Er is niet veel met zekerheid bekend over de vroege geschiedenis van de Bullenbeisser, maar het ras had een zeer lange geschiedenis in het land van het Heilige Roomse Rijk, een conglomeratie van duizenden verschillende politieke lichamen, die ooit geheel of gedeeltelijk het huidige België, Nederland, Luxemburg, Duitsland, Frankrijk, Italië, Slovenië, Polen, Oostenrijk, Zwitserland, en de Tsjechische Republiek omvatte. Het ras werd voornamelijk gehouden door de Duitsers, Nederlanders, Vlamingen en Friezen, sprekers van zeer nauw verwante talen die tot voor kort allemaal als één volk werden beschouwd. De Bullenbeisser was oorspronkelijk een type Mastiff, in Duitstalige landen geïntroduceerd vanuit Frankrijk, Italië, Engeland, of mogelijk het Romeinse Rijk dat eraan voorafging. Hoewel elk lid van de familie verschillend is, worden de meeste Mastiffs getypeerd door grote of massieve afmetingen, een brachycefaal (naar binnen geduwd) hoofd, en een sterk beschermend instinct. Het is onduidelijk wanneer Mastiffs voor het eerst werden geïntroduceerd in Duitsland, maar het was vrijwel zeker tijdens ofwel de Late Romeinse Periode of de Donkere Middeleeuwen.
In eerste instantie waren de German Mastiffs identiek aan andere honden van hun type. Door de eeuwen heen, werden ze verschillend als gevolg van verschillende lokale fok voorkeuren. In het grootste deel van West-Europa (met de opmerkelijke uitzonderingen van Gascogne en Napels) werden Mastiffs in de eerste plaats gebruikt als beesten van oorlog en / of beschermers van eigendom. Dergelijke honden werden gewoonlijk hun hele leven, of in ieder geval gedurende de dagen, aan een ketting vastgebonden. Deze beesten werden monsterlijk groot en immens krachtig, maar werden ook lui en onatletisch. Daarentegen gebruikten de Duitsers hun Mastiffs veel liever voor de jacht. Dit waren de enige honden die de kracht, wreedheid en intelligentie bezaten om te jagen op de grootste en gevaarlijkste prooien die in Europa te vinden waren; het zwijn, de beer en de wolf. Duitse boeren ontdekten ook dat deze honden zowel snel genoeg waren om een recalcitrante stier of varken te vangen en krachtig genoeg om het op zijn plaats te houden totdat ze het konden vangen of doden. Als gevolg van het gebruik voor meer fysiek veeleisende doeleinden, werden de Duitse Mastiffs minder omvangrijk dan vergelijkbare rassen, maar meer atletisch, energiek, fysiek in staat, en gedreven.
Op een gegeven moment, kruisten Duitse jagers hun Mastiffs met windhonden, mogelijk Ierse Wolfshonden geïmporteerd van de Britse Eilanden. De resulterende hond was bij uitstek geschikt voor de zwijnenjacht, waardoor het de naam Boar Hound kreeg. Beter bekend als de Doggen, Deutsch Dogge, of Great Dane, werd de Boar Hound geleidelijk Duitsland’s eerste jachtras voor groot wild. Terwijl de oudere, meer traditioneel ogende Mastiff nog steeds werd gebruikt voor de jacht, werd het meer gespecialiseerd als een werkende boerderij hond. De hond werd ook vaak ingezet tegen stieren of beren voor de sport, wedstrijden die bekend staan als respectievelijk bull-baiting en bear-baiting. Uiteindelijk werd de oorspronkelijke vorm van de Mastiff nog kleiner en atletischer dan hij eerder was geweest. Dit ras werd bekend als de Barenbeiszer of de Bullenbeisser (Bullenbijter in het Nederlands), wat betekent, “Berenbijter,” en “Stierenbijter.”
Voor een groot deel van het bestaan van de Bullenbeisser, was het Heilige Roomse Rijk samengesteld uit honderden onafhankelijke staten, variërend in grootte van een kleine stad tot de natie Oostenrijk. Elk van deze staten werd op een andere manier bestuurd, sommige waren democratisch, andere waren hertogdommen, en sommige werden zelfs rechtstreeks bestuurd door de Rooms-Katholieke Kerk. Ongeacht het type, de heersende klasse van veel van deze politieke organen hield kennels van Bullenbeissers voor de jacht en het gevecht, en boeren en slagers in het hele Rijk deden dat ook, hoewel meestal voor het vangen van vee. Als gevolg van deze politieke en geografische verdeeldheid, werden veel verschillende gelokaliseerde versies van de Bullenbeisser ontwikkeld. Eén zo’n variëteit was de Brabanter, genoemd naar zijn thuisland, het hertogdom Brabant, verdeeld tussen het huidige België en Nederland. De Brabanter leek sterk op andere Bullenbeissers, maar was aanzienlijk kleiner dan de meeste andere. Vanaf het einde van 1500 werden de Nederlandse provincies een belangrijke zeevarende macht. Bullenbeissers vergezelden Nederlandse zeelieden en kolonisten over de hele wereld. In 1652 bracht Jan Van Riebeeck een Bullenbijter met zich mee toen hij Kaapstad stichtte, de eerste permanente Europese nederzetting in het huidige Zuid-Afrika. Daarna werden nog een aantal Bullenbeissers naar de Kaapkolonie geïmporteerd, waar het ras een grote invloed had op de ontwikkeling van de Rhodesian Ridgeback en de Boerboel. Er wordt algemeen aangenomen dat de Bullenbeisser en de Engelse Bulldog in de loop van de geschiedenis af en toe gekruist zijn en de ontwikkeling van elkaar beïnvloed hebben. Er lijkt echter geen bewijs te zijn om dit te ondersteunen.
Beginnend in het begin van de 15e eeuw, begonnen grote technologische en culturele veranderingen naar Europa te komen. Het aantal staten in het Heilige Roomse Rijk kromp drastisch, omdat grotere staten kleinere begonnen op te slokken. De Duitse adel werd kleiner, wat betekende dat steeds minder mensen het zich konden veroorloven een kennel Bullenbeissers te houden. Terzelfder tijd nam de Duitse bevolking met een factor van enkele malen toe. Dit resulteerde in meer verstedelijking en aanzienlijk minder land dat geschikt was voor groot wild. De combinatie van deze factoren zou vele jachtrassen hebben doen uitsterven. De Bullenbeisser was echter zo waardevol voor vele doeleinden dat hij bleef gefokt worden. Voornamelijk gehouden door werkende boeren en slagers die het zich niet konden veroorloven om een massieve hond te voeden, bleef het ras in fysieke omvang afnemen. De enige reddende genade voor de Bullenbeisser met betrekking tot de grotere verstedelijking was dat het ook leidde tot een toename van de criminaliteit, die op zijn beurt leidde tot een grotere vraag naar waakhonden. Het eindresultaat was dat een steeds groter aantal Duitse stedelingen begon met het houden van de Bullenbeisser voor de bescherming van persoonlijke en eigendommen. De vraag naar kleinere meer betaalbare beschermhonden betekende dat de Brabanter steeds populairder werd, en geleidelijk andere variëteiten van Bullenbeisser begon te vervangen.
Grote vermindering van de verzendkosten betekende dat Duitsland in staat was om honden te importeren uit de hele wereld. Misschien wel de meest populaire van deze invoer was de Engels Bulldog, in die tijd een heel ander dier, meer vergelijkbaar met de Amerikaanse Bulldog van vandaag de dag dan het moderne Engels ras. Lenig, energiek, en ontembaar in de strijd, de Engelse Bulldog diende zeer vergelijkbare functies als de Bullenbeisser, maar was kleiner, omvangrijker, en kwam in een breder scala van kleuren. Om hun honden te verbeteren, begonnen veel Bullenbeisser fokkers hun honden te kruisen met Engelse Bulldogs. Voorheen een uitsluitend vaal of gestroomd ras met of zonder zwarte aftekeningen, introduceerde de Engels Bulldog een witte vacht bij de Bullenbeisser. Andere rassen werden waarschijnlijk ook gekruist met de Bullenbeisser, zoals de Bull Terrier, Engels Witte Terrier, en Staffordshire Bull Terrier. Tegelijkertijd was de technologie begonnen om de traditionele functies van de Bullenbeisser over te nemen, en nieuwe rassen zoals de Duitse Herdershond namen zijn rol als bescherm en politiehond over. Tegen het einde van de 19e Eeuw, werd de traditionele Bullenbeisser steeds zeldzamer en was waarschijnlijk langzaam aan het uitsterven.
Tijdens de late jaren 1800, werden hondenshows een steeds populairder tijdverdrijf bij de Europese bovenklasse. Deze hausse in populariteit viel samen met een vloedgolf van Duits Nationalisme geïnspireerd door de eenwording van Duitsland onder leiding van de Pruisische machthebbers Otto Von Bismarck en Kaiser Wilhelm I. In heel Duitsland bestond de wens om de inheemse rassen te standaardiseren. Een aantal liefhebbers besloten om de Bullenbeisser te standaardiseren, en idealiter terug te brengen naar zijn voorouderlijke vorm voorafgaand aan de introductie van Engels Bulldog bloed. Deze inspanningen waren gecentreerd in München, en resulteerden in de creatie van een gestandaardiseerd ras bekend als de Boxer. De eerste Boxers waren waarschijnlijk ongeveer 50% Bullenbeisser en 50% Engelse Bulldog. Om een aantal redenen, gaven fokkers de voorkeur aan de introductie van steeds meer Bullenbeisser bloed. Veel van de laatste Bullenbeissers werden toegevoegd aan de bloedlijnen van de Boxer, die uiteindelijk ongeveer 70% Bullenbeisser en 30% Engelse Bulldog werd. Echter, het gebruik van Bullenbeissers bij de creatie van de Boxer betekende dat er minder beschikbaar waren voor het fokken van Bullenbeissers. De Boxer zelf werd snel zo populair in heel Duitsland dat hij de oude Bullenbeisser volledig verving. Tegen het einde van de Tweede Wereldoorlog, was de Bullenbeisser volledig uitgestorven als een onafhankelijk ras, maar kan vrijwel uitgestorven zijn geweest voor het einde van de Eerste Wereldoorlog.
In de moderne tijd, hebben sommigen gesteld dat de enige echte afstammeling van de nu uitgestorven Bullenbeisser de American Pitbull Terrier (APT) is; een theorie die op zijn minst ongeschoold is en op zijn minst weerlegd door de bekende geschiedenis van de APT. Hoewel er een verband kan bestaan tussen de APT en de oude Barenbeiszer of Bullenbeisser (die respectievelijk “Berenbijter” en “Stierenbijter” betekenen), berust dit verband uitsluitend op de theorie dat de Bullenbeisser en de Engelse Bulldog in de loop van de geschiedenis af en toe werden gekruist waardoor de ontwikkeling van elkaar werd beïnvloed. Er is echter geen bewijs om dit te ondersteunen, en zelfs als dit in feite het geval was, zou de verbinding tussen de moderne APT en de Bullenbeisser zijn verwaterd tot het punt van niet-bestaan door kruisingen tussen de Engelse Bulldog en vecht Terriers in de jaren 1840 door Engelse hondenvechters in hun zoektocht om de ultieme vechthond te creëren; een kruising die zou resulteren in de geboorte van de ook nu uitgestorven Bull and Terrier (de primaire voorouder van de moderne APT).
Een populaire pit vechthond van de 19e eeuw, het Bull and Terrier ras zou tegen 1860 (slechts twee decennia na zijn oprichting) beginnen zich te splitsen in twee takken, de zuiver witte Bull Terrier en de gekleurde vormen die uiteindelijk zouden worden erkend als een legitiem hondenras genaamd de Staffordshire Bull Terrier. De moderne Staffordshire Bull Terrier is een van de drie rassen, samen met de American Staffordshire Terrier en de American Pit Bull Terrier om te worden geclassificeerd als een Bully ras; een groep die vaak collectief wordt aangeduid als Pit Bulls. Er is veel discussie over de relatie van de drie rassen, met sommigen die zeggen dat ze volledig gescheiden rassen zijn, en anderen die zeggen dat ze slechts variëteiten van hetzelfde ras zijn. Wat hun relatie ook is, en of ze nu een nauwe gelijkenis vertonen met de oude Bullenbeisser of niet, ze zijn een aparte genetische groep op zich en niet de moderne reïncarnatie van de Bullenbeisser.
Andere moderne rassen waarvan wordt aangenomen dat ze een nauwe band hebben met of een goede weergave zijn van de Bullenbeisser zijn de eerder genoemde Boxer, een 70% Bullenbeisser en 30% Engels Bulldog mix; de Duitse Dog die ruwweg de helft van zijn voorouders kan herleiden tot dat ras, en de Boerboel en Rhodesian Ridgeback die gedeeltelijk afstammen van Bullenbeissers die naar Zuid-Afrika werden gebracht met de Nederlandse kolonisten. De Banter Bulldoggeis gemaakt in de jaren 1990 door Todd Tripp, van Zuidoost Ohio wordt ook algemeen genoemd als een goede moderne recreatie van de Bullenbeisser. Bovendien zijn veel autoriteiten over het onderwerp van mening dat de huidige Spaanse Bulldog (Alano Espanol) en de zeer vergelijkbare Dogo Argentino een bijna identieke moderne weergave van de Bullenbeisser zijn, niet alleen in uiterlijk, maar ook in gebruik.