Trimethoprim-sulfamethoxazole (TMP-SMX), vagy Bactrim*, Septra*, or Cotrim*, is the treatment of choice. A tipikus kezelés immunkompetens felnőttek esetében a TMP 160 mg plusz SMX 800 mg (egy kétszeres erősségű tabletta), szájon át, naponta kétszer, 7-10 napig. HIV-fertőzött betegeknek hosszabb terápiára lehet szükségük.
A TMP-SMX-re allergiás (vagy intoleráns) személyek számára még nem azonosítottak kiemelkedően hatékony alternatívát. Az ilyen személyek esetében megfontolandó megközelítések közé tartozik a megfigyelés és a tüneti kezelés, egy olyan antibiotikum alkalmazása, amelynek Cyclospora elleni hatékonysága korlátozott adatokon alapul, vagy a TMP-SMX-szel szembeni deszenzibilizáció. Ez utóbbi megközelítést csak olyan kiválasztott betegek esetében szabad megfontolni, akiknek kezelésre van szükségük, akiket allergológus értékelt, és akiknél nem áll fenn életveszélyes allergia.
Egyedi vagy nem publikált adatok arra utalnak, hogy a következő gyógyszerek hatástalanok: albendazol, trimetoprim (ha egy hatóanyagként alkalmazzák), azitromicin, nalidixinsav, tinidazol, metronidazol, kinakrin, tetraciklin, doxiciklin és diloxanid-furoát. Bár egy Haitin, HIV-fertőzött betegek körében végzett kis vizsgálat adatai azt sugallták, hogy a ciprofloxacin szerény hatású lehet a Cyclospora ellen, számos immunkompetens személy körében szerzett jelentős anekdotikus tapasztalat azt sugallja, hogy a ciprofloxacin hatástalan.
* A kereskedelmi nevek használata csak az azonosítás céljából történik, és nem jelenti a Közegészségügyi Szolgálat vagy az Egyesült Államok Egészségügyi és Emberi Szolgálatok Minisztériuma általi jóváhagyást.