SRA

A benyújtás részletei

Vizsgálat és alanyok regisztrálása a dbGaP-ben

A dbGaP benyújtás interaktív áttekintése itt található.

A dbGaP benyújtási dokumentációs csomag letölthető [itt.

A benyújtás ezen szakaszával kapcsolatos minden kérdést a [email protected] címre kell intézni.

SRA: Szekvenálási metaadatok benyújtása az SRA kurátorának

Lépjen kapcsolatba az SRA munkatársaival a [email protected] címen, és a tárgysorba írja be a tanulmánya hozzáférési számát (phs######) (ez segít a megfelelő személyhez rendelni a kérdést), az SRA pedig egy szekvenálási metaadat-táblázatot biztosít az Ön számára, amelyet kitöltve visszaküld.

A szekvenálási metaadatok táblázat minta oszlopát előre kitöltjük az Ön dbGaP azonosítóival (a tanulmány csatlakozása és a dbGaP minta azonosítói). A táblázatot ki kell töltenie a szükséges technikai adatokkal, valamint a feltöltendő szekvenciafájlok nevével és MD5 ellenőrző összegével

Kérjük, vegye figyelembe, hogy minden library_id-nak egyedinek kell lennie, a címnek lehetővé kell tennie a felhasználók számára, hogy azonosítsák és megkülönböztessék az Ön szekvenciáit, a terv leírásának pedig egy rövid (1-3 mondatos) anyag és módszer leírásnak kell lennie, amely leírja, hogyan készült a könyvtár és a szekvenálás. További utasításokat és leírásokat a táblázat tartalmaz. Kérjük, a tervezési leírást egysoros szövegként, újsorok és speciális karakterek nélkül adja meg.

SRA: Szekvenciafájlok átvitele a védett SRA-fiókra

Egy SRA-kurátor segít a fájlok feltöltésében, amint a szekvenálási metaadatok táblázatát kitöltötte és visszaküldte.

Az adatfájlokat csak a metaadatok táblázatának kitöltése után megadott feltöltési fiókba töltse fel.

A következőkre lesz szüksége:

1. Generáljon egy ssh kulcspárt.
2. Adja meg a nyilvános kulcsfájlt (például *.pub) az NCBI-nek.
3. A ascp segítségével továbbítsa a fájlokat.

A továbbítóknak az adatfájlok továbbításához az Aspera ascp parancssori programját kell használniuk. A ascp az Aspera Connect csomagban található, amely az itt található letöltési oldalon érhető el: Aspera Connect Downloads.

Ezt a programot ingyenesen használhatják a benyújtók, akik adatokat továbbítanak az NCBI-nek és az NCBI-től. Ellenőrizze a helyi hálózati csoportnál, hogy az UDP átvitel engedélyezve van-e a következő IP-tartományban: 130.14.\*.\* és 165.112.\*.\*. A tűzfalnak engedélyeznie kell az NCBI felé kimenő ssh forgalmat is.

Aspera kulcspárok

A benyújtóknak kulcspárokat kell létrehozniuk az Aspera feltöltési fiók használatához (a kulcspárok létrehozásához különböző operációs rendszereken lásd az alábbi utasításokat).

Kizárólag a nyilvános kulcsot küldje el a [email protected] feltöltési fiókhoz való hozzáféréshez jelenleg asszisztáló SRA kurátornak.

Linux/Unix és OS X

Linux/Unix és OS X felhasználók használhatják a parancssori ssh-keygen segédprogramot.

A következő parancssor létrehoz egy privát kulcsot (mykey) és egy nyilvános kulcsot (mykey.pub) az aktuális munkakönyvtárban:

PuTTYgen for Windows

A PuTTYgen kulcspár-generálásra való letöltéséhez és használatához a részletesebb útmutató itt található: Aspera Keys.

Az Aspera parancssori használata

Mihelyt a kulcsot hozzáadtuk és hozzáférést kaptunk, a ascp segítségével feltölthetjük a fájlokat.

Egy példa ascp parancs dbGaP feltöltéshez:

Hol:

• <directory> vagy test vagy protected.
• <key file> egy privát kulcsfájl (a teljes elérési utat kell használni).

Védett átvitel esetén ne állítsa be a -T opciót.

Adatok átvételének megerősítése

Mihelyt minden fájl és metaadat feltöltésre került, kérjük, erősítse meg az SRA kurátorral, hogy a dbGAP benyújtásának SRA része teljes. A kurátor jelentést tud készíteni a feltöltött fájlokról. A dbGaP weboldalon rendelkezésre áll egy éjszakai jelentés is minták szerint. A jelentéshez változtassa meg az alábbi címben szereplő phs000000 csatlakozást az Ön tanulmányára. Az XML formátumú jelentéshez cserélje le a rettype=html-t rettype=xml-re.