Mass Cytometry
A tömegcitometria vagy CyTOF (Fluidigm) az áramlási citometria egy olyan változata, amelyben az antitesteket fluorokrómok helyett nehézfémion-címkékkel jelölik. A kiolvasás repülési idő tömegspektrometriával történik. Ez lehetővé teszi sokkal több antitestspecifitás kombinálását egyetlen mintában, a csatornák közötti jelentős átterjedés nélkül. Standardizált panelek állnak rendelkezésre immunfenotipizálásra, fenotipizálásra+intracelluláris citokinfestés (ICS) és fenotipizálásra+foszfo-CyTOF, egyenként 30-38 antitesttel. A részletekért forduljon a [email protected] címre.
Immunfenotipizálás: A 33 antitestből álló CyTOF immunfenotipizáló panelünket kriokonzervált PBMC-vel való használatra terveztük, bár más mintatípusokhoz is adaptálható. A rendelkezésre állástól függően korlátozott számban további antitestek adhatók hozzá a nyitott csatornákhoz.
Intracelluláris citokinek: A 38 antitestből álló CyTOF ICS panelünk elsősorban a T-sejtes válaszok feltárására irányul. Korlátozott cserék lehetségesek (a leggyakoribbak a felsoroltak szerint).
Foszfo-CyTOF: 30 antitestes foszfo-CyTOF panelünk a jelzett ingerekkel együtt a jelátviteli útvonalak széles skálájának leolvasására használható számos különböző sejtalcsoportban. Ebben a panelben a kiegészítések vagy helyettesítések nehezebbek, mivel a felületi marker antitesteknek jól kell működniük a rögzített epitópokon.
A három CyTOF panel standard antitestjeinek listáját itt tekintheti meg. (2018 júniusában átdolgozva)
A Dr. Mike Leipolddal a CyTOF kísérleti kérdésekről készült videóinterjúért lásd https://www.youtube.com/watch?v=UYYq9jh7FgQ.
Kezelési útmutató
1. A vizsgálat megtervezése: A CyTOF-tesztek legfeljebb 12 mintából álló tételekben futtathatók. Ha több mintája van, próbálja meg randomizálni a tételeket, hogy például az esetek és a kontrollok ne legyenek külön tételekben elkülönítve. 2. A minták gyűjtése: Kérjük, hogy az életképes PBMC-hez optimalizált KRYOPRESZERVÁLÁSI PROTOKOLLT használjon. Javasoljuk, hogy kriovialánként 10^7 sejtet fagyasszon le, és a fenti vizsgálatok mindegyikéhez egy-egy kriovial-t biztosítson. A PBMC feldolgozási és krioprezerválási szolgáltatások a Vérfeldolgozó egységünkön keresztül is elérhetőek.
3. A minták futtatása: A minták lefuttatásához online megrendelésre van szükség. Az átfutási idő a projekt méretétől és az aktuális munkaterheléstől függően változik; a kisebb projektek általában a megrendeléstől és a minták leszállításától számított 3-4 héten belül befejezhetők.
4. Adatelemzés: Standard adatelemzést biztosítunk a FlowJo szoftver segítségével. Az összes kapuzott populáció százalékos arányait tartalmazó Excel-jelentést, valamint a kapuzási eredmények és az összes fcs-fájl pdf-jét a Google Drive-on keresztül biztosítjuk. A standard panelek esetében az Excel-adatokat egyidejűleg feltöltjük online adatbázisunkba, a Stanford Data Minerbe, ahol integrálhatók az Ön laboratóriumának egyéb HIMC-adataival, valamint a klinikai/demográfiai adatokkal, amennyiben rendelkezésre állnak. A Data Miner honlap bal felső sarkában található súgó linkre kattintva a rendszer használatára vonatkozó utasításokat talál.
Statisztikai tanácsadás a HIMC statisztikai tanácsadó szolgálatán keresztül érhető el.
Protokollok
A részletes laboratóriumi protokollok, valamint a publikációkhoz vagy támogatási kérelmekhez alkalmas rövid leírások a Protokollok oldalon találhatók.
Kiegészítő információk:
- Mass Cytometry Review (Trends in Immunology)
- Analyzing CyTOF data in FlowJo
.