot közlünk. Évente két-három számot különleges módszertani témáknak is szentelünk, amelyeket olyan vendégszerkesztők felügyelnek, akik ilyen különszámokat javasolnak nekünk. Az elfogadott dolgozatokat azonnal elérhetővé tesszük az interneten, és a Medline indexálja őket. Röviddel ezután megjelennek a ScienceDirect egy összeállított “virtuális” számában. 2016 óta nem készítünk nyomtatott változatot a JBI-ból, mivel megtanultuk, hogy a folyóirathoz való hozzáférés túlnyomó többsége az interneten és a ScienceDirect-en keresztül történik. A teljes számok nyomtatott példányai az Elseviertől a Print on Demand szolgáltatásokon keresztül kaphatók. A tanulmányok a szerzők által fizetett díj ellenében nyílt hozzáféréssel is megjelenhetnek, de egyébként a megjelenést követő első 12 hónapban csak az előfizetők számára elérhetőek. Ezt követően a ScienceDirect nyílt archívumában szabad hozzáférésűvé válnak. Mivel a folyóirat kizárólag online készül, a benyújtott kéziratokban szereplő ábrák vagy fényképek színhasználatára vonatkozóan nincs korlátozás vagy díjfizetés.
Bátorítjuk, hogy küldje be legjobb módszertani munkáit a JBI-hoz. Ne feledje, hogy lehetőséget biztosítunk az innovatív megközelítés mélyreható megvitatására, ahogyan azt a bírálóink és a szerkesztők is megítélik, és elkerültük a szócikkek számának vagy az egyes cikkek hosszára vonatkozó egyéb mérőszámok önkényes korlátozását. Bátorítjuk a doktori disszertációs munkát leíró cikkeket is, és hangsúlyozzuk, hogy a szakdolgozati dokumentumban vállalt átfogó témavizsgálatok gyakran adaptálhatók a JBI számára alkalmas módszertani áttekintő cikk kidolgozására. A folyóiratnak nincsenek lapköltségei, és az online környezetben megjelenő cikkek multimédiás komponenseket is tartalmazhatnak.
A biogyógyászati informatika fejlődő terület, fontos alkalmazásokkal és következményekkel az egész biomedicinális és klinikai világban. Arra törekszünk, hogy a kutatóközösség következetesen a JBI-t jelölje meg a terület tudományos alapját legjobban meghatározó folyóiratként. Ennek megfelelően várjuk mind az Ön hozzájárulásait, mind az Ön olvasóközönségét.
Mor Peleg
Főszerkesztő
Hide full Célok & Hatálya