A kapszomer a kapszid egyik alegysége, amely a vírus genetikai anyagát védő fehérje külső burkolata. A kapszomerek önmagukból állnak össze a kapszid kialakításához.
Az Adenovírus ezen ábráján jól láthatók a kapszid molekulák.
A protomereknek nevezett alegységek összeállnak, és kapszomereket alkotnak. A kapszomereknek különböző elrendezései vannak: 1) ikozaéderes, 2) spirális és 3) komplex.
1) Ikozaéderes- Az ikozaéder egy 12 csúcsú és 20 oldalú poliéder. Az ikozaéderes kapszidot kétféle kapszomer alkotja: pentagonális (pentonok) a csúcsokon és hexagonális (hexonok) az arcokon. Mindig tizenkét penton van, de a hexonok száma víruscsoportonként változik. Az elektronmikroszkópos felvételeken a kapszomerek szabályos távolságban elhelyezkedő gyűrűkként ismerhetők fel, egy központi lyukkal.
2) Helikális- A protomerek nem csoportosulnak a kapszomerekben, hanem úgy kapcsolódnak egymáshoz, hogy szalagszerű szerkezetet alkotnak. Ez a szerkezet spirálba hajlik, mert a protomerek egyik végén vastagabbak, mint a másik végén. A spirális kapszid átmérőjét a protomerjeinek jellemzői határozzák meg, míg a hosszát az általa körülvett nukleinsav hossza határozza meg.
3) Komplex- pl. amit a poxvírus és a rhabdovírus mutat. Ebbe a csoportba tartoznak mindazok a vírusok, amelyek nem illeszkednek a fenti két csoport egyikébe sem: Amikor a vírusrészecske bejutott a gazdasejtbe, a gazdasejt enzimei megemésztik a kapszidot és az azt alkotó kapszomereket, ezáltal felfedik a vírus csupasz genetikai anyagát (DNS/RNS), amely ezt követően belép a replikációs ciklusba.
A kapszomerek védelmet nyújtanak a fizikai, kémiai és enzimatikus károsodás ellen, és többszörösen redundánsak; néhány fehérje alegységgel rendelkeznek, amelyek ismétlődnek. Ez azért van így, mert a vírusgenom a lehető leggazdaságosabb, mivel csak néhány fehérje kodonra van szüksége egy nagy szerkezet létrehozásához. A kapszid egyik fő funkciója a zárt vírusgenom bejuttatása a gazdasejtekbe azáltal, hogy könnyen adszorbeálódik a gazdasejtek felszínén.