A mintafelismerő szoftverek fejlesztése a genetika, a molekuláris biológia és a bioinformatika egyik fő témája. A specifikus szekvencia-motívumok működhetnek a bioszintézist szabályozó szabályozó szekvenciákként, vagy olyan jelszekvenciákként, amelyek egy molekulát egy adott helyre irányítanak a sejten belül, vagy szabályozzák annak érését. Mivel e szekvenciák szabályozó funkciója fontos, úgy gondolják, hogy hosszú evolúciós időszakokon keresztül konzerválódtak. Bizonyos esetekben az evolúciós rokonság megbecsülhető ezen helyek konzerváltságának mértéke alapján.
NotationEdit
A konzervált szekvenciamotívumokat konszenzus szekvenciáknak nevezzük, és ezek mutatják, hogy mely maradékok konzerváltak és mely maradékok variálhatók. Tekintsük a következő példa DNS-szekvenciát:
AN{A}YR
Ebben a jelölésben az A azt jelenti, hogy az adott pozícióban mindig A található; C-t vagy T-t jelent; N bármely bázist jelent; {A} pedig bármely bázist, kivéve A-t. Y bármely pirimidint, R pedig bármely purint jelöl.
Ebben a példában a jelölés nem utal arra, hogy az adott pozícióban milyen relatív gyakorisággal fordul elő C vagy T. A jelölés a C vagy a T relatív gyakoriságát jelenti. A konszenzus szekvencia ábrázolásának egy alternatív módszere a szekvencia logót használja. Ez a konszenzus szekvencia grafikus ábrázolása, amelyben a szimbólum mérete azzal a gyakorisággal függ össze, hogy egy adott nukleotid (vagy aminosav) milyen gyakran fordul elő egy adott pozícióban. A szekvencia-logókban minél konzerváltabb a maradék, annál nagyobb szimbólumot rajzolnak az adott maradékhoz; minél ritkábban fordul elő, annál kisebb a szimbólum. A szekvencia-logókat a WebLogo vagy a Gestalt Workbench segítségével lehet létrehozni, amely egy nyilvánosan elérhető vizualizációs eszköz, amelyet Gustavo Glusman írt az Institute for Systems Biology-nál.