NOTE: The latest version of ANGSD-wrapper is at ANGSD-wrapper/angsd-wrapper
The version in this repository is out of date, please go to the version linked above.
ANGSD-wrapper is a utility developed to help in the analysis of next generation sequencing data. A felhasználók a következőket tehetik meg ezzel a csomaggal:
- A helyfrekvencia spektrum kiszámítása
- 2D helyfrekvencia spektrum kiszámítása a megfelelő FST becslésekkel
- ABBA/BABA tesztek elvégzése
- FASTA szekvencia kivonása BAM fájlokból
- Genotípus valószínűségek kiszámítása
- Teták és különböző semlegességi statisztikák becslése
- Per-…individual inbreeding coefficient
- Find admixture proportions
.
Likelihood based approaches are used in ANGSD to calculate summary statistics from next generation sequencing data. A wrapper szkripteket és a dokumentációt úgy tervezték, hogy az ANGSD felhasználóbarát legyen.
Az ANGSD-wrapper telepítése
Az ANGSD-wrapper telepítéséhez, töltse le a GitHubról
git clone https://github.com/mojaveazure/angsd-wrapper.git
Lépjen be az ANGSD-wrapper könyvtárba
cd angsd-wrapper/
Futtassa a telepítő parancsot
./angsd-wrapper setup dependencies
Töltse le a példaadatkészletet (opcionális)
./angsd-wrapper setup data
Fejezze be a telepítést
source ~/.bash_profile
Megjegyzés a BAM fájlokról
Az ANGSD BAM fájlokat igényel inputként, és az ANGSD-wrapper átadja a BAM fájlok listáját az ANGSD-nek. Ezeknek a BAM fájloknak néhány követelménye van:
- A BAM fájloknak rendelkezniük kell egy ‘@HD’ fejléc sorral
- A BAM fájloknak indexeltnek kell lenniük (.bai)
Hogy lássuk, hogy a BAM-fájlok rendelkeznek-e ‘@HD’ fejléc sorral, futtassuk le az alábbiakat a minták listáján:
for sample in `cat ~/path/to/sample_list.txt`do echo $sample samtools view -H $sample | head -1done
Ha bármelyik minta ‘@HD’ helyett ‘@SQ’-val kezdődik, az ANGSD és az ANGSD-wrapper sikertelen lesz. Ez a Gist egy @HD fejléc sorokat ad a BAM fájlokhoz.
Az index fájlokat a BAM fájlok után kell létrehozni. A BAM-fájlok SAMTools segítségével történő indexeléséhez futtassa le a mintalistán a következőket:
for sample in `cat ~/path/to/sample_list.txt`do samtools index $sampledone
Ha a GNU Parallel telepítve van a rendszerén, ez a folyamat felgyorsítható:
cat ~/path/to/sample_list.txt | parallel samtools index {}
Alapvető használat
Az ANGSD-wrapper futtatásához futtassa
angsd-wrapper <wrapper> <config>
Ahol wrapper az ANGSD-wrapper által futtatható módszerek egyike, config pedig a megfelelő konfigurációs fájl relatív elérési útja.
A rendelkezésre álló wrapperek listájának megtekintéséhez futtassa a
angsd-wrapper
Konfigurációs fájlok
Minden egyes módszerhez van egy konfigurációs (config) fájl, amely a angsd-wrapper. segítségével elérhető angsd-wrapper. A konfigurációs fájlok a wrapperek által használt változókat tartalmazzák. Itt kell módosítania és elmentenie a változókat (pl. megadnia az indexelt BAM fájlok/CRAM fájlok, FASTA fájlok, mintalisták stb. fájlútvonalát) a mintáinak megfelelően, mielőtt az angsd-wrapper-t futtatja egy adott módszerrel.
Az alapértelmezett konfigurációs fájlok a Configuration_Files könyvtárban találhatók. Ezeket a mintáidnak megfelelően kell módosítanod. Kérjük, olvassa el a konfigurációs fájlokat vagy a wikit, hogy lássa, mire szolgálnak az egyes változók, és hogyan kell őket megadni. Ha a angsd-wrapper-t argumentumok nélkül futtatja, akkor egy használati üzenetet ad vissza.
A angsd-wrapper setup data futtatásakor a Example_Data/Configuration_Files-ben találhatók a minta konfigurációs fájlok.
További információk
Az ANGSD-wrapperről, az ANGSD-wrapper segítségével elérhető módszerekről és egy átfogó bemutatóról további információkat a wikiben talál.
Függőségek
Ez a csomag a következő függőségeket igényli:
- ANGSD
- ngsPopGen
- ngsF
- ngsAdmix
Az angsd-wrapper telepítésekor ezek automatikusan letöltődnek és települnek
Van még néhány függőség, amelyek nem kerülnek automatikusan letöltésre a telepítés során:
- SAMTools
- GNU Scientific Library
- Git
- Wget
Támogatott módszerek
- Site frequency spectrum (SFS)
- Thetas becslések
- 2D SFS és FST
- ABBA/BABA
- Ősi szekvenciák kinyerése
- Genotípus valószínűség becslések
- Betegségi együtthatók számítása
- Fő komponens analízis
- Keveredés analízis
.
Idézi ANGSD-wrapper
Az ANGSD-wrapper a Molecular Ecology Resources című folyóiratban jelent meg; ha ezt használja munkájában, kérjük, hivatkozzon a cikkre. BibTeX felhasználók számára az idézés a következő:
@article {MEN:MEN12578,author = {Durvasula, Arun and Hoffman, Paul J. and Kent, Tyler V. and Liu, Chaochih and Kono, Thomas J. Y. and Morrell, Peter L. and Ross-Ibarra, Jeffrey},title = {angsd-wrapper: utilities for analysing next-generation sequencing data},journal = {Molecular Ecology Resources},issn = {1755-0998},url = {http://dx.doi.org/10.1111/1755-0998.12578},doi = {10.1111/1755-0998.12578},pages = {n/a--n/a},keywords = {domestication, population genetics, software, visualization, Zea},year = {2016},}