Hagyományosan a klathrátvegyületek molekuláris vendégeket tartalmazó polimer gazdatestekre utalnak. Újabban a kifejezés számos molekuláris gazdatestre utal, beleértve a kalixaréneket és a ciklodextrineket, sőt egyes szervetlen polimereket, például a zeolitokat is. A természetes szilícium-dioxid-klatrát ásványt, a csibaitot 2008-ban írták le Japánból.
Sok klatrát szerves hidrogénkötésű vázakból származik. Ezeket a vázakat olyan molekulákból állítják elő, amelyek többszörös hidrogénkötéses kölcsönhatások révén “önasszociálódnak”. A leghíresebb klatrátok a metán-klatrátok, ahol a hidrogénkötésű vázhoz a víz, a vendégmolekulák pedig a metán járulnak hozzá. Nagy mennyiségű, természetes módon ilyen formában megfagyott metán létezik mind a permafrosztos képződményekben, mind az óceánok tengerfenékén. Más hidrogénkötésű hálózatok hidrokinonból, karbamidból és tiokarbamidból származnak. Egy sokat vizsgált gazdamolekula a Dianin vegyület.
Hofmann-vegyületek a Ni(CN)4-Ni(NH3)2 képletű koordinációs polimerek. Ezek az anyagok kis aromás vendégekkel (benzol, egyes xilolok) kristályosodnak, és ezt a szelektivitást kereskedelmi forgalomban ki is használták e szénhidrogének elválasztására. A fémorganikus vázak (MOF-ek) klatrátokat képeznek.
Fotolitikusan érzékeny ketreces vegyületeket vizsgáltak, mint gyógyszer vagy reagens felszabadításának tartályait.