Trimethoprim-sulfamethoxazol (TMP-SMX), of Bactrim*, Septra*, of Cotrim*, is de behandeling van eerste keus. De gebruikelijke behandeling voor immunocompetente volwassenen is TMP 160 mg plus SMX 800 mg (één tablet met dubbele sterkte), oraal, tweemaal per dag, gedurende 7-10 dagen. HIV-geïnfecteerde patiënten kunnen een langere kuur nodig hebben.
Er zijn nog geen zeer effectieve alternatieven geïdentificeerd voor personen die allergisch zijn voor (of intolerant zijn voor) TMP-SMX. Voor deze personen kan worden gedacht aan observatie en symptomatische behandeling, gebruik van een antibioticum waarvan de werkzaamheid tegen Cyclospora op beperkte gegevens berust, of desensibilisatie voor TMP-SMX. De laatste aanpak moet alleen worden overwogen voor geselecteerde patiënten die behandeling nodig hebben, door een allergoloog zijn beoordeeld, en geen levensbedreigende allergie hebben.
Anecdotische of ongepubliceerde gegevens suggereren dat de volgende geneesmiddelen ineffectief zijn: albendazol, trimethoprim (bij gebruik als enkelvoudig middel), azithromycine, nalidixinezuur, tinidazol, metronidazol, quinacrine, tetracycline, doxycycline en diloxanide furoaat. Hoewel gegevens van een klein onderzoek onder HIV-geïnfecteerde patiënten in Haïti suggereerden dat ciprofloxacine een bescheiden activiteit tegen Cyclospora zou kunnen hebben, suggereren substantiële anekdotische ervaringen onder veel immunocompetente personen dat ciprofloxacine ineffectief is.
* Het gebruik van handelsnamen dient uitsluitend ter identificatie en impliceert geen goedkeuring door de Public Health Service of door het U.S. Department of Health and Human Services.