Vérmintákat szeretne használni transzlációs kutatásaiban? Talán az áttétes emlőrák vagy a nem kissejtes tüdőrák érdekli. Vagy talán a szilárd tumorminták kihívásai és korlátai miatt gondolkodik azon, hogy… itt az ideje.
Most mi legyen?
Nézzük meg közelebbről a DNS-hozamot, és a plazmából származó sejtmentes DNS-sel való munka valóságát. A sejtmentes DNS (vagy cfDNS) a véráramban lévő összes nem kapszulázott DNS-t jelenti. Ennek a sejtmentes DNS-nek egy része tumorklónból származik, és keringő tumor-DNS-nek (vagy ctDNS-nek) nevezik. A cfDNS olyan nukleinsavtöredékek, amelyek apoptózis vagy nekrózis során kerülnek a véráramba. Normális esetben ezeket a fragmentumokat a makrofágok megtisztítják, de úgy gondoljuk, hogy a rákban a sejtek túlszaporodása több cfDNS-t hagy hátra. Ezek a fragmentumok átlagosan körülbelül 170 bázis hosszúságúak, felezési idejük körülbelül két óra, és mind a korai, mind a késői stádiumú betegségben jelen vannak számos gyakori daganatban, beleértve a nem kissejtes tüdőt és az emlőt. Ez azt jelenti, hogy a cfDNS-koncentráció nagymértékben változik, a plazma milliliterenként 1 és 100 000 fragmens között fordul elő.
Ha már egy ideje az újgenerációs szekvenálással foglalkozik, akkor talán érdekli az érzékenység és a specificitás. Magas érzékenységet és specificitást mutattunk ki az egy százalékpontnál nagyobb gyakoriságú variánsok esetében 20 nanogramm bemeneti DNS-sel, és 5 nanogrammnál nagyobb, öt százalékpontnál nagyobb gyakoriságú variánsok esetében . Ha többet szeretne megtudni arról, hogyan kell ezt megtenni, nézze meg a cfDNS-vizsgálatokról szóló videónkat. Talán hallott már arról, hogy a cfDNS-t nulla százalékos kimutatási határon végzett elemzésekhez használják. Bár létezik a technológia a 0,01% elérésére (például digitális cseppek segítségével), van egy biológiai határ, amiről beszélnünk kell.
Egy 10 ml-es vérmintából az Applied Biosystems MagMAX Cell-Free DNA Isolation Kit használatával rutinszerűen körülbelül 20 nanogramm cfDNS-t, azaz körülbelül 6 felhasználható molekulát nyerünk az elemzéshez. Néhány gyors számítás azt mutatja, hogy 1%-os kimutatási határérték mellett körülbelül 25 molekulára számíthatunk. A 0,1%-os határértéknél csak 2-3 molekula jelenléte várható. Ez azt jelenti, hogy 0,1% alatt előfordulhat, hogy nem lesznek jelen az elemzéshez szükséges molekulák. Ne feledje azt sem, hogy a cfDNS-koncentrációk nagyon változóak. Nagyon alacsony lehet a kritikus szakaszokban, mint például a korai kiújulás vagy a rezisztencia kialakulása, amelyre most sok kutató összpontosít. A 20 nanogramm DNS sikeres izolálásához a vérplazmából kézi és automatizált módszerek is rendelkezésre állnak, az Ön átviteli igényeitől függően.
A DNS-t a kezében tartva az Ön kutatása diktálja, hogy ezen a ponton melyik utat válassza. A digitális PCR-t választhatja a kiújulásfigyelő vizsgálatokhoz. A terápiaválasztással kapcsolatos kutatásokhoz az újgenerációs szekvenálási vizsgálatot részesítheti előnyben. Bárhová is vezet a folyékony biopsziás kutatása, mi a cfDNS-elemzés teljes körű megoldásaival segíthetünk Önnek eljutni oda, a néhány célponttól a több génre kiterjedő vizsgálatokig.
Remélem, adtunk néhány gondolkodnivalót, amikor fontolóra veszi a sejtmentes DNS használatát a laboratóriumában. De biztos vagyok benne, hogy lesz néhány kérdése. Ezért küldje el kérdéseit a thermofisher.com/ask oldalon, és iratkozzon fel csatornánkra, hogy még több ilyen videót láthasson. És ne feledje, ha kétségei vannak, csak Seq It Out!