Brothers azt javasolta, hogy az amigdala a szociális megismerés alapjául szolgáló neurális hálózat fontos összetevője. Bauman és Kemper pedig neuropathológia jeleit figyelte meg a post mortem autista agy amygdalájában. Ezek az eredmények, valamint a legújabb funkcionális neuroimaging adatok arra késztették Baron-Cohent és munkatársait, hogy azt javasolják, hogy az amygdala diszfunkciója részben felelős lehet a szociális működés károsodásáért, amely az autizmus egyik jellemző vonása. A laboratóriumunkban végzett, a makákó majmokon végzett amygdala-sérülések hatásaival kapcsolatos legújabb adatok ellentmondanak az amygdala szociális viselkedésben betöltött alapvető szerepének. Ha az amygdala nem nélkülözhetetlen a normális szociális viselkedéshez, ahogyan ez mind a főemlősöknél, mind a kétoldali amygdala-károsodásban szenvedő, kiválasztott betegeknél igaznak tűnik, akkor nem valószínű, hogy az autizmus kóros szociális viselkedésének szubsztrátja lenne. Az amygdala károsodása azonban hatással van a majmok reakciójára a normális esetben félelmet kiváltó ingerekre, például a kígyókra, és megszünteti a természetes vonakodást az új fajtársakkal való társas interakcióktól. Ezek az eredmények arra engednek következtetni, hogy az amigdala fontos szerepet játszik a fenyegetések észlelésében és a megfelelő viselkedési válasz mozgósításában, amelynek egy része a félelem. Ha az amygdala kóros az autizmussal élő személyeknél, akkor ez inkább hozzájárulhat kóros félelmeikhez és fokozott szorongásukhoz, mint kóros szociális viselkedésükhöz.