A Babylon kétéves átalakítása 1999-ben kezdődött. Tízmillió márkába került, és főként a német kormány finanszírozta. Az ülőhelyekre és a technikai felszerelésre kétmillió eurós lottó fejlesztési forrást adtak. Felújították a nagy nézőtér tetőzetét és mennyezetét. A mennyezet fagerendáit, amelyek már nem bírták el a súlyt, acélgerendákra cserélték, és új tetőt emeltek föléjük. Az épület homlokzatát is felújították.
A felújítás célja nem az volt, hogy az épületet úgy állítsák vissza, ahogyan egy adott időpontban kinézett, hanem az épület történetének különböző elemeit megőrizzék. Az előcsarnokot úgy állították vissza, ahogy az épület 1928-as megnyitásakor volt, a nézőteret pedig az 1948-as stílusban újították fel, plüss ülőhelyekkel, stukkókkal és aranyozott részletekkel. Az épületet eredetileg mozinak és színháznak is használták, ezért volt egy hátsó színpadrész a vászon mögött. Ide a felújítás részeként új, kisebb nézőteret építettek. A nagy nézőtér zenekari árkát is felújították, hogy a némafilmek vetítései alatt egy kamarazenekar élőzenét játszhasson. 1999-ben restaurálták a 70 éves J. D. Philipps mozi orgonáját. Ez az egyetlen moziorgona Németországban, amely még mindig az eredeti helyén szólal meg.
2001 májusában került sor a moziterem újranyitására Orson Welles Othello című filmjével. 2002-ben a “Berlini filmművészeti Babilon” egyesület a Német Műemlékvédelmi Alapítványtól megkapta az “Ezüst félteke” kitüntetést. Joachim Roemer és Klaus Meyer-Rogge építészeket a “moziépítészet kulcsfontosságú épületének” megmentéséért tüntették ki.
A Babylon a Berlini Nemzetközi Filmfesztivál (Berlinale) egyik helyszíne. A felújított moziorgonát 2001. május 26-án A gólem: Hogyan jött a világra című film vetítésén mutatták be újra. Ezt követte egy némafilmes koncertsorozat Stephan von Bothmer zongoraművésszel.
2009-ben néhány alkalmazott, akik az anarcho-szindikalista Szabad Dolgozók Szakszervezetének (FAU) tagjai voltak, magasabb béreket és jobb munkakörülményeket követeltek. A FAU berlini szekciója 2009. július végén a mozi bojkottjára szólított fel. A Ver.di szakszervezet 2010. január 1-jétől kollektív szerződést kötött a dolgozókkal. 2009-ben a mozi üzemeltetője jogi vitát kezdeményezett a FAU-val a szakszervezetként való jelölés jogáról. A Berlin-Brandenburgi Munkaügyi Bíróság 2009 októberében úgy döntött, hogy a FAU-nak joga van a bérmegállapodásokról tárgyalni. A berlini legfelsőbb bíróság 2009 decemberében ideiglenes végzéssel megtiltotta, hogy a FAU Berlin további intézkedésig szakszervezetnek nevezze magát. Ezt a Legfelsőbb Bíróság 2010 júniusában hatályon kívül helyezte.