Az elkülönítés legrégebbi ismert formái azok, amelyeket a Pentateuch (Biblia) több mint 3400 évvel ezelőtt említett, különösen a lepra esetében. Hippokratész és Galénosz az i. e. 5. században azt tanácsolta, hogy “Cito, Longe, Tarde”, azaz “menj gyorsan, menj messzire, és későn térj vissza”.
A 13. és 14. századtól kezdve az elszigetelődés formái egyre inkább elterjedtek. Az ókori izraeliták között a fertőzötteket elkülönítették, hogy megakadályozzák a betegség terjedését az Ószövetségben lefektetett mózesi törvények szerint.
Velence élen járt a pestis terjedésének megfékezésére irányuló egészségügyi intézkedésekben, mivel a fekete halál első éveiben (1348) három közegészségügyi felügyelőt nevezett ki. A “karantén” szó az olasz quaranta giorni kifejezésből származik, amely “negyven napot” jelent. A hajókon való használata határozta meg a nevét, bár ennek nem tudományos oka van. A legtöbb betegség esetében a lappangási idő kevesebb, mint negyven nap, néhány kivételtől eltekintve, mint például a fertőző mononukleózis vagy a Kuru.
A jelen korban a Holdról való visszatéréskor bekövetkező fertőzéstől (bolygóközi fertőzés) való félelem volt a fő oka az Apollo-program első missziós programja során elfogadott karanténeljárásoknak. Az űrhajósokat és a holdi mintákat a holdi fogadó laboratóriumban karanténba helyezték. Hasonlóképpen egy jövőbeli Marsra visszatérő küldetésből származó minták esetében is létezik egy karantén protokoll a Marsról származó mintákra, amelyet a Mars Sample Return Receiving Facility (MSRRF) néven ismert 4. szintű biológiai biztonsági laboratóriumban hajtanának végre.