Moleculaire dynamica (MD) simulatie uitgevoerd met een state-of-the-art eiwit krachtveld en impliciet oplosmiddel model is een aantrekkelijke benadering om eiwitvouwing te onderzoeken, een van de meest perplexe problemen in de moleculaire biologie. Maar hoe goed kan krachtvelden ontwikkeld onafhankelijk van impliciete oplosmiddel modellen samen te werken in het reproduceren van diverse eiwit natieve structuren en het meten van de bijbehorende vouwing thermodynamica is niet altijd duidelijk. In dit werk hebben we enhanced sampling MD simulaties uitgevoerd om het vermogen van zes AMBER krachtvelden (FF99SBildn, FF99SBnmr, FF12SB, FF14ipq, FF14SB, en FF14SBonlysc) als gekoppeld aan een recent verbeterd paarsgewijs GB-Neck2 model in het modelleren van de vouwing van twee spiraalvormige en twee β-sheet peptiden te beoordelen. Terwijl de meeste van de geteste krachtvelden kan opleveren ruwweg vergelijkbare functies voor evenwicht conformatie ensembles en gedetailleerde vouwen vrije-energie profielen voor korte α-helische TC10b in een impliciet oplosmiddel, de gemeten tegenhangers zijn significant discrepant in het geval van grotere of β-gestructureerde peptiden (HP35, 1E0Q, en GTT). Bovendien kan de berekende vouwen / ontvouwen thermodynamische hoeveelheden slechts gedeeltelijk overeenkomen met de experimentele gegevens. Hoewel een combinatie van de krachtvelden en GB-Neck2 impliciete model in staat om alle aspecten van de vouwing overgangen te beschrijven in de richting van de natieve structuren van alle beschouwde peptiden werd niet geïdentificeerd, vonden we dat FF14SBonlysc gekoppeld aan de GB-Neck2 model lijkt een redelijk evenwichtige combinatie om peptide vouwen preferences voorspellen.