Az alternatív rákprotokollok nagy dózisú enzimterápiát alkalmaznak a daganatok lebontására, a keringési rendszer megtisztítására és az immunrendszer működésének serkentésére. Az ezekben a protokollokban használt szisztémás enzimek lebontják a vírusok védőbevonatát, felszabadítva azokat, hogy az immunrendszer azonosítani és megtámadni tudja őket. A vírusok és más patogén mikroorganizmusok nagymértékben növelik a toxikus terhelést, megterhelve az immunrendszert. Ezeknek a fertőzéseknek az eltávolítása kiemelkedően fontos az optimális immunműködéshez.
Ugyanez a folyamat vonatkozik a rákos sejtekre is. Ha a fibrin lebomlik, akkor az immunrendszer hatékonyabban tudja megcélozni a patogén betolakodókat. Az enzimek az immunműködést is fokozzák az immunmolekulák, például a citokinek, a makrofágok és a természetes ölősejtek stimulálásával. Ha az immunrendszer teljes gőzzel működik, akkor teljesíteni tudja a rák növekedésének és terjedésének megakadályozására irányuló feladatát.
A szisztémás enzimek fokozzák a hagyományos rákterápiák, például a kemoterápia és a sugárkezelés hatékonyságát. A kemoterápia jobban képes megtámadni a rákos sejteket, ha a fibrint lebontják, és kisebb dózisokat lehet alkalmazni. Gyulladáscsökkentő és fájdalomcsillapító hatásuk miatt az enzimek segítenek a kemoterápia negatív mellékhatásainak, például a hányásnak, fájdalomnak, izomsorvadásnak és kimerültségnek az enyhítésében. Az enzimek a sugárkezelés mellékhatásaként fellépő hegszövet lebontásában is hasznosak. Továbbá a betegek gyorsabban felépülnek a műtétekből, ha enzimeket szednek.